Il s'agit de l'application Linux nommée Calis-p à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom de calis-p-0.1.zip. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée Calis-p pour une exécution gratuite sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
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Calis-p pour fonctionner sous Linux en ligne
DESCRIPTION
Calis-p (L'approche CALgary des ISOtopes en protéomique) est un progiciel permettant d'extraire directement les empreintes isotopiques stables du carbone (SIF) d'espèces individuelles dans une communauté microbienne à partir d'un ensemble de données métaprotéomiques. Il prend en entrée les tableaux de correspondance du spectre peptidique (PSM) pour les échantillons et le matériel d'étalonnage, ainsi que les données MS brutes au format mzML. Dans la première étape, le logiciel trouve les pics isotopiques pour chaque PSM et additionne leurs intensités sur une fenêtre de temps de rétention spécifiée. Les modèles isotopiques identifiés (paires de valeur m/z + intensités additionnées) ainsi que la formule de somme des peptides identifiés sont rapportés et utilisés comme entrée pour la deuxième étape de Calis-p pour calculer les valeurs delta13C pour tous les peptides qui passent un ensemble de filtres, ainsi que les valeurs moyennes de delta13C et les erreurs types pour chaque espèce. Les valeurs de l'espèce delta13C doivent être corrigées pour le fractionnement isotopique de l'instrument en appliquant le décalage déterminé à l'aide du matériau de référence.Features
- Les données SIF sont directement extraites d'un jeu de données métaprotéomique standard
- Obtenez de manière efficace et fiable des valeurs SIF pour un grand nombre d'espèces dans un échantillon de communauté microbienne à haut débit.
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/calis-p/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
