Il s'agit de l'application Windows COGsoft, utilisable en ligne sous Windows via Linux. Sa dernière version est téléchargeable sous le nom COGsoft.04.19.2012.tgz. Elle est disponible en ligne sur l'hébergeur gratuit OnWorks pour postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée COGsoft pour l'exécuter sous Windows en ligne sur Linux en ligne avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez n'importe quel émulateur en ligne OS OnWorks à partir de ce site Web, mais un meilleur émulateur en ligne Windows.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Windows que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application et installez-la.
- 7. Téléchargez Wine depuis les dépôts de logiciels de vos distributions Linux. Une fois installé, vous pouvez ensuite double-cliquer sur l'application pour les exécuter avec Wine. Vous pouvez également essayer PlayOnLinux, une interface sophistiquée sur Wine qui vous aidera à installer des programmes et des jeux Windows populaires.
Wine est un moyen d'exécuter un logiciel Windows sur Linux, mais sans Windows requis. Wine est une couche de compatibilité Windows open source qui peut exécuter des programmes Windows directement sur n'importe quel bureau Linux. Essentiellement, Wine essaie de ré-implémenter suffisamment de Windows à partir de zéro pour qu'il puisse exécuter toutes ces applications Windows sans avoir réellement besoin de Windows.
COGsoft fonctionnera sous Windows en ligne plutôt que sous Linux en ligne
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DESCRIPTION
Logiciel de création de clusters de groupes orthologues (avec le nouvel algorithme EdgeSearch). Dernière référence : Kristensen DM, Kannan L, Coleman MK, Wolf YI, Sorokin A, Koonin EV, Mushegian A. Bioinformatics 2010.Fonctionnement
- Une description des forces/faiblesses des différentes méthodes : Kristensen DM, Wolf YI, Mushegian AR, Koonin EV. Méthodes de calcul pour l'inférence d'orthologie génétique. Bref Bioinform. 2011 septembre;12(5):379-91. Publication en ligne du 2011 juin 19. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21690100
- Référence de l'algorithme : Kristensen DM, Kannan L, Coleman MK, Wolf YI, Sorokin A, Koonin EV, Mushegian A. Un algorithme à faible polynôme pour l'assemblage de groupes de groupes orthologues à partir des meilleures correspondances symétriques intergénomiques. Bioinformatique. 2010 juin 15;26(12):1481-7. Publication en ligne du 2010 mai 2 http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/btq229?ijkey=zD7TIWnncGvDGYE&keytype=ref
- Revue bonne/approfondie des orthologues/COG : Koonin EV. Orthologues, paralogues et génomique évolutive. Annu Rev Genet. 2005;39:309-38. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16285863
- Papier COG original : Tatusov RL, Koonin EV, Lipman DJ. Une perspective génomique sur les familles de protéines. Science. 1997 octobre 24;278(5338):631-7. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9381173
- Base de données COG : Tatusov RL, Galperin MY, Natale DA, Koonin EV. La base de données COG : un outil d'analyse à l'échelle du génome des fonctions et de l'évolution des protéines. Acides nucléiques Res. 2000er janvier 1;28(1):33-6. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10592175
- Site de la page Web du laboratoire Koonin : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/groups/koonin/
- Site FTP officiel : ftp.ncbi.nih.gov/pub/wolf/COGs/COGsoft/ (bien que pour le moment, le readme pointe juste vers la page sourceforge)
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Ligne de commande
Langage de programmation
C + +
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/cogtriangles/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
