Il s'agit de l'application Linux CRUMp, utilisable en ligne sous Linux. Sa dernière version est téléchargeable sous crump-0.2.0.tar.gz. Elle peut être exécutée en ligne sur l'hébergeur gratuit OnWorks pour postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée CRUMp pour l'exécuter sous Linux en ligne avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CRUMp fonctionnera sous Linux en ligne
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DESCRIPTION
CRUMp repose sur une méthode d'apprentissage par noyau appelée Classification Relevance Units Machine (CRUM). À partir d'un ensemble de séquences protéiques au format FASTA, le système fournit la position, le type de résidu (S, T ou Y) et la probabilité estimée que chaque site testé soit phosphorylable.Derniers fichiers téléchargeables :
- crump-0.2.0.tar.gz : paquet CRUMp GNU Octave
- crump-0.2.0.zip : script MATLAB CRUMp
- crumptestset.fasta : un ensemble de données de test au format FASTA. Les en-têtes de séquence indiquent le numéro d'accès de la séquence protéique et les numéros de position des sites de phosphorylation connus. Notez que CRUMp peut prédire d'autres sites de phosphorylation qui n'ont pas encore été vérifiés expérimentalement.
L'ensemble de données de test provient de Biswas et al. 2010, http://www.biomedcentral.com/1471-2105/11/273/additional.
Audience
Science / Recherche
Langage de programmation
MATLAB
Cette application peut également être téléchargée depuis https://sourceforge.net/projects/crump/. Elle est hébergée sur OnWorks afin de pouvoir être exécutée en ligne plus facilement depuis l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
