Il s'agit de l'application Linux nommée CaptureProbe dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom Runningexample.zip. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée CaptureProbe avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CaptureProbe
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DESCRIPTION
Ici, nous avons développé CaptureProbe, un outil Java graphique et convivial pour la conception de sondes de capture pour les applications Capture Hi-C. CaptureProbe est facile à utiliser, ne nécessite que des fichiers d'entrée simples et fournit de nombreux paramètres pour la conception de sondes. CaptureProbe peut concevoir des sondes spécifiquement pour les sites génomiques et les régions génomiques d'intérêt. Des comparaisons avec des logiciels existants (HiCapTools et GOPHER) ont indiqué que CaptureProbe a un bon taux de réussite de conception et une meilleure spécificité de sonde.
Citation : MA YF, ADEOLA AC, SUN YB, et al. 2020. CaptureProbe : un outil Java pour la conception de sondes pour les applications de capture Hi-C. Zool Res [J], 41 : 94-96.
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/captureprobe/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
