Il s'agit de l'application Linux nommée JSiteDescriptor dont la dernière version peut être téléchargée en tant que binaries.zip. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez gratuitement en ligne cette application nommée JSiteDescriptor avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
JSiteDescriptor
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DESCRIPTION
Un ensemble de programmes Java qui extraient les coordonnées et les informations chimiques des fichiers PDB.
Les régions du site de liaison sont extraites à l'aide d'un schéma basé sur une grille.
Pour le site de liaison, un descripteur spatio-chimique est généré sur la base de l'algorithme PocketMatch du Dr Kalidas (auteur de ce projet également).
Comment ça marche
- Génération d'un descripteur vectoriel basé sur PocketMatch pour un site de liaison
- Exécution en mode fichier PDB unique ou en mode batch
- Spécification du site en tant que voisinage du ligand - (code du ligand, nom et identifiant de la chaîne)
- Spécification du site en tant que quartier de sous-ensemble PDB à l'aide d'EXPRESSIONS RÉGULIÈRES
- Spécification de plusieurs plages d'atomes tapissant un site de liaison
- Le fichier de traitement en mode batch capture les paramètres d'entrée via un fichier XML + conforme à la spécification XSD
- Une plus grande configurabilité - sélection du groupe de résidus, rayon et catégories pour les sites
- Technologie Java Swing pour l'interface graphique
- Architecture logicielle simple et extensible pour un développement futur
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Balançoire Java
Langage de programmation
Java
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/jsitedescriptor/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
