Il s'agit de l'application Linux nommée CStone dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom cstone.zip. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée CStone avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
Ad
CPierre
DESCRIPTION
CStone est un assembleur de novo pour les données RNA-Seq qui utilise des graphes de type de Bruijn et annote chaque contig produit avec l'un des trois niveaux de classification de graphe indiquant s'il peut être garanti ou non comme non chimérique. Les niveaux de classification dépendent de la complexité de la famille de gènes à partir de laquelle les lectures sont dérivées. En tant que sous-produit, cela donne également un aperçu de la composition structurelle des familles de gènes sous-jacentes qui ont été séquencées. De plus amples détails seront disponibles sous peu dans notre article : https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34813594/.
Fonctionnalités:
- Assemblage de novo des données RNA-Seq.
- Identification des contigs non chimériques.
- Compatibilité multiplateforme.
- Jar exécutable disponible.
- Aucun package externe requis.
- Code facile à suivre et intégré à d'autres outils.
- Informations sur la complexité des familles de gènes sous-jacents.
- de Bruijn aime une approche (plus clémente).
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/cstone/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
