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iCAS - Un système d'assemblage de clones Illumina à exécuter sous Linux o

Téléchargement gratuit iCAS - Un système d'assemblage de clones Illumina à exécuter sous Linux en ligne Application Linux à exécuter en ligne sous Ubuntu en ligne, Fedora en ligne ou Debian en ligne

Il s'agit de l'application Linux nommée iCAS - An Illumina Clone Assembly System à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous icas_v062.tar.bz2. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.

Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée iCAS - An Illumina Clone Assembly System à exécuter sous Linux en ligne avec OnWorks gratuitement.

Suivez ces instructions pour exécuter cette application :

- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.

- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.

- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.

- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.

- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.

- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.

iCAS - Un système d'assemblage de clones Illumina à exécuter sous Linux en ligne


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DESCRIPTION

Le séquençage clone par clone, en tant que moyen d'obtenir des assemblages de haute qualité pour des génomes volumineux et complexes, continue d'être d'une grande pertinence à l'ère du séquençage à haut débit. Cependant, les assemblages obtenus à l'aide des assembleurs de génome entier actuels sont souvent fragmentés et présentent parfois des problèmes d'exhaustivité du génome en raison de différentes caractéristiques de données introduites par le séquençage multiplexé.

Avec iCAS, le processus de filtrage des données est basé sur un nouvel algorithme de fréquence kmer, résultant en des lectures de pré-assemblage presque parfaites. Les contigs sont générés à l'aide de différents algorithmes d'assemblage, puis fusionnés pour obtenir une continuité plus longue. Le réalignement de toutes les lectures sur les brouillons de contigs et le recalibrage de chaque base de séquence permettent d'obtenir un consensus final. En utilisant des clones finis pour le CQ, le pipeline est en mesure d'obtenir des assemblages avec une couverture de clones de 99.7 % et une qualité de base consensuelle de Q39.

Développé au Wellcome Trust Sanger Institute.

Audience

Science / Recherche



Langage de programmation

Perle, C



Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/icas/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.


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