Il s'agit de l'application Linux nommée MetaPhat -meta-pheno-association-tracker dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom meta_phat.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée MetaPhat -meta-pheno-association-tracker avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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MetaPhat -méta-phéno-association-tracker
DESCRIPTION
MetaPhat est un outil actif et open source (licence MIT) pour détecter les variantes avec des associations multivariées en utilisant des statistiques récapitulatives provenant d'études GWAS univariées. L'application effectue également une décomposition en trouvant des sous-ensembles BIC optimaux et des traits de pilote de valeur P pour les variantes de pistes multivariées. Les résultats des variantes sont tracés et regroupés pour aider à disséquer les relations phénotypes-génotype.Veuillez consulter notre page d'accueil wiki pour les instructions d'installation, les formats de données GWAS requis et des exemples d'entrées avec la commande de test - https://sourceforge.net/p/meta-pheno-association-tracer/wiki/Home/
Exemple de données/source de goudron global sur les lipides (GLGC, Willer 2013) - https://sourceforge.net/projects/meta-pheno-association-tracer/files/Dist/meta_phat.tar.gz/download
Si vous rencontrez des problèmes ou avez des demandes de fonctionnalités après avoir essayé l'exemple et lu le didacticiel, veuillez envoyer un e-mail à : [email protected]
Droits d'auteur <2019> [email protected], [email protected]
Fonctionnalités:
- analyse multivariée des caractères à l'échelle du génome
- Sélection optimale de sous-ensembles de caractères basée sur la valeur p et le BIC
- tracés de traces de décomposition de traits
- fichier de résumé du SNP principal et des caractéristiques du conducteur
- cluster de lanceurs de rang de trait snp-snp
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/meta-pheno-association-tracer/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
