Il s'agit de l'application Linux SPANDx, dont la dernière version est téléchargeable sous le nom SPANDx_v3.2.tar.gz. Elle peut être exécutée en ligne sur l'hébergeur gratuit OnWorks pour postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée SPANDx avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
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SPANDx
DESCRIPTION
SPANDx est votre outil unique pour identifier les variantes SNP et indel dans les génomes haploïdes à l'aide de données NGS.
SPANDx effectue l'alignement des lectures NGS brutes avec le génome de référence ou le pangénome de votre choix, puis effectue l'appel et l'annotation précis des variants et détermine la présence/absence de locus. SPANDx produit des matrices de SNP et d'indels pour les analyses phylogénétiques en aval. Les SNP et indels annotés à l'échelle du génome peuvent également être identifiés si nécessaire et sont générés dans un format lisible par l'homme. Une matrice de présence/absence est également générée pour vous permettre d'identifier le contenu du génome principal/accessoire de tous vos génomes.
Les résultats générés par SPANDx peuvent être importés dans PLINK pour des analyses d'études d'association pangénomiques microbiennes (mGWAS).
SPANDx peut utiliser PBS, SGE ou SLURM pour la gestion des ressources. SPANDx peut également s'exécuter directement en ligne de commande si aucun gestionnaire de ressources n'est disponible.
Pour la version la plus récente de SPANDx, consultez-nous sur GitHub : https://github.com/dsarov/SPANDx
Fonctionnement
- 30 novembre 16 : SPANDx 3.2 utilise désormais BWA-mem pour des alignements plus rapides et plus précis
- 31 mai 16 : SPANDx 3.1.1 fonctionne désormais sur les systèmes TORQUE/PBS antérieurs à la version 2.3.1.
- 14 février 16 : SPANDx 3.1 L'indicateur -z peut désormais être défini pour inclure les SNP tri- et tétra-alléliques dans les sorties .nex.
- 26 déc. 15 : SPANDx 3.0 comporte de nombreuses mises à niveau, notamment une compatibilité améliorée avec Samtools, une meilleure intégration PLINK pour GWAS et peut appeler jusqu'à 9 indels et les quatre SNP sur un seul locus !
- 05 août 15 : SPANDx v2.7 fonctionne désormais sur SGE, PBS, SLURM et les systèmes sans gestionnaire de ressources.
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Ligne de commande
Langage de programmation
Shell Unix
Catégories
Cette application peut également être téléchargée depuis https://sourceforge.net/projects/spandx/. Elle est hébergée sur OnWorks afin de pouvoir être exécutée en ligne plus facilement depuis l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
