Il s'agit de l'application Windows Scaffold_Builder, dont la dernière version est téléchargeable sous le nom scaffold_builder_v2.2.zip. Elle peut être exécutée en ligne sur l'hébergeur gratuit OnWorks pour postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée Scaffold_Builder avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez n'importe quel émulateur en ligne OS OnWorks à partir de ce site Web, mais un meilleur émulateur en ligne Windows.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Windows que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application et installez-la.
- 7. Téléchargez Wine depuis les dépôts de logiciels de vos distributions Linux. Une fois installé, vous pouvez ensuite double-cliquer sur l'application pour les exécuter avec Wine. Vous pouvez également essayer PlayOnLinux, une interface sophistiquée sur Wine qui vous aidera à installer des programmes et des jeux Windows populaires.
Wine est un moyen d'exécuter un logiciel Windows sur Linux, mais sans Windows requis. Wine est une couche de compatibilité Windows open source qui peut exécuter des programmes Windows directement sur n'importe quel bureau Linux. Essentiellement, Wine essaie de ré-implémenter suffisamment de Windows à partir de zéro pour qu'il puisse exécuter toutes ces applications Windows sans avoir réellement besoin de Windows.
CAPTURES D'ÉCRAN
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Constructeur d'échafaudages
DESCRIPTION
Scaffold_builder est un logiciel permettant d'ordonner les contigs générés par séquençage préliminaire selon une séquence de référence. Les lacunes sont comblées par des N et les petits chevauchements sont alignés grâce à l'algorithme de Needleman-Wunsch et au consensus créé par les codes IUPAC. Scaffold_builder peut faciliter l'assemblage et l'annotation des génomes en révélant les éléments manquants et en permettant un séquençage ciblé pour combler ces lacunes.(c) Silva GG, Dutilh BE, Matthews TD, Elkins K, Schmieder R, Dinsdale EA, Edwards RA.
Veuillez citer : « Combinaison de l'assemblage de novo et guidé par référence avec Scaffold_builder », Code source pour Biology and Medicine 2013.
Comment ça marche
- échafaud
- ébauche du génome
- bioinformatique
Interface utilisateur
Basé sur le Web, ligne de commande
Langage de programmation
Python
Cette application peut également être téléchargée depuis https://sourceforge.net/projects/scaffold-b/. Elle est hébergée sur OnWorks afin de pouvoir être exécutée en ligne plus facilement depuis l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
