Il s'agit de l'application Linux nommée ArtificialFastqGenerator dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom ArtificialFastqGenerator_19_05_2015.zip. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée ArtificialFastqGenerator avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
ArtificielFastqGenerator
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DESCRIPTION
ArtificialFastqGenerator prend le génome de référence (au format FASTA) en entrée et génère des fichiers FASTQ artificiels au format Sanger. Il peut accepter les scores de qualité de base Phred à partir de fichiers FASTQ existants et les utiliser pour simuler des erreurs de séquençage. Étant donné que les FASTQ artificiels sont dérivés du génome de référence, le génome de référence fournit une référence pour l'appel de variantes (polymorphismes nucléotidiques simples (SNP) et insertions et suppressions (indels)). Cela permet d'évaluer un pipeline d'analyse de séquençage de nouvelle génération (NGS) qui aligne les lectures sur le génome de référence, puis appelle les variantes.Audience
Industrie de la santé, Science/Recherche, Utilisateurs finaux avancés
Langage de programmation
Java
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/artfastqgen/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
