क्लस्टालव - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

क्लस्टालव - न्यूक्लिक एसिड और प्रोटीन अनुक्रमों का एकाधिक संरेखण

SYNOPSIS

clustalw [-फाइल मैं] फ़ाइल.ext [विकल्प]

clustalw [-मदद | -पूरी मदद]

वर्णन

क्लस्टल डब्ल्यू डीएनए या प्रोटीन के लिए एक सामान्य प्रयोजन बहुसंरेखण कार्यक्रम है।

कार्यक्रम कई न्यूक्लियोटाइड या अमीनो एसिड अनुक्रमों का एक साथ संरेखण करता है। यह
आम तौर पर एक मेनू और एक ऑनलाइन सहायता प्रदान करते हुए, इंटरैक्टिव रूप से चलाया जाता है। यदि आप उपयोग करना पसंद करते हैं
इसे कमांड-लाइन (बैच) मोड में, आपको कई विकल्प देने होंगे, न्यूनतम विकल्प
-फाइल मैं.

विकल्प

आंकड़े (क्रम)
-इनफ़ाइल=फ़ाइल.ext
इनपुट अनुक्रम.

-प्रोफ़ाइल1=फ़ाइल.ext और -प्रोफ़ाइल2=फ़ाइल.ext
प्रोफ़ाइल (पुराना संरेखण)

क्रियाएं (का चीज़ें)
-सुधार
कमांड लाइन पैरामीटर सूचीबद्ध करें।

-मदद or -जाँच
कमांड लाइन पैरामीटर्स को रेखांकित करें।

-पूरी मदद
पूर्ण सहायता सामग्री आउटपुट करें.

-संरेखित
पूर्ण एकाधिक संरेखण करें.

पेड़
एनजे वृक्ष की गणना करें.

-पिम
आउटपुट प्रतिशत पहचान मैट्रिक्स (पेड़ की गणना करते समय)।

-बूटस्ट्रैप=n
एनजे ट्री को बूटस्ट्रैप करें (n= बूटस्ट्रैप की संख्या; पराजित. = 1000).

-कन्वर्ट
इनपुट अनुक्रमों को भिन्न फ़ाइल स्वरूप में आउटपुट करें।

पैरामीटर (तय करना चीज़ें)
सामान्य जानकारी समायोजन:
-इंटरैक्टिव
कमांड लाइन पढ़ें, फिर सामान्य इंटरैक्टिव मेनू दर्ज करें।

-क्विकट्री
संरेखण गाइड ट्री के लिए फास्ट एल्गोरिदम का उपयोग करें।

-प्रकार=
प्रोटीन or डीएनए दृश्यों।

-नकारात्मक
मैट्रिक्स में नकारात्मक मानों के साथ प्रोटीन संरेखण।

-आउटफाइल=
अनुक्रम संरेखण फ़ाइल नाम.

-आउटपुट =
GCG, जीडीई, फ़िलिप, पीआईआर or NEXUS.

-आउटपुटऑर्डर=
इनपुट or गठबंधन

-मामला
लोअर or ऊपरी (केवल जीडीई आउटपुट के लिए)।

-सेकनोस=
बंद or ON (केवल क्लस्टल आउटपुट के लिए)।

-seqnos_range=
बंद or ON (नया: सभी आउटपुट स्वरूपों के लिए)।

-रेंज=m,n
प्रारंभ से लिखने के लिए अनुक्रम श्रेणी m सेवा मेरे m+n.

-मैक्ससेकलेन=n
अधिकतम अनुमत इनपुट अनुक्रम लंबाई.

-शांत
कंसोल आउटपुट को न्यूनतम तक कम करें।

-आँकड़े=पट्टिका
कुछ संरेखण आँकड़े लॉग करें पट्टिका.

तेज जोड़ो में संरेखण:
-कटुपल=n
शब्द का आकार.

-टॉपडायग्स=n
सर्वोत्तम डायग की संख्या.

-विंडो=n
सर्वोत्तम डायगों के चारों ओर की खिड़की।

-पेयरगैप=n
गैप पेनाल्टी.

-स्कोर
प्रतिशत or ABSOLUTE.

धीरे जोड़ो में संरेखण:
-pwmatrix=
:प्रोटीन वजन मैट्रिक्स=ब्लोसम, PAM, गोनेट, ID or फ़ाइल का नाम

-pwdnamatrix=
डीएनए भार मैट्रिक्स=ब्लोसमआईयूबी, ब्लोसमक्लस्टालव या ब्लोसमफ़ाइल का नाम।

-pwgapopen =f
गैप ओपनिंग पेनल्टी.

-pwgapext=f
गैप एक्सटेंशन पेनल्टी.

विभिन्न संरेखण:
-न्यूट्री=
नए गाइड ट्री के लिए फ़ाइल.

-यूसेट्री=
पुराने गाइड ट्री के लिए फ़ाइल.

-मैट्रिक्स=
प्रोटीन वजन मैट्रिक्स=ब्लोसम, PAM, गोनेट, ID or फ़ाइल का नाम.

-dnamatrix=
डीएनए भार मैट्रिक्स=आईयूबी, Clustalw or फ़ाइल का नाम.

-गैपोपेन=f
गैप ओपनिंग पेनल्टी.

-gapext=f
गैप एक्सटेंशन पेनल्टी.

-engaps
कोई अंत अंतराल पृथक्करण कलम नहीं.

-गैपडिस्ट=n
गैप सेपरेशन पेन. श्रेणी।

-कोई अंतर नहीं
अवशेष-विशिष्ट अंतराल बंद।

-नोहगापी
हाइड्रोफिलिक अंतराल बंद.

-hgapresidues =
हाइड्रोफिलिक रेस की सूची बनाएं।

-मैक्सडिव=n
देरी के लिए प्रतिशत पहचान.

-प्रकार=
प्रोटीन or डीएनए

-ट्रांसवेट=f
संक्रमण भार.

-पुनरावृत्ति=
कोई नहीं or पेड़ or संरेखण.

-संख्याक=n
निष्पादित करने के लिए पुनरावृत्तियों की अधिकतम संख्या.

प्रोफाइल संरेखण:
-प्रोफ़ाइल
प्रोफ़ाइल संरेखण द्वारा दो संरेखण मर्ज करें।

-न्यूट्री1=
प्रोफ़ाइल1 के लिए नए गाइड ट्री के लिए फ़ाइल।

-न्यूट्री2=
प्रोफ़ाइल2 के लिए नए गाइड ट्री के लिए फ़ाइल।

-usetree1=
प्रोफ़ाइल1 के लिए पुराने गाइड ट्री के लिए फ़ाइल।

-usetree2=
प्रोफ़ाइल2 के लिए पुराने गाइड ट्री के लिए फ़ाइल।

अनुक्रम सेवा मेरे प्रोफाइल संरेखण:
-अनुक्रम
प्रोफ़ाइल2 अनुक्रमों को प्रोफ़ाइल1 संरेखण में क्रमिक रूप से जोड़ें।

-न्यूट्री=
नए गाइड ट्री के लिए फ़ाइल.

-यूसेट्री=
पुराने गाइड ट्री के लिए फ़ाइल.

संरचना संरेखण:
-नोसेकस्ट्र1
प्रोफ़ाइल 1 के लिए सेकेंडरी स्ट्रक्चर-गैप पेनल्टी मास्क का उपयोग न करें।

-नोसेकस्ट्र2
प्रोफ़ाइल 2 के लिए सेकेंडरी स्ट्रक्चर-गैप पेनल्टी मास्क का उपयोग न करें।

-सेकस्ट्राउट=ढांचे or मुखौटा or दोनों or कोई नहीं
संरेखण फ़ाइल में आउटपुट.

-हेलिक्सगैप=n
हेलिक्स कोर अवशेषों के लिए गैप पेनल्टी।

-स्ट्रैंडगैप=n
स्ट्रैंड कोर अवशेषों के लिए गैप पेनल्टी।

लूपगैप=n
लूप क्षेत्रों के लिए गैप पेनाल्टी.

-टर्मिनलगैप=n
संरचना टर्मिनी के लिए गैप पेनल्टी।

-हेलिक्सेंडिन=n
हेलिक्स के अंदर अवशेषों की संख्या को टर्मिनल माना जाएगा।

-हेलिक्सएंडआउट=n
हेलिक्स के बाहर अवशेषों की संख्या को टर्मिनल माना जाएगा।

-स्ट्रैंडेंडिन=n
स्ट्रैंड के अंदर अवशेषों की संख्या को टर्मिनल माना जाएगा।

-स्ट्रैंडेंडआउट=n
टर्मिनल के रूप में माने जाने वाले स्ट्रैंड के बाहर अवशेषों की संख्या।

पेड़:
-आउटपुटट्री=nj OR फ़िलिप OR जिले OR बंधन

-बीज=n
बूटस्ट्रैप के लिए बीज संख्या.

-किमुरा
किमुरा के सुधार का प्रयोग करें.

-टॉसगैप
अंतराल वाले पदों पर ध्यान न दें.

-बूटलेबल्स =नोड
ट्री डिस्प्ले में बूटस्ट्रैप मानों की स्थिति।

-क्लस्टरिंग=
एनजे या यूपीजीएमए।

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन क्लस्टालव का उपयोग करें