Il s'agit de l'application Linux nommée fcGENE : Convertisseur de format de génotype dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom de fcgene-1.0.7.zip. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée fcGENE : Convertisseur de format de génotype avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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fcGENE : Convertisseur de format de génotype
DESCRIPTION
L'application principale est double : premièrement pour convertir les données de génotype SNP en formats de différents outils d'imputation comme PLINK MACH, IMPUTE, BEAGLE et BIMBBAM, deuxièmement pour transformer les données imputées en différents formats de fichiers comme PLINK, HAPLOVIEW, EIGENSOFT et SNPTEST.Formats de fichiers lisibles : plink-pedigree (ped et map), plink-raw, plink-dosage, mach , minimac, impute, snptest, beagle et bimbam. De même, tous les types d'imputation des extrants sont également acceptés.
Formats pouvant être générés par fcGENE : plink-pedigree, plink-raw, plink-dosage, mach-inputs, minimac-inputs, impute-inputs, beagle-inputs et bimbam-inputs, HAPLOVIEW-inputs, EIGENSOFT-inputs.
Application supplémentaire :
-? obtenir des modèles de commandes d'imputation nécessaires et des commandes d'autres outils d'imputation
- Contrôle qualité selon MAF, HWE & CALLRATE.
mots clés : transformation de génotype, format de conversion de génotype, sortie d'imputation, PLINK, IMPUTE, MACH, minimac, HAPLOVIEW, BEAGLE, BIMBAM, EIGENSOFT.
Features
- peut effectuer un contrôle de qualité au niveau des SNP et des individus et peut filtrer les SNP et les individus disqualifiés tout en transformant les données
- peut effectuer une conversion de format bidirectionnelle des données SNP de génotype (par exemple PLINK -> outil d'imputation et outils d'imputation -> PLINK) . Il peut lire et écrire à la fois des fichiers pedigree et binaires au format plink
- peut filtrer les SNP imputés sur la base du score de qualité d'imputation
- peut générer des modèles de commandes outils d'analyse GWA
- convertit les données de génotype du format d'un outil d'imputation à un autre.
- Transformation des références d'imputation au format plink. Cela permet de comparer les données de génotype avec le panel de référence.
- peut créer des données snp au format GenABEL à partir des données initialement fournies dans différents autres formats
- peut générer des fichiers formatés différemment contenant la dose attendue de fréquence allélique mineure
- très utile pour les chercheurs travaillant dans le domaine de la génétique statistique.
- écrit en c++, utilisation de conteneurs STL
- peut lire et écrire des fichiers gezippés
- peut calculer FST avec la commande --fst
- peut lire et écrire des données de génotype standard avec le nombre d'allèles et les doses d'allèles
- peut créer des fichiers au format vcf utilisés pour BEAGLE4
Langage de programmation
C + +
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/fcgene/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
