Il s'agit de l'application Windows nommée Pontos dont la dernière version peut être téléchargée sous Pontos-3.0-src.zip. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée Pontos avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez n'importe quel émulateur en ligne OS OnWorks à partir de ce site Web, mais un meilleur émulateur en ligne Windows.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Windows que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application et installez-la.
- 7. Téléchargez Wine depuis les dépôts de logiciels de vos distributions Linux. Une fois installé, vous pouvez ensuite double-cliquer sur l'application pour les exécuter avec Wine. Vous pouvez également essayer PlayOnLinux, une interface sophistiquée sur Wine qui vous aidera à installer des programmes et des jeux Windows populaires.
Wine est un moyen d'exécuter un logiciel Windows sur Linux, mais sans Windows requis. Wine est une couche de compatibilité Windows open source qui peut exécuter des programmes Windows directement sur n'importe quel bureau Linux. Essentiellement, Wine essaie de ré-implémenter suffisamment de Windows à partir de zéro pour qu'il puisse exécuter toutes ces applications Windows sans avoir réellement besoin de Windows.
CAPTURES D'ÉCRAN
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Points
DESCRIPTION
Pontos est un programme Java graphique facile à utiliser pour le calcul de matrices de distance (ou de similarité) non corrigées à partir d'alignements de séquences d'ADN au format PHYLIP. Il crée également des alignements de « différence » par rapport aux alignements réguliers (et vice-versa).
Il peut gérer les lacunes et les ambiguïtés de différentes manières.
Les écarts peuvent être :
- tous utilisés ;
- tous ignorés ;
- ignoré uniquement aux extrémités des séquences, par paires ;
- ignoré uniquement aux extrémités, mais maintenant globalement (en fait, rognage de tout l'alignement aux séquences les plus éloignées des extrémités).
Les ambiguïtés (des choses comme R, Y, N, W, etc. dans une séquence d'ADN) peuvent être traitées comme :
- considérer les ambiguïtés comme toujours différentes ;
- considérer l'ambiguïté comme partiellement différente (par exemple, R serait 0.5 différent de A ou G) ;
- ignorer les ambiguïtés dans chaque comparaison par paires ;
- supprimer toutes les colonnes, globalement, qui montrent une ambiguïté.
Pontos a été écrit sous Linux, mais devrait fonctionner sur n'importe quel système sur lequel Java fonctionne. Pontos est sous licence GPL version 3.
Audience
Science/Recherche, Utilisateurs finaux/De bureau
Interface utilisateur
Balançoire Java
Langage de programmation
Java
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/pontos/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
