Il s'agit de l'application Linux nommée GenOO-HTS à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom genoo-code-2013_04_18.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée GenOO-HTS pour une exécution gratuite sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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GenOO-HTS pour fonctionner sous Linux en ligne
DESCRIPTION
GenOO-HTS [jee-noo] est une source ouverte ; Framework Perl orienté objet spécialement développé pour la conception d'outils d'analyse de séquençage à haut débit (HTS). L'objectif principal de GenOO-HTS est de permettre des analyses HTS simples et des analyses compliquées. GenOO-HTS modélise des entités biologiques dans des objets Perl et fournit des attributs et des méthodes pertinents qui permettent la manipulation de données de séquençage à haut débit. L'utilisation de GenOO-HTS comme module de développement principal réduit les frais généraux et la complexité de la gestion des données et des entités biologiques disponibles. GenOO-HTS a été conçu pour être flexible, facilement extensible avec une structure modulaire et des exigences minimales pour les outils et bibliothèques externes.Features
- Organiser les entités biologiques en objets Perl (régions génomiques, gènes, transcrits, introns/exons, etc.)
- Organiser les entités de séquençage en tant qu'objets/attributs Perl (lectures de séquençage, alignements, etc.)
- Facilitez les E/S à partir de formats de fichiers largement utilisés (SAM, BED, FASTA, FASTQ)
- Soyez cohérent et facilement extensible
Audience
Science/Recherche, Développeurs
Langage de programmation
Perl
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/genoo/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
