Il s'agit de l'application Linux nommée Pysimony à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous Pysimony.py. Il peut être exécuté en ligne chez le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée Pysimony pour fonctionner gratuitement sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
Pysimony pour fonctionner sous Linux en ligne
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DESCRIPTION
MISE À JOUR : après quelques corrections de bugs, j'ai abandonné Pysimony pour Javamony : https://sourceforge.net/projects/javamony/Étant donné la beauté de Python, je sais qu'un jour je devrai finir Pysimony.
Première tentative d'un étudiant pour un programme d'inférence phylogénétique, écrit dans le Python simpliste mais élégant.
Pysimony lit un fichier FASTA (seul ATGC accepté) spécifié comme son seul argument. Des tests de base ont montré qu'il est lent, imprécis et très certainement inefficace. Un arbre qui ne sera probablement pas le plus parcimonieux est imprimé une fois terminé dans le format d'arbre de base de Newick.
Comme toutes les parties du programme sont le travail original d'un programmeur débutant, cela peut représenter l'une des pires approches pour résoudre le problème phylogénétique. J'ai clairement évité la programmation orientée objet.
Néanmoins, je distribue ceci en imaginant qu'il pourrait un jour être légèrement éducatif ou au moins faire rire de la tentative pathétique qu'il fait de réinventer la roue
Fonctionnalités:
- Calculateur de parcimonie défectueux
- Lit les fichiers FASTA (uniquement ATGC)
- Arbre de sortie au format Newick
- Mode simple et unique
Audience
Science/Recherche, Éducation
Interface utilisateur
Ligne de commande
Langage de programmation
Python
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/pysimony/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
