Il s'agit de l'application Linux nommée PTESFinder dont la dernière version peut être téléchargée sous ptesfinder_v1.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée PTESFinder avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
PTESFinder
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DESCRIPTION
PTESFinder est un pipeline de calcul permettant d'identifier les événements de réarrangement d'exons post-transcriptionnels à partir de données RNAseq à haut débit. PTESFinder tire parti de la puissance des outils RNASeq établis et exclut systématiquement toutes les classes connues de structures faussement positives en appliquant des filtres rigoureux conçus pour cibler spécifiquement ces faux positifs. PTESFinder compare les qualités d'alignement du mappage des lectures aux structures PTES putatives avec les qualités des mêmes lectures lorsqu'elles sont mappées aux régions génomiques et aux transcrits épissés canoniquement. Cette approche augmente la confiance dans les lectures prenant en charge PTES. Les lectures émanant d'événements de commutation de modèle sont souvent caractérisées par de grands indels lorsqu'elles sont alignées sur le transcriptome. PTESFinder utilise des filtres supplémentaires pour exclure les lectures avec des alignements ambigus autour des jonctions exon-exon PTES, augmentant encore la confiance dans ces lectures prises en charge. PTESFinder identifie plus de structures PTES que les autres méthodes publiées tout en maintenant une spécificité élevée.
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Ligne de commande
Langage de programmation
Shell Unix, Java
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/ptesfinder-v1/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
