Il s'agit de l'application Linux PRIMUS, utilisable en ligne sous Linux. Sa dernière version est téléchargeable sous le nom URLtoLastestPRIMUSversion.txt. Elle est disponible en ligne sur l'hébergeur gratuit OnWorks pour postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée PRIMUS pour l'exécuter sous Linux en ligne avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
PRIMUS fonctionnera sous Linux en ligne
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DESCRIPTION
NOUVEAU : Téléchargez la nouvelle version avec Pedigree Reconstruction sur primus.gs.washington.eduCette version est obsolète et incomplète. Veuillez consulter le nouveau site web pour obtenir la version complète de PRIMUS.
Nous présentons une méthode adaptée de la théorie des graphes qui identifie systématiquement l'ensemble maximal d'individus non apparentés dans tout ensemble de données et permet d'utiliser des paramètres de pondération pour la sélection d'échantillons non apparentés. PRIMUS lit les estimations IBD générées par l'utilisateur et génère l'ensemble maximal possible d'individus non apparentés, en fonction d'un seuil de parenté spécifié. Des informations complémentaires peuvent également être utilisées pour la sélection préférentielle des individus. Par exemple, lorsqu'un réseau comporte deux ensembles maximaux d'individus non apparentés de taille égale, PRIMUS peut sélectionner préférentiellement l'ensemble contenant le plus d'individus affectés.
Abonnez-vous à la liste de diffusion des utilisateurs de PRIMUS pour recevoir des notifications de mises à jour et de nouvelles versions.
Logiciels concernés :
http://students.washington.edu/jeanm5/Simulate_IBD_Python.ta
Comment ça marche
- Identifie l'ensemble maximal d'individus non apparentés à partir d'un ensemble de données génétiques
- Regroupe les échantillons en réseaux familiaux
- Génère des fichiers .dot pour visualiser les réseaux familiaux
Audience
Industrie de la santé, Science/Recherche, Éducation
Langage de programmation
Perl
Cette application peut également être téléchargée depuis https://sourceforge.net/projects/primus-beta/. Elle est hébergée sur OnWorks afin de pouvoir être exécutée en ligne plus facilement depuis l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
