बेबल - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

कोलाहल, ओबैबेल — रसायन विज्ञान और आणविक मॉडलिंग डेटा फ़ाइलों के लिए एक कनवर्टर

SYNOPSIS

कोलाहल [-H मदद के विकल्प]
कोलाहल [विकल्प] [-i निवेष का प्रकार] फाइल में [-o उत्पादन का प्रकार] आउटफाइल

ओबैबेल [-H मदद के विकल्प]
ओबैबेल [विकल्प] [-i निवेष का प्रकार | -"मुस्कान-स्ट्रिंग"] फाइल में [-o उत्पादन का प्रकार] -O आउटफाइल

वर्णन

कोलाहल एक क्रॉस-प्लेटफ़ॉर्म प्रोग्राम है जिसे उपयोग किए गए कई फ़ाइल स्वरूपों के बीच इंटरकनवर्ट करने के लिए डिज़ाइन किया गया है
आणविक मॉडलिंग और कम्प्यूटेशनल रसायन विज्ञान और संबंधित क्षेत्र।

ओबैबेल और कोलाहल थोड़े अलग हैं। पहला सामान्य यूनिक्स सम्मेलन के करीब है
कमांडलाइन प्रोग्राम के लिए और अधिक लचीला जब उपयोगकर्ता को पैरामीटर मान निर्दिष्ट करने की आवश्यकता होती है
विकल्पों पर। साथ में कोलाहल यह केवल तभी काम करता है जब विकल्प लाइन पर अंतिम होता है; साथ ओबैबेल
ऐसा कोई प्रतिबंध लागू नहीं होता है। इसके आगे SMILES स्ट्रिंग्स में प्रवेश करने का एक शॉर्टकट है, जो
इनपुट फ़ाइल के स्थान पर उपयोग किया जा सकता है।

ओपन बेबेल रसायन विज्ञान सॉफ्टवेयर विकसित करने के लिए एक पूर्ण प्रोग्रामर टूलकिट भी है। के लिये
अधिक जानकारी के लिए, ओपन बेबेल वेब पेज देखेंhttp://openbabel.org/>.

विकल्प

यदि केवल इनपुट और आउटपुट फ़ाइलें दी जाती हैं, तो ओपन बैबेल फ़ाइल के प्रकार का अनुमान लगाएगा
फ़ाइल नाम एक्सटेंशन।

-"मुस्कान-स्ट्रिंग"
SMILES स्ट्रिंग दर्ज करें और इनपुट फ़ाइल के स्थान पर इसका उपयोग करें। SMILES स्ट्रिंग होनी चाहिए
उद्धरण चिह्नों में संलग्न। एक से अधिक का उपयोग किया जा सकता है, और एक अणु शीर्षक हो सकता है
उद्धरणों में संलग्न होने पर शामिल है।

-a विकल्पों
प्रारूप-विशिष्ट इनपुट विकल्प। देखो -H प्रारूप-आईडी किसी विशेष द्वारा अनुमत विकल्पों के लिए
प्रारूप

--शीर्षक में जोड़ें
वर्तमान अणु शीर्षक में टेक्स्ट जोड़ें

--सूत्र जोड़ें
वर्तमान अणु शीर्षक के बाद आणविक सूत्र जोड़ें

-b मूल बांडों को परिवर्तित करें: जैसे, [N+]([O-])=O से N(=O)=O

-c केंद्र परमाणु निर्देशांक (0,0,0) पर

-C पहली फ़ाइल में अणुओं को समान नाम वाले अन्य लोगों के साथ मिलाएं

-e त्रुटियों के बाद जारी रखें

-d हाइड्रोजन हटाएं

---त्रुटिस्तर 2
प्रदर्शित त्रुटियों और चेतावनियों के स्तर को फ़िल्टर करें:
1 = केवल महत्वपूर्ण त्रुटियां
2 = चेतावनियाँ भी शामिल करें (डिफ़ॉल्ट)
3 = सूचनात्मक संदेश भी शामिल करें
4 = डेटा में परिवर्तन के "ऑडिट लॉग" संदेशों को शामिल करें
5 = डिबगिंग संदेश भी शामिल करें

-f # एकाधिक प्रविष्टि इनपुट के लिए, पहली प्रविष्टि के रूप में # अणु के साथ आयात प्रारंभ करें

-F उपलब्ध फ़िंगरप्रिंट प्रकारों को आउटपुट करें

-h हाइड्रोजन जोड़ें

-H आउटपुट उपयोग की जानकारी

-H प्रारूप-आईडी
आउटपुट स्वरूपण जानकारी और निर्दिष्ट प्रारूप के लिए विकल्प

-हाल
आउटपुट स्वरूपण जानकारी और सभी स्वरूपों के लिए विकल्प

-मैं
इनपुट प्रारूप निर्दिष्ट करता है, उपलब्ध प्रारूपों के लिए नीचे देखें

-j

--जॉइन
सभी इनपुट अणुओं को एक एकल आउटपुट अणु प्रविष्टि में शामिल करें

-k कम्प्यूटेशनल केमिस्ट्री मॉडलिंग कीवर्ड का अनुवाद करें (जैसे, GAMESS और गाऊसी)

-m अनुमति देने के लिए कई आउटपुट फ़ाइलें तैयार करें:
- एक इनपुट फ़ाइल को विभाजित करना - प्रत्येक अणु को लगातार क्रमांकित में रखें
आउटपुट फ़ाइलें
- बैच रूपांतरण - एकाधिक इनपुट फ़ाइलों में से प्रत्येक को निर्दिष्ट में परिवर्तित करें
आउटपुट स्वरूप

-l # एकाधिक प्रविष्टि इनपुट के लिए, अंतिम प्रविष्टि के रूप में # अणु के साथ आयात बंद करें

-o प्रारूप-आईडी
आउटपुट स्वरूप निर्दिष्ट करता है, उपलब्ध स्वरूपों के लिए नीचे देखें

-O आउटफाइल
आउटपुट फ़ाइल निर्दिष्ट करें। यह विकल्प पर लागू होता है ओबैबेल केवल.

-p पीएच के लिए उपयुक्त हाइड्रोजन जोड़ें (phmodel.txt में ट्रांस्फ़ॉर्म का उपयोग करें)

--संपत्ति
संपत्ति जोड़ें या बदलें (उदाहरण के लिए, एमडीएल एसडी फ़ाइल में)

-s स्मार्ट
केवल निर्दिष्ट किए गए स्मार्ट पैटर्न से मेल खाने वाले अणुओं को परिवर्तित करें

--अलग
अलग-अलग आणविक रिकॉर्ड में अलग किए गए टुकड़ों को अलग करें

-t सभी इनपुट फाइलें एक अणु का वर्णन करती हैं

--शीर्षक शीर्षक
आणविक शीर्षक जोड़ें या बदलें

-x विकल्पों
प्रारूप-विशिष्ट आउटपुट विकल्प। देखो -H प्रारूप-आईडी किसी विशेष द्वारा अनुमत विकल्पों के लिए
प्रारूप

-v स्मार्ट
केवल अणुओं को परिवर्तित करें नहीं मिलान स्मार्ट पैटर्न निर्दिष्ट

-V आउटपुट संस्करण संख्या और बाहर निकलें

-z gzip के साथ आउटपुट को कंप्रेस करें

फ़ाइल प्रारूप

निम्नलिखित प्रारूप वर्तमान में ओपन बेबेल द्वारा समर्थित हैं:
एसीआर -- कैराइन एएससीआई क्रिस्टल
alc -- कीमिया प्रारूप
चाप -- Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR प्रारूप [केवल पढ़ने के लिए]
bgf -- एमएसआई बीजीएफ प्रारूप
बॉक्स -- डॉक 3.5 बॉक्स प्रारूप
bs -- बॉल और स्टिक प्रारूप
c3d1 -- Chem3D कार्टेशियन 1 प्रारूप
c3d2 -- Chem3D कार्टेशियन 2 प्रारूप
caccrt -- कोको कार्टेशियन प्रारूप
कैश -- CAChe मोलस्ट्रक्चर प्रारूप [केवल-लिखें]
cacint -- कोको आंतरिक स्वरूप [केवल-लिखें]
कर सकते हैं -- विहित मुस्कान प्रारूप
कार -- Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR प्रारूप [केवल पढ़ने के लिए]
सीसीसी -- सीसीसी प्रारूप [केवल पढ़ने के लिए]
cdx -- ChemDraw बाइनरी प्रारूप [केवल पढ़ने के लिए]
सीडीएक्सएमएल -- केमड्रा सीडीएक्सएमएल प्रारूप
cht -- केमटूल प्रारूप [केवल लिखने के लिए]
सीआईएफ -- क्रिस्टलोग्राफिक सूचना फ़ाइल
सीएमएल -- रासायनिक मार्कअप भाषा
cmlr -- CML प्रतिक्रिया स्वरूप
कॉम -- गाऊसी 98/03 कार्टेशियन इनपुट [केवल लिखने के लिए]
कॉपी -- रॉ टेक्स्ट कॉपी करता है [केवल लिखने के लिए]
crk2d -- रासायनिक संसाधन किट 2D आरेख प्रारूप
crk3d -- रासायनिक संसाधन किट 3D प्रारूप
csr -- Accelrys/MSI क्वांटा CSR प्रारूप [केवल-लिखें]
सीएसएसआर -- सीएसडी सीएसएसआर प्रारूप [केवल लिखने के लिए]
सीटी -- केमड्रा कनेक्शन तालिका प्रारूप
dmol -- DMol3 प्रारूप का समन्वय करता है
ent -- प्रोटीन डाटा बैंक प्रारूप
fa -- FASTA प्रारूप [केवल लिखने के लिए]
Fasta -- FASTA प्रारूप [केवल लिखने के लिए]
fch -- गाऊसी स्वरूपित चेकपॉइंट फ़ाइल स्वरूप [केवल पढ़ने के लिए]
fchk -- गाऊसी स्वरूपित चेकपॉइंट फ़ाइल स्वरूप [केवल पढ़ने के लिए]
fck -- गाऊसी स्वरूपित चेकपॉइंट फ़ाइल स्वरूप [केवल पढ़ने के लिए]
करतब -- फ़ीचर प्रारूप
fh -- Fenske-Hall Z-Matrix फ़ॉर्मेट [केवल-लिखें]
फिक्स -- SMILES FIX फ़ॉर्मेट [केवल लिखने के लिए]
fpt -- फ़िंगरप्रिंट प्रारूप [केवल लिखने के लिए]
फ्रैक्ट -- फ्री फॉर्म फ्रैक्शनल फॉर्मेट
fs -- Babel FastSearching डेटाबेस खोलें
fsa -- FASTA प्रारूप [केवल लिखने के लिए]
g03 -- गाऊसी 98/03 आउटपुट [केवल पढ़ने के लिए]
g98 -- गाऊसी 98/03 आउटपुट [केवल पढ़ने के लिए]
gam -- GAMESS आउटपुट [केवल पढ़ने के लिए]
gamin -- GAMESS इनपुट [केवल-लिखें]
gamout -- GAMESS आउटपुट [केवल पढ़ने के लिए]
गाऊ -- गाऊसी 98/03 कार्टेशियन इनपुट [केवल लिखने के लिए]
gjc -- गाऊसी 98/03 कार्टेशियन इनपुट [केवल लिखने के लिए]
gjf -- गाऊसी 98/03 कार्टेशियन इनपुट [केवल लिखने के लिए]
जीपीआर -- जेमिकल प्रारूप
gr96 -- GROMOS96 प्रारूप [केवल लिखने के लिए]
हिन -- हाइपरकेम एचआईएन प्रारूप
इंची -- IUPAC InChI [केवल लिखने के लिए]
inp -- GAMESS इनपुट [केवल-लिखने के लिए]
ins -- शेलएक्स प्रारूप [केवल पढ़ने के लिए]
जिन -- जगुआर इनपुट प्रारूप [केवल लिखने के लिए]
jout -- जगुआर आउटपुट स्वरूप [केवल पढ़ने के लिए]
एमडीएल -- एमडीएल एमओएल प्रारूप
एमएमडी -- मैक्रोमॉडल प्रारूप
एममॉड -- मैक्रोमॉडल प्रारूप
एमओएल -- एमडीएल एमओएल प्रारूप
mol2 -- Sybyl mol2 प्रारूप
molreport -- बेबेल अणु रिपोर्ट खोलें [केवल-लिखें]
moo -- MOPAC आउटपुट स्वरूप [केवल पढ़ने के लिए]
एमओपी -- एमओपीएसी कार्टेशियन प्रारूप
mopcrt -- MOPAC कार्टेशियन प्रारूप
मोपिन -- MOPAC आंतरिक
mopout -- MOPAC आउटपुट स्वरूप [केवल पढ़ने के लिए]
mpc -- MOPAC कार्टेशियन प्रारूप
mpd -- Sybyl डिस्क्रिप्टर प्रारूप [केवल-लिखें]
mpqc -- MPQC आउटपुट स्वरूप [केवल पढ़ने के लिए]
mpqcin -- MPQC सरलीकृत इनपुट स्वरूप [केवल-लिखें]
nw -- NWChem इनपुट प्रारूप [केवल-लिखें]
nwo -- NWChem आउटपुट स्वरूप [केवल पढ़ने के लिए]
पीसी -- पबकेम प्रारूप [केवल पढ़ने के लिए]
पीसीएम -- पीसीमॉडल प्रारूप
pdb -- प्रोटीन डाटा बैंक प्रारूप
पीओवी -- पीओवी-रे इनपुट प्रारूप [केवल लिखने के लिए]
pqs -- समानांतर क्वांटम समाधान प्रारूप
तैयारी -- एम्बर तैयारी प्रारूप [केवल पढ़ने के लिए]
qcin -- Q-Chem इनपुट स्वरूप [केवल-लिखें]
qcout -- Q-Chem आउटपुट स्वरूप [केवल पढ़ने के लिए]
रिपोर्ट -- बेबेल रिपोर्ट प्रारूप खोलें [केवल लिखने के लिए]
रेस -- शेलएक्स प्रारूप [केवल पढ़ने के लिए]
आरएक्सएन -- एमडीएल आरएक्सएन प्रारूप
एसडी -- एमडीएल एमओएल प्रारूप
एसडीएफ -- एमडीएल एमओएल प्रारूप
smi -- मुस्कान प्रारूप
sy2 -- Sybyl mol2 प्रारूप
tdd -- थर्मो प्रारूप
परीक्षण -- परीक्षण प्रारूप [केवल लिखने के लिए]
थर्म -- थर्मो प्रारूप
tmol -- TurboMole निर्देशांक प्रारूप
txyz -- टिंकर MM2 प्रारूप [केवल-लिखें]
यूनिक्सीज़ -- यूनिकेम XYZ प्रारूप
vmol -- ViewMol प्रारूप
xed -- XED प्रारूप [केवल लिखने के लिए]
xml -- सामान्य XML स्वरूप [केवल पढ़ने के लिए]
xyz -- XYZ कार्तीय निर्देशांक प्रारूप
योब -- YASARA.org YOB प्रारूप
zin -- ZINDO इनपुट प्रारूप [केवल लिखने के लिए]

FORMAT विकल्प

अलग-अलग फ़ाइल स्वरूपों में अतिरिक्त स्वरूपण विकल्प हो सकते हैं।

इनपुट प्रारूप विकल्प 'ए' से पहले होते हैं, उदाहरण के लिए -as

आउटपुट स्वरूप विकल्प 'x' से पहले होते हैं, जैसे -xn

अधिक विशिष्ट जानकारी और विकल्पों के लिए -H . का उपयोग करें
जैसे, -एचसीएमएल

उदाहरण

मानक रूपांतरण:
बेबेल - ixyz ethanol.xyz -opdb ethanol.pdb
STDIN में SMI फ़ाइल से STDOUT को लिखी गई मोल2 फ़ाइल में रूपांतरण:
बेबेल -इस्मी -omol2
एक बहु-अणु फ़ाइल को new1.smi, new2.smi, आदि में विभाजित करें:
बेबल infile.mol new.smi -m

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन बैबल का उपयोग करें