Il s'agit de l'application Linux nommée SoftSV dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom SoftSV_1.4.2.zip. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée SoftSV avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
SoftSV
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DESCRIPTION
SoftSV est un outil pour la détection de petites et grandes délétions, inversions, duplications en tandem et translocations à partir de données de séquençage appariées. Il utilise des mappages aberrants d'extrémités appariées pour déterminer les régions de points d'arrêt approximatifs et affine les points d'arrêt en analysant les séquences écrêtées en douceur pour les lectures fractionnées potentielles.
Pour plus d'informations sur l'algorithme et une évaluation, consultez cette publication :
« Détection robuste et exacte des variations structurelles avec des alignements à deux extrémités et à écrêtage progressif : SoftSV comparé à huit algorithmes »
(PMID 25998133)
Veuillez citer cet article si vous avez utilisé SoftSV dans votre publication.
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Console/Terminal
Langage de programmation
C + +
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/softsv/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.