Il s'agit de l'application Linux GMcloser, dont la dernière version est téléchargeable sous le nom GMcloser-1.6.2.tar.gz. Elle peut être exécutée en ligne sur l'hébergeur gratuit OnWorks pour postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée GMcloser avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
GMcloser
Ad
DESCRIPTION
GMcloser comble les lacunes présentes dans les assemblages d'échafaudages, notamment celles générées par l'assemblage de novo de génomes entiers grâce aux lectures de séquençage de nouvelle génération (NGS). Contrairement à d'autres outils de comblement des lacunes qui n'utilisent que des lectures NGS, GMcloser utilise des ensembles de contigs préassemblés ou des ensembles de lectures longues comme séquences pour combler les lacunes, et utilise des lectures appariées (PE) et un algorithme basé sur la vraisemblance pour améliorer la précision et l'efficacité de la fermeture des lacunes. L'efficacité de la fermeture des lacunes peut être améliorée par des traitements successifs avec différents ensembles de contigs.Le package GMvalue est un outil permettant de déterminer les sites de mauvais assemblage dans les contigs et les échafaudages. Contrairement à d'autres outils similaires, GMvalue permet de définir des catégories de mauvais assemblage avec plusieurs options et peut être appliqué aux assemblages de génomes de grande taille. Grâce à l'option -e, GMvalue génère également des assemblages sans erreur en divisant ou en corrigeant les mauvais assemblages.
Cette application peut également être téléchargée depuis https://sourceforge.net/projects/gmcloser/. Elle est hébergée sur OnWorks afin de pouvoir être exécutée en ligne plus facilement depuis l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
