Il s'agit de l'application Linux nommée UniPyRange à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom UniPyRangeSuite.py. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée UniPyRange pour une exécution gratuite sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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UniPyRange pour fonctionner sous Linux en ligne
DESCRIPTION
Script python très simple qui vous évite de compter les acides aminés/bases d'ADN dans les fichiers fasta de la base de données Uniprot et NCBI RefSeq (1, 2).Disons que vous voulez la séquence d'acides aminés de la plage 128-387 à partir d'une protéine de 1000 acides aminés - ce script vous aidera à éviter les erreurs de comptage en vous montrant simplement la séquence spécifiée en acides aminés et en codant les paires de bases d'ADN (idéal pour la conception d'amorces d'amplification ) d'un ID Uniprot spécifié.
- Nécessite BioPython (3) et Bioservices Package (4)
(1)
Le Consortium UniProt
UniProt : un hub pour les informations sur les protéines
Acides nucléiques Res. 43 : D204-D212 (2015).
(2)
RefSeq : une mise à jour sur les séquences de référence des mammifères. Acides nucléiques Res. 2014er janvier 1;42(1):D756-63.
(3)
Cock PJ et al. Bioinformatique (2009)
(4)
Cokelaer et al, Bioinformatique (2013)
Langage de programmation
Python
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/unipyrange/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
