Il s'agit de l'application Linux nommée Taxoblast à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom Taxoblast1.21beta.jar. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée Taxoblast pour une exécution gratuite sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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Taxoblast pour fonctionner sous Linux en ligne
DESCRIPTION
Les séquences génomiques brutes sont fréquemment contaminées par des séquences d'autres organismes. Leur identification est essentielle pour l'interprétation des données génomiques. Dans ce contexte, il est essentiel de faire la distinction entre les transferts horizontaux de gènes et la contamination. Le contexte génomique des séquences peut aider à distinguer les deux scénarios. Le taxoblaste divise les échafaudages génomiques en sous-séquences de longueur définie et pour chacun d'eux détermine le taxon apparenté le plus proche. Il résume ensuite ces informations pour l'ensemble de l'échafaudage, en tenant compte de l'ontologie taxonomique. Les échafaudages qui correspondent exclusivement aux contaminants potentiels peuvent être retirés en toute sécurité tandis que les séquences correspondant partiellement aux contaminants et partiellement à l'organisme cible peuvent constituer des transferts horizontaux ou des artefacts d'assemblage et doivent être examinées manuellement.Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Balançoire Java
Langage de programmation
Java
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/taxoblast/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
