Il s'agit de l'application Linux nommée BarraCUDA Fast Short Read Aligner dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom barracuda_0.7.107h.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée BarraCUDA Fast Short Read Aligner avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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Aligneur rapide à lecture courte BarraCUDA
DESCRIPTION
Barracuda est un aligneur de séquences à grande vitesse basé sur le BWA de Sanger et utilise la dernière architecture Nvidia CUDA pour accélérer les alignements des lectures de séquences générées par les séquenceurs de nouvelle génération.
Features
- Correction de problèmes avec la compilation du logiciel dans Ubuntu 16.04
- Ajustement : la limite SAMPE à 8 cœurs est désormais levée
- Logiciel de mappage de lecture de séquençage d'index FM utilisant l'accélération NVIDIA CUDA
- Sorties au format SAM pour les analyses en aval
- Nécessite une carte graphique NVIDIA avec une capacité de calcul 3.5 ou supérieure et au moins 1 Go de VRAM
- Nécessite NVIDIA CUDA SDK toolkit 6.x ou supérieur et le pilote NVIDIA 340 ou supérieur
- BarraCUDA est publié sur BMC Research Notes 2012, 5:27, doi:10.1186/1756-0500-5-27
- URL du papier : http://www.biomedcentral.com/1756-0500/5/27
- Ce projet est soutenu par le centre d'excellence CUDA de l'Université de Cambridge
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Ligne de commande
Langage de programmation
C++, C
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/seqbarracuda/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
