Il s'agit de l'application Linux nommée MCPerm : Monte Carlo SNP permutation dont la dernière version peut être téléchargée sous MCPerm_1.1.2.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée MCPerm : Monte Carlo SNP permutation avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
MCPerm : permutation Monte-Carlo SNP
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DESCRIPTION
MCPerm : Une méthode de permutation de Monte Carlo pour la corrélation de tests multiples dans une étude d'association cas-témoins
Le test de permutation traditionnel (TradPerm) est une méthode d'analyse non paramétrique importante qui peut être considérée comme l'étalon-or pour les corrections de tests multiples dans les études d'association cas-témoins. Cependant, il s'appuie sur les données de génotypes et de phénotypes du polymorphisme nucléotidique unique (SNP) d'origine pour effectuer un grand nombre de remaniements aléatoires, ce qui nécessite beaucoup de calculs, en particulier pour l'étude d'association pangénomique (GWAS). Pour améliorer la vitesse de calcul sans changer la taille de la valeur p de TradPerm, nous avons développé une méthode de permutation Monte Carlo (MCPerm) comme alternative efficace à TradPerm.
Méthodes : MCPerm n'a pas besoin de mélanger les données de génotypes et de phénotypes d'origine. Il utilise la méthode de Monte Carlo, utilise une distribution hypergéométrique en deux étapes pour générer le nombre aléatoire de génotypes (AA, Aa et aa) dans les cas et les témoins.
Langage de programmation
B / R
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/mcperm/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
