Il s'agit de l'application Linux nommée PyPedal dont la dernière version peut être téléchargée en tant que PyPedal-2.0.3.zip. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée PyPedal avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
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PyPédale
DESCRIPTION
PyPedal est un module Python qui fournit des outils pour la manipulation des pedigrees, la visualisation simple des pedigrees et le calcul des mesures de diversité génétique à partir des pedigrees.
Comment ça marche
- Lecture de fichiers généalogiques dans des formats définis par l'utilisateur
- Vérification de l'intégrité du pedigree (ID en double, parents plus jeunes que la progéniture, etc.)
- Génération d'informations récapitulatives telles que la fréquence d'apparition dans le fichier d'ascendance
- Réorganisation et renumérotation des fichiers généalogiques
- Calcul de la matrice de relation numérateur (A) à partir d'un fichier généalogique en utilisant la méthode tabulaire
- Calculs de consanguinité pour les grands pedigrees
- Calcul des coefficients moyens totaux et individuels moyens de consanguinité et de parenté
- Calcul des coefficients de consanguinité partielle à l'aide d'une méthode tabulaire itérative (Lacy, 1996 ; Gulisija, 2006)
- Calcul des coefficients de consanguinité ancestrale selon les méthodes de Ballou (1997) ou de Suwanlee et al. (2007)
- Calcul des tailles effectives de population théoriques et réelles
- Calcul du nombre de fondateur effectif en utilisant l'algorithme exact de Lacy
- Calcul du nombre de fondateurs effectif à l'aide de l'algorithme approximatif de Boichard et al.
- Calcul du nombre d'ancêtres effectifs à l'aide des algorithmes de Boichard et al.
- Sélection de sous-pedigrees contenant tous les ancêtres d'un animal
- Identification des parents communs de deux animaux
- Calcul de la consanguinité des descendants d'un futur accouplement
- Sortie vers des fichiers texte ASCII, y compris des matrices, des coefficients de consanguinité et de relation, et des informations récapitulatives
- Importation et exportation de fichiers GEDCOM 5.5
- Importation et exportation de fichiers GENES 1.20 (dBase III)
- Chargement et sauvegarde des pedigrees dans les bases de données MySQL, Postgres et SQLite
- Simulation de pedigrees à l'aide d'un algorithme dérivé de celui de Matvec 1.1a
Audience
Éducation, Science/Recherche
Interface utilisateur
Ligne de commande
Langage de programmation
Python
Environnement de base de données
MySQL, PostgreSQL (pgsql), SQLite
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/pypedal/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
