Il s'agit de l'application Linux nommée ChIP-RNA-seqPRO à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom cloudclientID.zip. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée ChIP-RNA-seqPRO pour une exécution gratuite sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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ChIP-RNA-seqPRO pour fonctionner sous Linux en ligne
DESCRIPTION
ChIP-RNA-seqPRO : Une stratégie pour identifier les régions de dérégulation épigénétique associées à l'épissage aberrant du transcrit et aux sites d'édition d'ARN. Scripts python exécutables fournis avec des bibliothèques d'annotations personnalisées, une entrée de données de démonstration et un guide README.9/26 : v1.1 MAIN_IV mis à jour pour déboguer l'erreur renvoyée par les pandas python ne prenant plus en charge le « sous-ensemble ».
Ce code ne sera plus activement maintenu/mis à jour ici. Une ressource basée sur le cloud pour l'analyse comparative des ensembles de données épigénétiques, de variation de séquence et d'expression est désormais disponible. Veuillez visiter Cloudomics, projet de ressources basées sur le cloud : https://sourceforge.net/projects/cloudomics-for-aws/
Comment ça marche
- Outil d'analyse comparative d'une grande variété d'ensembles de données d'échantillons appariés épigénomiques (ChIPseq, MBDseq, etc.) et de séquençage basé sur l'ARN
- Si vous utilisez cet outil ou l'une des bibliothèques d'annotations, veuillez inclure la référence suivante : Champion M., Hlady R., Yan H., Evans J., Nie J., Lee J., Bogenberger J., Nandakumar K., Davila J., Moore R., Nair A., O'Brien D., Zhu Y., Kortüm K., Ordog T., Zhang Z., Joseph R., Kocher J., Jonasch E., Robertson K., Tibes R. et H. Ho T. (2015). Stratégies bioinformatiques pour l'identification des régions de dérégulation épigénétique associées à l'épissage de transcriptions aberrantes et à l'édition d'ARN. Dans Actes de la Conférence internationale sur les modèles, méthodes et algorithmes bioinformatiques, pages 163-170. DOI : 10.5220/0005248001630170
Audience
Science / Recherche
Langage de programmation
Shell Unix, Python
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/chiprnaseqpro/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
