Il s'agit de l'application Linux nommée gsasnp2 à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom gsasnp2-linux-cmd-ubuntu.zip. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée gsasnp2 pour une exécution gratuite sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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gsasnp2 pour fonctionner sous Linux en ligne
DESCRIPTION
* GSA-SNP2 est un successeur de GSA-SNP (Nam et al. 2010, problème de serveur Web NAR). GSA-SNP2 accepte les données de synthèse GWAS humaines (nombres rs, valeurs p) ou les valeurs p au niveau des gènes et génère des ensembles de gènes de voie « enrichis » avec des gènes associés au phénotype donné. Il fournit également des réseaux d'interaction protéique locaux et mondiaux dans les voies associées.* Article : SYoon, HCTNguyen, YJYoo, JKim, BBaik, SKim, JKim, SKim, DNam, « Enrichissement efficace des voies et analyse du réseau des données de synthèse GWAS à l'aide de GSA-SNP2 », Nucleic Acids Research, Vol. 46(10), e60(2018).
* Identifiant PubMed : 29562348
* DOI : 10.1093/nar/gky175
-> VEUILLEZ DÉPLACER OU FAIRE UNE COPIE DU DOSSIER « DONNÉES » DANS VOTRE DOSSIER DE TEST INTENSIF (C'EST-À-DIRE DOSSIER SPÉCIFIÉ LINUX, MAC OU WINDOWS) POUR PERMETTRE AU PROGRAMME DE TROUVER LES DONNÉES PRÉCONÇUES.
* NOTE DE MISE À JOUR :
-> 7 août-2019 : ajout d'une mise à jour pour Ubuntu-19.04. Vous aurez besoin de la bibliothèque Boost installée (sudo apt-get install libboost-all-dev)
-> Mar-7-2018 : réviser les termes de l'en-tête dans le fichier de sortie
Features
- 1/ 'CONTROLE D'ERREUR DE TYPE I DECENT' obtenu par les deux processus suivants : A) Les scores de gènes sont 'ajustés' au nombre de SNP attribués à chaque gène à l'aide d'une courbe de tendance spline cubique monotone. B) Les gènes adjacents avec des corrélations intergéniques élevées au sein de chaque voie ont été supprimés
- 2/ 'HAUTE PUISSANCE ET CALCUL RAPIDE' basé sur le modèle d'ensemble aléatoire
- 3/ 'PAS DE PARAMETRES LIBRE CRITIQUE'
- 4/ 'PROTEIN INTERACTION NETWORKS' parmi les gènes membres ont été visualisés pour les voies significatives. Cette fonction permet à l'utilisateur de hiérarchiser les sous-réseaux principaux au sein et à travers les voies significatives. Les réseaux STRING et HIPPIE sont actuellement fournis
- 5/ 'FACILE A UTILISER' : Il ne nécessite que des données de synthèse GWAS (ou des valeurs p des gènes) et ne prend qu'une minute ou deux pour obtenir des résultats. D'autres outils puissants de voie autonome nécessitent également l'entrée de corrélation SNP et prennent beaucoup plus de temps. L'utilisateur peut également télécharger ses propres ensembles de gènes de voie et réseaux d'interaction protéique.
Interface utilisateur
Win32 (MS Windows), ligne de commande
Langage de programmation
C++, PHP, Javascript
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/gsasnp2/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
