Il s'agit de l'application Linux nommée BioEvent dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom bioevent-v0.01-all.zip. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée BioEvent avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
BioEvénement
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DESCRIPTION
Il s'agit d'un projet basé sur Java pour l'extraction d'événements complexes à partir de résolution de texte et de co-référence. Actuellement, le code peut lire le format de tâche partagée BioNLP (http://2011.bionlp-st.org/) et le format de tâche partagée i2b2 Natural Language Processing for Clinical Data (https://www.i2b2.org/NLP/DataSets/Main.php). L'extraction d'événements comprend la recherche d'événements et les paramètres d'un événement dans un texte.
La méthode est basée sur SVM mais d'autres algorithmes ML peuvent être adoptés. Les détails de la méthode sont expliqués dans le document suivant :
Ehsan Emadzadeh, Azadeh Nikfarjam et Graciela Gonzalez. 2011. Apprentissage à double couche pour l'extraction d'événements biologiques à partir de texte. Dans Actes du volume d'accompagnement de l'atelier BioNLP 2011 pour une tâche partagée, Portland, Oregon, juin. Association pour la linguistique computationnelle
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Ligne de commande
Langage de programmation
Perle, Java
Environnement de base de données
JDBC, MySQL
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/bioevent/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
