Il s'agit de l'application Linux nommée pipasic à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom example.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée pipasic pour fonctionner sous Linux en ligne avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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pipasic pour fonctionner sous Linux en ligne
DESCRIPTION
L'analyse métaprotéomique permet d'étudier l'interaction d'organismes ou de groupes fonctionnels et est devenue de plus en plus populaire également à des fins de diagnostic. Cependant, des difficultés surviennent en raison de la similitude de séquence élevée entre les organismes apparentés. De plus, l'état de conservation des protéines entre espèces peut être corrélé à leur niveau d'expression, ce qui peut conduire à des biais importants dans les résultats et l'interprétation. Ces défis sont similaires mais non identiques aux défis posés par l'analyse d'échantillons métagénomiques et nécessitent des solutions spécifiques.pipasic (correction de similarité d'abondance de protéomes pondérée en intensité peptidique) est un outil qui corrige les résultats de quantification basés sur l'identification et le comptage spectral en utilisant l'estimation de la similarité peptidique et la pondération du niveau d'expression dans un cadre de lasso non négatif. pipasic présente des avantages distincts par rapport aux approches concernant uniquement les peptides uniques ou l'agrégation des résultats jusqu'au plus petit ancêtre commun.
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Ligne de commande
Langage de programmation
Python
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/pipasic/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
