cdhit-2d - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

cdhit-2d - अनुक्रमों को db1 या db2 प्रारूप में त्वरित रूप से समूहित करें

SYNOPSIS

सीडीएचआईटी-2डी [ऑप्शंस]

वर्णन

====== सीडी-हिट संस्करण 4.6 (23 जनवरी 2016 को निर्मित) ======

ऑप्शंस

-i फास्टा प्रारूप में डीबी1 के लिए इनपुट फ़ाइल नाम आवश्यक है

-आई 2 फास्टा प्रारूप में डीबी2 के लिए इनपुट फ़ाइल नाम आवश्यक है

-o आउटपुट फ़ाइल नाम, आवश्यक

-c अनुक्रम पहचान सीमा, डिफ़ॉल्ट 0.9 यह डिफ़ॉल्ट सीडी-हिट का "वैश्विक" है
अनुक्रम पहचान" की गणना इस प्रकार की जाती है: संरेखण में समान अमीनो एसिड की संख्या
छोटे अनुक्रम की पूरी लंबाई से विभाजित

-G वैश्विक अनुक्रम पहचान का उपयोग करें, डिफ़ॉल्ट 1 यदि 0 पर सेट है, तो स्थानीय अनुक्रम का उपयोग करें
पहचान, इस प्रकार गणना की जाती है: संरेखण में समान अमीनो एसिड की संख्या से विभाजित
संरेखण की लंबाई नोट!!! उपयोग न करें -G 0 जब तक आप संरेखण का उपयोग नहीं करते
कवरेज नियंत्रण विकल्प देखें अल, अल, -जैसा, -जैसा

-b संरेखण की बैंड_विड्थ, डिफ़ॉल्ट 20

-M प्रोग्राम के लिए मेमोरी सीमा (एमबी में), डिफ़ॉल्ट 800; असीमित के लिए 0;

-T धागों की संख्या, डिफ़ॉल्ट 1; 0 के साथ, सभी सीपीयू का उपयोग किया जाएगा

-n शब्द_लंबाई, डिफ़ॉल्ट 5, इसे चुनने के लिए उपयोगकर्ता की मार्गदर्शिका देखें

-l थ्रो_अवे_सीक्वेंस की लंबाई, डिफ़ॉल्ट 10

-t अतिरेक के लिए सहनशीलता, चूक 2

-d .clstr फ़ाइल में विवरण की लंबाई, डिफ़ॉल्ट 20 यदि 0 पर सेट है, तो यह फास्टा लेता है
परिभाषित करें और प्रथम स्थान पर रुकें

-s लंबाई अंतर कटऑफ, डिफ़ॉल्ट 0.0 यदि 0.9 पर सेट किया गया है, तो छोटे अनुक्रमों की आवश्यकता है
क्लस्टर के प्रतिनिधि की लंबाई कम से कम 90% होनी चाहिए

-S अमीनो एसिड में लंबाई अंतर कटऑफ, डिफ़ॉल्ट 999999 यदि 60 पर सेट है, तो लंबाई
छोटे अनुक्रमों और क्लस्टर के प्रतिनिधि के बीच अंतर हो सकता है
60 से बड़ा न हो

-एस2 db1 के लिए लंबाई अंतर कटऑफ, डिफ़ॉल्ट रूप से डिफ़ॉल्ट 1.0, db1 में seqs >= में seqs
एक ही क्लस्टर में db2 यदि 0.9 पर सेट किया जाता है, तो db1 में seqs बस >= db90 में 2% seqs हो सकते हैं

-S2 लंबाई अंतर कटऑफ, डिफ़ॉल्ट रूप से डिफ़ॉल्ट 0, db1 में seqs >= db2 में seqs
वही क्लस्टर यदि 60 पर सेट किया जाता है, तो db2 में seqs db60 में seqs से 1aa अधिक लंबा हो सकता है

अल लंबे अनुक्रम के लिए संरेखण कवरेज, डिफ़ॉल्ट 0.0 यदि 0.9 पर सेट किया गया है
संरेखण में अनुक्रम का 90% शामिल होना चाहिए

अल लंबे अनुक्रम के लिए संरेखण कवरेज नियंत्रण, डिफ़ॉल्ट 99999999 यदि 60 पर सेट है,
और अनुक्रम की लंबाई 400 है, तो संरेखण >=340 (400-60) होना चाहिए
अवशेष

-जैसा छोटे अनुक्रम के लिए संरेखण कवरेज, डिफ़ॉल्ट 0.0 यदि 0.9 पर सेट किया गया है
संरेखण में अनुक्रम का 90% शामिल होना चाहिए

-जैसा छोटे अनुक्रम के लिए संरेखण कवरेज नियंत्रण, डिफ़ॉल्ट 99999999 यदि 60 पर सेट है,
और अनुक्रम की लंबाई 400 है, तो संरेखण >=340 (400-60) होना चाहिए
अवशेष

-A दोनों अनुक्रमों के लिए न्यूनतम संरेखण कवरेज नियंत्रण, डिफ़ॉल्ट 0 संरेखण होना चाहिए
कवर >= दोनों अनुक्रमों के लिए यह मान

-यूएल लंबे अनुक्रम के लिए अधिकतम बेजोड़ प्रतिशत, डिफ़ॉल्ट 1.0 यदि 0.1 पर सेट है,
बेजोड़ क्षेत्र (अग्रणी और अंतिम अंतराल को छोड़कर) 10% से अधिक नहीं होना चाहिए
अनुक्रम का

-हम छोटे अनुक्रम के लिए अधिकतम बेजोड़ प्रतिशत, डिफ़ॉल्ट 1.0 यदि 0.1 पर सेट है,
बेजोड़ क्षेत्र (अग्रणी और अंतिम अंतराल को छोड़कर) 10% से अधिक नहीं होना चाहिए
अनुक्रम का

-U अधिकतम बेजोड़ लंबाई, डिफ़ॉल्ट 99999999 यदि 10 पर सेट है, तो बेजोड़ क्षेत्र
(अग्रणी और अंतिम अंतराल को छोड़कर) 10 आधारों से अधिक नहीं होना चाहिए

-B 1 या 0, डिफ़ॉल्ट 0, यदि 1, अनुक्रम पर सेट किया जाता है, तो डिफ़ॉल्ट रूप से अनुक्रम रैम में संग्रहीत होते हैं
हार्ड ड्राइव पर संग्रहीत हैं, इसका उपयोग करने की अनुशंसा की जाती है -B विशाल डेटाबेस के लिए 1

-p 1 या 0, यदि 0 पर सेट है तो डिफ़ॉल्ट 1, .clstr फ़ाइल में प्रिंट संरेखण ओवरलैप

-g 1 या 0, सीडी-हिट के डिफ़ॉल्ट एल्गोरिदम द्वारा डिफ़ॉल्ट 0, एक अनुक्रम को क्लस्टर किया जाता है
पहला क्लस्टर जो थ्रेशोल्ड (फास्ट क्लस्टर) को पूरा करता है। यदि 1 पर सेट किया जाए तो प्रोग्राम चालू हो जाएगा
इसे सबसे समान क्लस्टर में क्लस्टर करें जो सीमा को पूरा करता है (सटीक लेकिन धीमा)।
मोड) लेकिन 1 या 0 अंतिम क्लस्टर के प्रतिनिधियों को नहीं बदलेगा

-बक बैकअप क्लस्टर फ़ाइल लिखें (1 या 0, डिफ़ॉल्ट 0)

-h इस सहायता को प्रिंट करें

प्रश्न, बग, Weizhong Li से संपर्क करें [ईमेल संरक्षित]

यदि आपको सीडी-हिट उपयोगी लगता है, तो कृपया उद्धृत करें:

"बड़े प्रोटीन के आकार को कम करने के लिए अत्यधिक समरूप अनुक्रमों का क्लस्टरिंग
डेटाबेस", वेइज़होंग ली, लुकाज़ जारोस्ज़वेस्की और एडम गॉडज़िक। जैव सूचना विज्ञान, (2001)
17:282-283 "सीडी-हिट: क्लस्टरिंग और बड़े सेटों की तुलना करने के लिए एक तेज़ कार्यक्रम
प्रोटीन या न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम", वेइज़होंग ली और एडम गॉडज़िक। जैव सूचना विज्ञान, (2006)
22: 1658 - 1659

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके cdhit-2d का ऑनलाइन उपयोग करें