Il s'agit de l'application Linux nommée RNAseqR dont la dernière version peut être téléchargée sous RNAseqR_1.1.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée RNAseqR avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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ARNseqR
DESCRIPTION
RNAseqR est conçu pour l'analyse de l'expression des données RNA-seq et convient mieux à l'analyse de plusieurs bibliothèques non répliquées. Il s'agit d'un programme codé en C++ actuellement compilé pour les systèmes Linux.
Avec l'interface graphique et les interfaces de ligne de commande, il peut effectuer des transformations log, PPM et/ou RPKM (si les longueurs sont fournies), ainsi que des analyses statistiques pour l'expression différentielle, en utilisant la fonction de distribution cumulative binomiale négative (CDF) ou la statistique de test R introduit pour l'analyse EST par Stekel et al.
La sortie permet des décisions basées sur les probabilités CDF, les valeurs R supérieures ou la comparaison des valeurs R avec des données aléatoires. Les comparaisons sont la métrique de crédibilité de Stekel et al, ou le R observé par rapport au R attendu à une expression moyenne donnée. La randomisation s'effectue via des distributions de Poisson ou binomiales négatives, ou un brassage de colonnes.
Langage de programmation
C + +
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/rnaseqr/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
