अल्फ - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

अल्फ - संरेखण मुक्त अनुक्रम तुलना

SYNOPSIS

अल्फ [विकल्प] -i IN.FASTA [-O OUT.TXT]

वर्णन

IN.FASTA में संरेखण-मुक्त तरीकों का उपयोग करके अनुक्रमों की जोड़ीवार समानता की गणना करें
और OUT.TXT पर जोड़ीवार स्कोर के साथ टैब-सीमांकित मैट्रिक्स लिखें।

-h, --मदद

यह सहायता संदेश प्रदर्शित करता है।

--संस्करण

संस्करण जानकारी प्रदर्शित करें

-v, --शब्दशः

दिए जाने पर, प्रगति के बारे में विवरण स्क्रीन पर मुद्रित हो जाता है।

इनपुट / आउटपुट:

-i, --इनपुट फ़ाइल फ़ाइल

मल्टी-फ़ास्टा इनपुट फ़ाइल का नाम. मान्य फ़ाइल प्रकार हैं: fa और fasta।

-o, --निर्गम संचिका फ़ाइल

उस फ़ाइल का नाम जिसमें जोड़ीवार अंकों के साथ टैब-सीमांकित मैट्रिक्स होगा
को लिखा गया. डिफ़ॉल्ट को stdout पर लिखना है। मान्य फ़ाइल प्रकार है: alf.tsv.

सामान्य एल्गोरिथम पैरामीटर:

-m, --तरीका विधि

उपयोग करने की विधि चुनें. N2, D2, D2Star और D2z में से एक। डिफ़ॉल्ट: N2.

-k, --k-मेर-आकार K

के-मेर्स का आकार. डिफ़ॉल्ट: 4.

-म, --बीजी-मॉडल-ऑर्डर आदेश

पृष्ठभूमि मार्कोव मॉडल का क्रम। डिफ़ॉल्ट: 1.

N2 एल्गोरिथम पैरामीटर्स:

आर सी, --रिवर्स-पूरक मोड

कौन सा स्ट्रैंड स्कोर करना है. दोनों स्ट्रैंड्स को एक साथ स्कोर करने के लिए दोनों_स्ट्रैंड्स का उपयोग करें। एक
इनपुट का, दोनों_स्ट्रैंड, माध्य, न्यूनतम और अधिकतम। डिफ़ॉल्ट: इनपुट.

-म, -- बेमेल बेमेल

बेमेल की संख्या, 0 और 1 में से एक। जब 1 का उपयोग किया जाता है, तो N2 k-mer-पड़ोसी का उपयोग करता है
एक बेमेल के साथ. डिफ़ॉल्ट: 0.

-एमएमडब्ल्यू, --बेमेल वजन वजन

बेमेल शब्दों के लिए गिनती का वास्तविक-मूल्यवान वजन। डिफ़ॉल्ट: 0.1.

-kwf, --k-मेर-वेट-फ़ाइल फ़ाइल.TXT

यदि दिया गया है तो इस फ़ाइल के प्रत्येक अनुक्रम के लिए k-mer वज़न प्रिंट करें। मान्य फ़ाइल प्रकार है:
टेक्स्ट।

संपर्क एवं संदर्भ

प्रश्नों या टिप्पणियों के लिए संपर्क करें:

जोनाथन गोएके[ईमेल संरक्षित]>

यदि आपने ALF या N2 विधि का उपयोग किया है तो कृपया निम्नलिखित प्रकाशन का संदर्भ लें
आपका विश्लेषण:

जोनाथन गोएके, मार्सेल एच. शुल्ज़, जूलिया लासेरे, और मार्टिन विंग्रोन। का अनुमान
वर्ड नेबरहुड काउंट के साथ स्तनधारी एन्हांसरों की जोड़ीवार अनुक्रम समानता।
जैव सूचना विज्ञान (2012)।

परियोजना मुखपृष्ठ:

http://www.seqan.de/projects/alf

VERSION

एएलएफ संस्करण: 1.1 अंतिम अद्यतन 5 जनवरी 2012

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