Il s'agit de l'application Linux nommée MoPAC dont la dernière version peut être téléchargée en tant que MoPAC_0.3.1.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée MoPAC avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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MoPAC
DESCRIPTION
Pour faciliter la comparaison des essentialités génétiques dans deux ou plusieurs échantillons de cellules, nous proposons MoPAC (Modular Pipeline for Analysis of CRISPR screens), un outil interactif piloté par Shiny pour l'analyse différentielle de l'essentialité dans les écrans CRISPR/Cas9.
Pour les instructions d'installation et d'utilisation, veuillez consulter la page wiki.
Comment ça marche
- Mesure impartiale de l'essentialité différentielle des gènes dans les écrans CRISPR.
- Facilité d'utilisation grâce à une interface utilisateur graphique interactive.
- Chiffres prêts à publier générés à chaque étape de l'analyse.
- Les fichiers FASTQ et les tables de comptage de lectures (avant ou après la normalisation) sont autorisés en entrée.
- Contrôle de la qualité basé sur les catégories de gènes pour la détection et le filtrage des valeurs aberrantes.
- Analyse d'ontologie génétique intégrée au package STRINGdb R.
- Traitement rapide grâce à la compilation C++ d'étapes gourmandes en calculs.
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Basée sur le Web
Langage de programmation
C++, S/R
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/mopac/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
