Il s'agit de l'application Linux nommée EXCAVATOR-tool à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom EXCAVATOR_Package_v2.2.tgz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée EXCAVATOR-tool pour exécuter gratuitement sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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Outil EXCAVATOR pour fonctionner sous Linux en ligne
DESCRIPTION
ATTENTION !!!!! ATTENTION !!!!! ATTENTION !!!!! ATTENTION !!!!!Nous avons récemment publié sur BMC Genomics un nouveau progiciel, nommé XCAVATOR, pour l'identification des CNV/CNA à partir d'expériences de séquençage du génome entier à lecture courte et longue (https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-4137-0).
XCAVATOR est disponible gratuitement sur http://sourceforge.net/projects/xcavator/.
EXCAVATOR est un nouveau progiciel pour la détection des variants du nombre de copies (CNV) à partir des données de séquençage de l'exome entier.
EXCAVATOR a été publié sur Genome Biology (http://genomebiology.com/2013/14/10/R120/abstract).
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ATTENTION!!!!! Afin d'utiliser correctement l'outil EXCAVATOR, les utilisateurs doivent télécharger les fichiers de mappabilité d'uniqueome au lien suivant :
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg19_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz (pour hg19)
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg18_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz
Fonctionnalités:
- Séquençage de nouvelle génération
- Copier les variantes du numéro
- Séquençage de l'exome entier
Langage de programmation
Perl
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/excavatortool/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.