Il s'agit de l'application Linux nommée Protospacer Workbench dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom Protospacer_Workbench.MacOSX.64bit.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée Protospacer Workbench avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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Établi Protospacer
DESCRIPTION
Protospacer Workbench aide à concevoir, analyser et partager des sites cibles CRISPR pour tout organisme ou ensemble de séquences au format FASTA.La conception d'ARN-guides pour le système d'édition du génome CRISPR/Cas est intuitivement facile, mais difficile en termes de calcul. La principale difficulté provient de la nécessité d'identifier des cibles potentielles qui peuvent être très différentes de la cible visée. Les outils en ligne actuels pour la conception d'ARN-guides fournissent une interface conviviale aux logiciels de cartographie de séquences tels que Bowtie ou BLAST. Cependant, bien que rapides, ces algorithmes de mappage n'ont pas été conçus avec une tolérance élevée aux erreurs, une caractéristique essentielle pour déterminer les cibles potentielles. Là où les outils en ligne échouent, les outils hors ligne réussissent. Cependant, les outils hors ligne nécessitent une connaissance de la ligne de commande que peu de ceux qui utilisent CRISPR possèdent. Protospacer Workbench vise à combler le fossé entre la conception de guides-ARN en ligne et hors ligne. Le logiciel est actuellement disponible pour OS X et sera bientôt porté sur d'autres systèmes d'exploitation.
Fonctionnalités:
- Trouvez rapidement toutes les cibles CRISPR disponibles
- Évaluer minutieusement les conceptions d'ARN-guide
- Partager des cibles et des listes d'ARN-guides
- Conception pour n'importe quel organisme
- Gérer plusieurs bases de données
- Flux de travail étape par étape
- Obtenez des rapports sur les performances attendues du guide-ARN
- Utilisez plusieurs outils tiers à partir d'une seule interface
- Conception multi-cibles
- Gérer de grandes listes d'ARN cibles/guides
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/protospacerwb/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
