bp_seqfeature_loadp - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

bp_seqfeature_load.pl - GFF को SeqFeature डेटाबेस में लोड करें

वर्णन

लोड करने के लिए किसी भी संख्या में GFF या fasta प्रारूप फ़ाइलें (या एम्बेडेड fasta के साथ GFF) पास करें
SeqFeature डेटाबेस में सुविधाएँ और अनुक्रम। उपयोग करने के लिए डेटाबेस (और एडाप्टर) है
कमांड लाइन पर निर्दिष्ट. नया SeqFeature डेटाबेस बनाने के लिए --create ध्वज का उपयोग करें।

SYNOPSIS

bp_seqfeature_load.pl [विकल्प] gff_or_fasta_file1 [gff_or_fasta_file2 [...]]

अधिक जानकारी के लिए 'bp_seqfeature_load.pl --help' या '--man' आज़माएं।

विकल्प

-डी, --डीएसएन
DBI डेटा स्रोत (डिफ़ॉल्ट dbi:mysql:परीक्षण)

-एन, --नेमस्पेस
उपयोग करने के लिए तालिका उपसर्ग (डिफ़ॉल्ट अपरिभाषित) कई स्वतंत्र अनुक्रम सुविधा की अनुमति देता है
डेटाबेस को एक ही डेटाबेस में संग्रहीत किया जाना है

-s, --seqfeature
बनाने के लिए SeqFeature का प्रकार... RTSC (डिफ़ॉल्ट Bio::DB::SeqFeature)

-ए, --एडेप्टर
उपयोग करने के लिए स्टोरेज एडॉप्टर (क्लास) (डिफ़ॉल्ट DBI::mysql)

-v, --verbose
वर्बोज़ प्रगति रिपोर्टिंग चालू करें (डिफ़ॉल्ट सत्य) इसे बंद करने के लिए --noverbose का उपयोग करें।

-एफ, --तेज़
तेज़ लोडिंग सक्रिय करें. (डिफ़ॉल्ट 0) केवल कुछ एडाप्टर के लिए उपलब्ध है।

-टी, --अस्थायी-निर्देशिका
तेजी से लोड करने के लिए अस्थायी निर्देशिका निर्दिष्ट करें (डिफ़ॉल्ट फ़ाइल::Spec->tmpdir())

-i, --अनदेखा-seqregion
यदि सत्य है, तो GFF3 फ़ाइल में ##अनुक्रम-क्षेत्र निर्देशों को अनदेखा करें (डिफ़ॉल्ट, एक बनाएं)
प्रत्येक क्षेत्र के लिए सुविधा)

-सी, --बनाएँ
डेटाबेस बनाएं और इसे पुनः प्रारंभ करें (डिफ़ॉल्ट गलत) ध्यान दें, यह पिछले को मिटा देगा
डेटाबेस सामग्री, यदि कोई हो।

-यू, --उपयोगकर्ता
उपयोगकर्ता को डेटाबेस से कनेक्ट करना होगा

-पी, --पासवर्ड
डेटाबेस से कनेक्ट करने के लिए उपयोग किया जाने वाला पासवर्ड

-ज़, --ज़िप
स्थान बचाने के लिए डेटाबेस तालिकाओं को संपीड़ित करें (डिफ़ॉल्ट ग़लत)

-एस, --उपसुविधाएँ
उपसुविधाओं का अनुक्रमण चालू करें (डिफ़ॉल्ट सत्य) इसे बंद करने के लिए --nosubfeatures का उपयोग करें।

--सारांश
कवरेज ग्राफ़ के लिए सारांश आँकड़े उत्पन्न करें (डिफ़ॉल्ट ग़लत) इसे a पर चलाया जा सकता है
पहले लोड किया गया डेटाबेस या लोड के दौरान। यदि --create है तो यह डिफ़ॉल्ट रूप से सत्य हो जाएगा
उपयोग किया गया।

-एन, --नोसारांश
कुछ स्थान और लोड समय बचाने के लिए सारांश आँकड़े उत्पन्न न करें (यदि डिफ़ॉल्ट है)।
--create निर्दिष्ट नहीं है, सारांश आंकड़ों को स्पष्ट रूप से बंद करने के लिए इस विकल्प का उपयोग करें
जब --create निर्दिष्ट हो)

--नोलियास-लक्ष्य
ऐसी उपनाम विशेषता न बनाएं जिसका मान लक्ष्य विशेषता में target_id हो (यदि
सुविधा में एक लक्ष्य विशेषता शामिल है, डिफ़ॉल्ट रूप से एक उपनाम विशेषता बनाना है
जिसका मान लक्ष्य विशेषता में target_id है)

कृपया देखें http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml GFF3 के बारे में जानकारी के लिए
प्रारूप। बायोपर्ल ##index-subfeatures निर्देश जोड़कर प्रारूप को थोड़ा बढ़ाता है। तय करना
यदि आप चाहते हैं कि डेटाबेस किसी सुविधा को पुनः प्राप्त करने में सक्षम हो तो यह सही मान है
शीर्ष स्तर से स्वतंत्र रूप से अलग-अलग हिस्से (जैसे प्रतिलेख के एक्सॉन)।
सुविधा:

##सूचकांक-उपसुविधाएँ 1

केस-दर-केस आधार पर उप-सुविधाओं के अनुक्रमण को नियंत्रित करना भी संभव है
फीचर की विशेषता सूची में "index=1" या "index=0" जोड़ना। इसका ही प्रयोग करना चाहिए
उपसुविधाओं के लिए.

उपसुविधा अनुक्रमण डिफ़ॉल्ट रूप से सत्य है। बहुत सारे डेटाबेस स्थान को बचाने के लिए गलत (0) पर सेट करें
और गति प्रदर्शन. इसे बाध्य करने के लिए आप --nosubfeatures का उपयोग कर सकते हैं।

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