यह कमांड Bowtie2-align-s है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे कि उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर में से एक का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
Bowtie2-align-s - अनुक्रमण को संरेखित करने के लिए अल्ट्राफास्ट और मेमोरी-कुशल बैकएंड टूल
लंबे संदर्भ अनुक्रमों को पढ़ता है
वर्णन
बेन लैंगमेड द्वारा बॉटी 2 संस्करण 2.2.6 ([ईमेल संरक्षित], www.cs.jhu.edu/~langmea)
उपयोग
Bowtie2-संरेखण [विकल्प]* -x {-2 -2 | -U } [-एस ]
अनुक्रमणिका फ़ाइल नाम उपसर्ग (शून्य अनुगामी .X.bt2)। नोट: बॉटी 1 और बॉटी 2 इंडेक्स
संगत नहीं हैं।
#1 साथियों वाली फ़ाइलें, इन फ़ाइलों के साथ युग्मित .
#2 साथियों वाली फ़ाइलें, इन फ़ाइलों के साथ युग्मित .
अयुग्मित पठन वाली फ़ाइलें।
एसएएम आउटपुट के लिए फ़ाइल (डिफ़ॉल्ट: स्टडआउट)
, , अल्पविराम से अलग की गई सूचियाँ (कोई खाली जगह नहीं) हो सकती हैं और निर्दिष्ट की जा सकती हैं
कई बार। जैसे '-U file1.fq,file2.fq -U file3.fq'.
विकल्प (डिफ़ॉल्ट in कोष्ठक)
इनपुट:
-q क्वेरी इनपुट फ़ाइलें FASTQ .fq/.fastq (डिफ़ॉल्ट) हैं
--qseq क्वेरी इनपुट फ़ाइलें Illumina के qseq प्रारूप में हैं
-f क्वेरी इनपुट फ़ाइलें हैं (बहु-) FASTA .fa/.mfa
-r क्वेरी इनपुट फ़ाइलें कच्ची एक-अनुक्रम-प्रति-पंक्ति हैं
-c , , अनुक्रम स्वयं हैं, फ़ाइलें नहीं
-s/--छोड़ें
पहले छोड़ें इनपुट में पढ़ता/जोड़े (कोई नहीं)
-u/--तक
पहले के बाद रुको पढ़ता/जोड़े (कोई सीमा नहीं)
-5/--ट्रिम5
ट्रिम 5'/पठन के बाएं छोर से आधार (0)
-3/--ट्रिम3
ट्रिम 3'/पठन के दाहिने छोर से आधार (0)
--फ़्रेड33
गुण हैं Phred+33 (डिफ़ॉल्ट)
--फ़्रेड64
गुण हैं Phred+64
--int-qual
स्पेस-सीमांकित पूर्णांक के रूप में एन्कोड किए गए गुण
प्रीसेट:
के समान:
के लिए --शुरू से अंत तक:
--बहुत तेज -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i एस, 0,2.50
--तेज़ -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i एस, 0,2.50
--संवेदनशील -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i एस,1,1.15 (डिफ़ॉल्ट)
--बहुत ही संवेदनशील -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i एस, 1,0.50
के लिए --स्थानीय:
--बहुत तेज़-स्थानीय -D 5 -R 1 -N 0 -L 25 -i एस, 1,2.00
--फास्ट-लोकल -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i एस, 1,1.75
--संवेदनशील-स्थानीय -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i एस,1,0.75 (डिफ़ॉल्ट)
--बहुत संवेदनशील-स्थानीय -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i एस, 1,0.50
संरेखण:
-N
बीज संरेखण में अधिकतम # बेमेल; 0 या 1 (0) हो सकता है
-L
बीज सबस्ट्रिंग की लंबाई; होना चाहिए >3, <32 (22)
-i
बीज सबस्ट्रिंग w/r/t रीड लेन के बीच का अंतराल (S,1,1.15)
--एन-सील
अधिकतम # गैर-ए/सी/जी/टी के लिए func aln में अनुमत (L,0,0.15)
--डीपैड
शामिल डीपी तालिका के किनारों पर अतिरिक्त रेफरी वर्ण (15)
--गबारो
भीतर अंतराल को अस्वीकार करें पढ़ने की चरम सीमा (4)
--अनदेखा-योग्य
Phred पैमाने पर सभी गुणवत्ता मूल्यों को 30 के रूप में मानें (बंद)
--nofw पढ़ने (बंद) के आगे (मूल) संस्करण को संरेखित न करें
--नॉर्क पठन (बंद) के विपरीत-पूरक संस्करण को संरेखित न करें
--no-1mm-अपफ्रंट
इष्टतम सीड के लिए स्कैन करने का प्रयास करने से पहले 1 बेमेल संरेखण की अनुमति न दें
संरेखण
--शुरू से अंत तक
संपूर्ण पठन संरेखित होना चाहिए; कोई क्लिपिंग नहीं (चालू)
OR
--स्थानीय
स्थानीय संरेखण; सिरों को नरम काटा जा सकता है (बंद)
स्कोरिंग:
--मा
मैच बोनस (0 के लिए --शुरू से अंत तक, 2 के लिए --स्थानीय)
--एमपी
बेमेल के लिए अधिकतम जुर्माना; कम योग्यता = कम दंड (6)
--एनपी
गैर-ए/सी/जी/टी के लिए पठन/संदर्भ में जुर्माना (1)
--आरडीजी ,
गैप ओपन पढ़ें, पेनल्टी बढ़ाएँ (5,3)
--आरएफ जी ,
संदर्भ अंतर खुला, दंड बढ़ाएँ (5,3)
--स्कोर-मिनट न्यूनतम स्वीकार्य संरेखण स्कोर w/r/t पढ़ने की लंबाई
(स्थानीय के लिए जी,20,8, एंड-टू-एंड के लिए एल,-0.6,-0.6)
रिपोर्टिंग:
(डिफ़ॉल्ट)
MAPQ के साथ कई संरेखण देखें, सर्वोत्तम रिपोर्ट करें
OR
-k
तक रिपोर्ट करें प्रति पठन; एमएपीक्यू सार्थक नहीं है
OR
-a/--सब
सभी संरेखण की रिपोर्ट करें; बहुत धीमा, MAPQ अर्थपूर्ण नहीं है
प्रयास है:
-D
के बाद विस्तार करना छोड़ दें असफल एक पंक्ति में फैलता है (15)
-R
w/दोहराए गए बीजों को पढ़ने के लिए, कोशिश करें बीज के सेट (2)
जोड़ीदार अंत:
-I/--मिनिंस
न्यूनतम टुकड़ा लंबाई (0)
-X/--मैक्सिन्स
अधिकतम टुकड़ा लंबाई (500)
--NS/--आरएफ/--एफएफ -1, -2 साथी एफडब्ल्यू / रेव, रेव / एफडब्ल्यू, एफडब्ल्यू / एफडब्ल्यू (--NS)
--नहीं-मिश्रित
युग्मित पठन के लिए अयुग्मित संरेखण को दबाएं
--नो-डिसॉर्डेंट
युग्मित पठन के लिए असंगत संरेखण को दबाएं
--नो-दोस्ताना
जब साथी एक-दूसरे से आगे बढ़ते हैं तो सहमति नहीं होती
--नहीं-होना
समवर्ती नहीं जब एक साथी संरेखण में अन्य शामिल हों
--नो-ओवरलैप
जब साथी बिल्कुल ओवरलैप करते हैं तो सहमति नहीं होती
आउटपुट:
-t/--समय
खोज चरणों द्वारा लिया गया दीवार-घड़ी का समय प्रिंट करें
--शांत
गंभीर त्रुटियों को छोड़कर stderr पर कुछ भी प्रिंट न करें
--मेट-फाइल
फ़ाइल करने के लिए मेट्रिक्स भेजें (बंद)
--met-stderr
stderr को मेट्रिक्स भेजें (बंद)
--मुलाकात की
आंतरिक काउंटरों और मेट्रिक्स की हर रिपोर्ट करें सेक (1)
--नो-उनाल
असंरेखित पठन के लिए एसएएम रिकॉर्ड को दबाएं
--सिर नहीं
हेडर लाइनों को दबाएं, यानी @ से शुरू होने वाली लाइनें
--नहीं-वर्ग
@SQ हेडर लाइन्स को दबाएं
--आरजी-आईडी
रीड ग्रुप आईडी सेट करें, जो @RG लाइन और RG:Z: ऑप्ट फील्ड में परिलक्षित होता है
--आरजी
जोड़ें ("लैब: वैल्यू") से सैम हेडर की @RG लाइन। नोट: @RG लाइन केवल प्रिंटेड
कब --आरजी-आईडी सेट है।
--छोड़ें-सेक-सेक
द्वितीयक संरेखण के लिए SEQ और QUAL फ़ील्ड में '*' डालें।
प्रदर्शन:
-p/--धागे लॉन्च करने के लिए संरेखण धागे की संख्या (1)
-- पुनः क्रमित करें
एसएएम आउटपुट ऑर्डर को इनपुट रीडिंग के क्रम से मेल खाने के लिए मजबूर करें
- मिमी अनुक्रमणिका के लिए मेमोरी-मैप्ड I/O का उपयोग करें; कई 'धनुष साझा कर सकते हैं
अन्य:
--क्यूसी-फ़िल्टर
फ़िल्टर आउट पढ़ता है जो QSEQ फ़िल्टर के अनुसार खराब है
--बीज
यादृच्छिक संख्या जनरेटर के लिए बीज (0)
--गैर नियतात्मक बीज रैंड। जनरल पढ़ने की विशेषताओं का उपयोग करने के बजाय मनमाने ढंग से
--संस्करण
संस्करण की जानकारी प्रिंट करें और छोड़ें
-h/--मदद
इस उपयोग संदेश को प्रिंट करें
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