दूसरा स्कोर - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

2ndscore - प्रत्येक स्थिति में लंगर डाले हुए सर्वश्रेष्ठ हेयरपिन ढूंढें।

SYNOPSIS

2ndscore in.fasta > out.hairpins

वर्णन

अनुक्रम में प्रत्येक स्थिति के लिए यह एक पंक्ति का उत्पादन करेगा:

-0.6 52 .. 62 टीटीसीसीटीएएएजीजीटीटीसीसीए जीसीजी सीएएएए टीजीसी
(स्कोर) (शुरू .. अंत) (बाएं संदर्भ) (हेयरपिन) (दाएं संदर्भ)

अनुक्रमों के सिरों के पास की स्थिति के लिए, संदर्भ को 'x' के साथ गद्देदार किया जा सकता है
पात्र। यदि कोई हेयरपिन नहीं मिलता है, तो स्कोर 'कोई नहीं' होगा।

कई फास्टा फाइलें दी जा सकती हैं और प्रत्येक फास्टा फाइल में कई सीक्वेंस हो सकते हैं। NS
प्रत्येक अनुक्रम के लिए आउटपुट को '>' से शुरू होने वाली एक लाइन द्वारा अलग किया जाएगा और जिसमें
अनुक्रम का FASTA विवरण।

क्योंकि प्लस-स्ट्रैंड और माइनस-स्ट्रैंड के हेयरपिन स्कोर भिन्न हो सकते हैं (GU . के कारण)
आरएनए में बाध्यकारी), डिफ़ॉल्ट रूप से 2ndscore प्रत्येक अनुक्रम के लिए हेयरपिन के दो सेट आउटपुट करता है: the
फॉरवर्ड हेयरपिन और रिवर्स हेयरपिन। सभी आगे के हेयरपिन पहले आउटपुट होते हैं, और
'>' लाइन के अंत में 'फॉरवर्ड' शब्द होने से उनकी पहचान की जाती है।
इसी तरह, रिवर्स हेयरपिन को '>' लाइन के बाद 'रिवर्स' के साथ समाप्त होने के बाद सूचीबद्ध किया जाता है। अगर तुम
केवल एक या दूसरे स्ट्रैंड को खोजना चाहते हैं, आप इसका उपयोग कर सकते हैं:

--no-fwd फॉरवर्ड हेयरपिन प्रिंट न करें
--no-rvs रिवर्स हेयरपिन प्रिंट न करें

आप उपयोग किए गए ऊर्जा फ़ंक्शन को सेट कर सकते हैं, जैसे ट्रांसटर्म के साथ --gc, --au, --gu,
--mm, --gap विकल्प। --min-loop, --max-loop, और --max-len विकल्प भी समर्थित हैं।

FORMAT OF THE ।थैला फ़ाइलें
बैग फ़ाइलों के लिए कॉलम क्रम में हैं:

1. जीन_नाम
2. टर्मिनेटर_स्टार्ट
3. टर्मिनेटर_एंड
4. हेयरपिन_स्कोर
5. पूंछ_स्कोर
6. टर्मिनेटर_सीक्वेंस

7. टर्मिनेटर_कॉन्फिडेंस: हेयरपिन और टेल स्कोर का एक संयोजन जो
यह ध्यान में रखता है कि इस तरह के स्कोर यादृच्छिक क्रम में कितने संभावित हैं। इस
टर्मिनेटर के लिए मुख्य "स्कोर" है और इसकी गणना में वर्णित के अनुसार की जाती है
कागज़।

8. APPROXIMATE_distance_from_end_of_gene: आधार की *अनुमानित* संख्या
जीन के अंत और टर्मिनेटर की शुरुआत के बीच जोड़े। इस
कई मायनों में अनुमानित है: पहला, (और सबसे महत्वपूर्ण) TransTermHP
हमेशा वास्तविक जीन सिरों का उपयोग नहीं करता है। आपके द्वारा दिए गए विकल्पों के आधार पर
यह टर्मिनेटर को संभालने के लिए जीन के कुछ सिरों को ट्रिम कर सकता है कि
आंशिक रूप से जीन के साथ ओवरलैप। दूसरा, जहां टर्मिनेटर "शुरू होता है"
इतनी अच्छी तरह से परिभाषित नहीं है। यह क्षेत्र केवल एक विवेक जांच के लिए अभिप्रेत है
(टर्मिनेटरों को जीन के अंत के निकट सबसे अच्छा बताया जाना चाहिए
_बहुत दूर_ जीन के अंत से)।

का उपयोग करते हुए ट्रांस्टरम बिना जीनोम एनोटेशन
TransTermHP केवल 3 चीजों के लिए ज्ञात जीन जानकारी का उपयोग करता है: (1) पुटेटिव को टैग करना
टर्मिनेटर या तो "इनसाइड जीन" या "इंटरजेनिक," (2) बैकग्राउंड जीसी-
स्कोर की गणना करने के लिए सामग्री प्रतिशत, क्योंकि जीन में अक्सर अलग जीसी सामग्री होती है
इंटरजेनिक क्षेत्रों की तुलना में, और (3) थोड़ा अधिक पठनीय उत्पादन का उत्पादन। आइटम (1)
और (3) वास्तव में आवश्यक नहीं हैं, और (2) इसका कोई प्रभाव नहीं पड़ता है यदि आपके जीन में लगभग समान है
जीसी-सामग्री आपके इंटरजेनिक क्षेत्रों के रूप में।

दुर्भाग्य से, TransTermHP के पास अभी तक एनोटेशन के बिना चलाने का एक आसान विकल्प नहीं है
फ़ाइल (या तो .ptt या .coords), और कम से कम 2 जीन मौजूद होने की आवश्यकता है। समाधान
नकली, छोटे जीन बनाना है जो प्रत्येक गुणसूत्र को झुकाते हैं। ऐसा करने के लिए, एक नकली.कोर्ड्स बनाएं
फ़ाइल जिसमें केवल ये दो पंक्तियाँ हैं:

नकलीजीन1 1 2 chome_id
नकलीजीन2 एल-1 एल क्रोम_आईडी

जहां एल इनपुट अनुक्रम की लंबाई है और एल -1 इनपुट की लंबाई से 1 कम है
अनुक्रम। "क्रोम_आईडी" .fasta फ़ाइल में ">" के ठीक बाद आने वाला शब्द होना चाहिए
अपने अनुक्रम युक्त। (यदि, उदाहरण के लिए, आपकी .fasta फ़ाइल ">seq1" से शुरू हुई है, तो
क्रोम_आईडी = seq1)।

यह एक "नकली" एनोटेशन बनाता है जिसमें दो 1-आधार-लंबे जीन अनुक्रम को a . में फ़्लैंक करते हैं
पूंछ से पूंछ की व्यवस्था: --> <-. TransTermHP को इसके साथ चलाया जा सकता है:

ट्रांसटर्म -पी एक्सपटरम.डेट सीक्वेंस.फास्टा नकली.कोर्ड्स

यदि आपके इंटरजेनिक क्षेत्रों की जी/सी सामग्री आपके जीन के समान ही है, तो यह
टर्मिनेटरों को प्राप्त होने वाले स्कोर पर बहुत अधिक प्रभाव नहीं पड़ेगा। दूसरी ओर,
TransTermHP के इस प्रयोग का बहुत अधिक परीक्षण नहीं किया गया है, इसलिए इसकी पुष्टि करना कठिन है
सटीकता।

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