Il s'agit de l'application Linux MANTI, dont la dernière version est téléchargeable sous le nom MANTI-v5.4.zip. Elle peut être exécutée en ligne sur l'hébergeur gratuit OnWorks pour postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée MANTI avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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MANTI
DESCRIPTION
MANTI est une solution unique d'annotation et d'évaluation des terminaisons N. Auparavant connu sous le nom de muda.pl avant la version 3.7, le projet a été renommé MANTI.pl avec la version 3.7 le 2019 juin 06.
Il rassemble les informations de différents fichiers de sortie MaxQuant ou DiaNN/MSFragger dans un fichier maître spécifiquement adapté aux analyses des néoterminaux protéiques. Le point d'ancrage central de la collecte des données est le fichier modificationSpecificPeptides.txt ou diann-output.pr_matrix.tsv ; des données supplémentaires sont déduites de différents fichiers sources du dossier correspondant. Ce script peut également être utile à des fins protéomiques classiques, mais il est fortement optimisé pour l'identification et la validation des néoterminaux protéiques. Une interface graphique est disponible sous la forme de Yoğurtlu_MANTI (un script Perl/Tk) + execut. Les versions de l'application pour Windows 1x ne nécessitent pas l'installation locale de Perl.
Pour une explication très détaillée des paramètres du script et de la stratégie d'évaluation, veuillez consulter le manuel complet au format PDF.
Fonctionnement
- Maîtriser l'interprétation avancée des terminaisons N
- Évaluation des extrémités N-terminales de MaxQuant
- Validation et analyse des données N-terminales DiaNN/MSFragger DIA
- Évaluation et validation des protéines-terminales
- (UniProt) annotation et assemblage de données
- Intégration de Limma, LOCALIZER, TargetP2.0 et TopFINDer
- Remappage des termini identifiés pour corriger les isoformes
- De nombreuses options de visualisation avec les scripts R fournis
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Ligne de commande
Langage de programmation
Perl
Catégories
Cette application peut également être téléchargée depuis https://sourceforge.net/projects/manti/. Elle est hébergée sur OnWorks afin de pouvoir être exécutée en ligne plus facilement depuis l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
