सीएमएलाइन - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

सीएमएलाइन - अनुक्रमों को सहप्रसरण मॉडल में संरेखित करें

SYNOPSIS

cmAlign
[विकल्प]

वर्णन

cmAlign आरएनए अनुक्रमों को संरेखित करता है सहप्रसरण मॉडल (सीएम) में .
नया संरेखण आउटपुट है stdout स्टॉकहोम प्रारूप में, लेकिन किसी फ़ाइल पर पुनर्निर्देशित किया जा सकता है
साथ -o विकल्प.

भी or (लेकिन दोनों नहीं) '-' (डैश) हो सकता है, जिसका अर्थ है इसे पढ़ना
से इनपुट stdin एक फ़ाइल के बजाय।

अनुक्रम फ़ाइल FASTA या जेनबैंक प्रारूप में होना चाहिए।

cmAlign जैसा कि वर्णित है, डिफ़ॉल्ट रूप से संरेखण में तेजी लाने के लिए एचएमएम बैंडिंग तकनीक का उपयोग करता है
के लिए नीचे --hbanded विकल्प। HMM बैंडिंग को इसके साथ बंद किया जा सकता है -- बिना बंधी विकल्प.

डिफ़ॉल्ट रूप से, cmAlign अधिकतम अपेक्षित सटीकता के साथ संरेखण की गणना करता है
के एक बैंडेड संस्करण का उपयोग करते हुए, एचएमएम से प्राप्त बाधाओं (बैंड) के अनुरूप
डर्बिन/होम्स इष्टतम सटीकता एल्गोरिदम। इस व्यवहार को इसके साथ बदला जा सकता है --साइको or
--नमूना विकल्प.

cmAlign काटे गए अनुक्रमों को सही ढंग से संरेखित करने के लिए विशेष ध्यान रखता है, जहां कुछ न्यूक्लियोटाइड होते हैं
वास्तविक पूर्ण लंबाई के जैविक अनुक्रम की शुरुआत (5') और/या अंत (3') से हैं
इनपुट अनुक्रम में मौजूद नहीं है (डीएल कोल्बे और एसआर एड्डी, जैव सूचना विज्ञान, 25:1236-1243 देखें,
2009). यह व्यवहार डिफ़ॉल्ट रूप से चालू है, लेकिन इसे बंद भी किया जा सकता है --नोट्रंक. इससे पहले
के संस्करण cmAlign la --विषय काट-छाँट को उचित रूप से संभालने के लिए विकल्प की आवश्यकता थी
क्रम NS --विषय इस संस्करण में विकल्प अभी भी उपलब्ध है, लेकिन नई डिफ़ॉल्ट विधि
काटे गए अनुक्रमों को संभालने के लिए लगभग उप विधि के समान ही अच्छा या बेहतर होना चाहिए
सभी मामले.

RSI --मापाली विकल्प निर्माण के लिए उपयोग किए गए निश्चित प्रशिक्षण संरेखण को शामिल करने की अनुमति देता है
फ़ाइल से सी.एम के आउटपुट संरेखण के भीतर cmसंरेखित करें।

ईज़ल का उपयोग करके एक ही सीएम द्वारा बनाए गए दो या दो से अधिक संरेखणों को मर्ज करना संभव है
मिनीएप ईएसएल-एलिमर्ज (इंफर्नल के चित्रफलक/मिनीएप्स/उपनिर्देशिका में शामिल)। पहले का
के संस्करण cmAlign इसमें संरेखण को मर्ज करने के विकल्प शामिल थे लेकिन उन्हें हटा दिया गया
का विकास ईएसएल-एलिमर्ज, जो काफी अधिक मेमोरी कुशल है।

डिफ़ॉल्ट रूप से, cmAlign संरेखण को stdout पर आउटपुट करेगा। संरेखण को पुनर्निर्देशित किया जा सकता है
एक आउटपुट फ़ाइल के लिए साथ -o विकल्प। साथ -ओ, प्रत्येक संरेखित पर जानकारी
स्कोर और मॉडल संरेखण सीमाओं सहित अनुक्रम को स्टडआउट (अधिक) में मुद्रित किया जाएगा
इस पर नीचे)।

आउटपुट संरेखण डिफ़ॉल्ट रूप से स्टॉकहोम प्रारूप में होगा। इसे Pfam में बदला जा सकता है,
का उपयोग करके FASTA (AFA), A2M, क्लस्टल, या फ़िलिप प्रारूप को संरेखित किया गया --आउटफ़ॉर्मेट विकल्प,
जहां वांछित प्रारूप का नाम है. एक विशेष मामले के रूप में, यदि आउटपुट संरेखण
से बड़ा है (10,000 से अधिक अनुक्रम या 10,000,000 से अधिक कुल न्यूक्लियोटाइड)
आउटपुट स्वरूप Pfam प्रारूप होगा, जिसमें प्रत्येक अनुक्रम एक पंक्ति में दिखाई देगा
स्मृति दक्षता के कारण. इससे बड़े संरेखण के लिए, का उपयोग करें --मैने छोड़ दिया मजबूर करेंगे
इंटरलीव्ड स्टॉकहोम प्रारूप, लेकिन उपयोगकर्ता को पता होना चाहिए कि इसके लिए बहुत कुछ की आवश्यकता हो सकती है
याद। --मैने छोड़ दिया केवल 100,000 अनुक्रमों या 100,000,000 तक संरेखण के लिए काम करेगा
कुल न्यूक्लियोटाइड.

यदि आउटपुट संरेखण प्रारूप स्टॉकहोम या Pfam है, तो आउटपुट संरेखण होगा
पिछली संभावनाओं के साथ एनोटेट किया गया है जो प्रत्येक संरेखित के आत्मविश्वास स्तर का अनुमान लगाता है
न्यूक्लियोटाइड. यह एनोटेशन "#=GR PP", एक प्रति से शुरू होने वाली पंक्तियों के रूप में दिखाई देता है
अनुक्रम, प्रत्येक संगत संरेखित अनुक्रम "" के ठीक नीचे।
पीपी पंक्तियों में वर्णों के 12 संभावित मान हैं: "0-9", "*", या "।"। यदि "।", स्थिति
अनुक्रम में एक अंतराल के अनुरूप है. "0" का मान पश्चवर्ती संभावना को इंगित करता है
0.0 और 0.05 के बीच, "1" 0.05 और 0.15 के बीच इंगित करता है, "2" 0.15 और के बीच इंगित करता है
0.25 और इसी तरह "9" तक जो 0.85 और 0.95 के बीच इंगित करता है। "*" का मान इंगित करता है
0.95 और 1.0 के बीच की पश्च संभावना। उच्चतर पश्च संभावनाएँ मेल खाती हैं
अधिक विश्वास के साथ कि संरेखित न्यूक्लियोटाइड वहीं है जहां यह दिखाई देता है
संरेखण। साथ -- बिना बंधी, पश्च संभावनाओं की गणना सभी पर विचार करती है
सीएम के लिए लक्ष्य अनुक्रम का संभावित संरेखण। बिना -- बिना बंधी (अर्थात डिफ़ॉल्ट रूप से
मोड), गणना केवल एचएमएम बैंड के भीतर संभावित संरेखण पर विचार करती है। आगे,
पिछली संभावनाएं संरेखण के ट्रंकेशन मोड पर सशर्त हैं। के लिए
उदाहरण के लिए, यदि अनुक्रम संरेखण को 5' छोटा कर दिया गया है, तो "9" का पीपी मान बीच में इंगित करता है
सभी 0.85' काटे गए संरेखणों में से 0.95 और 5 में दिए गए न्यूक्लियोटाइड शामिल हैं
पद। पश्च एनोटेशन को इसके साथ बंद किया जा सकता है --कोई समस्या नहीं विकल्प। अगर --छोटा
सक्षम है, पश्च एनोटेशन का उपयोग करके भी बंद किया जाना चाहिए --कोई समस्या नहीं।

सारणीबद्ध आउटपुट जिसे स्टडआउट करने के लिए मुद्रित किया जाता है यदि -o उपयोग किए गए विकल्प में एक पंक्ति शामिल है
प्रति अनुक्रम और प्रति पंक्ति बारह फ़ील्ड: "idx": इनपुट में अनुक्रम का सूचकांक
फ़ाइल, "seq नाम": अनुक्रम नाम; "लंबाई": अनुक्रम की लंबाई; "सेमी से" और
"सेमी से": संरेखण की मॉडल प्रारंभ और समाप्ति स्थिति; "ट्रंक": "नहीं" यदि अनुक्रम
छोटा नहीं किया गया है, "5'" यदि अनुक्रम की शुरुआत 5' काट दी गई है, "3'" यदि अनुक्रम का अंत छोटा कर दिया गया है
अनुक्रम को छोटा कर दिया गया है, और "5'&3'" यदि शुरुआत और अंत दोनों को छोटा कर दिया गया है;
"बिट एससी": संरेखण का बिट स्कोर, "एवीजी पीपी" की औसत पश्च संभावना
संरेखण में सभी संरेखित न्यूक्लियोटाइड; "बैंड कैल्क", "संरेखण" और "कुल": समय
एचएमएम बैंड की गणना, संरेखण की गणना और पूर्ण करने के लिए आवश्यक सेकंड में
क्रमशः अनुक्रम का प्रसंस्करण; "मेम (एमबी)": सभी गतिशील का एमबी में आकार
अनुक्रम को संरेखित करने के लिए आवश्यक प्रोग्रामिंग मैट्रिक्स। इस सारणीबद्ध डेटा को सहेजा जा सकता है
फाइल करने के लिए साथ --sfile विकल्प.

विकल्प

-h मदद करना; कमांड लाइन उपयोग और उपलब्ध विकल्पों का एक संक्षिप्त अनुस्मारक प्रिंट करें।

-o संरेखण को स्टॉकहोम प्रारूप में एक फ़ाइल में सहेजें . डिफ़ॉल्ट इसे लिखना है
मानक आउटपुट के लिए।

-g लक्ष्य के साथ क्वेरी मॉडल के वैश्विक संरेखण के लिए मॉडल को कॉन्फ़िगर करें
क्रम. डिफ़ॉल्ट रूप से, मॉडल स्थानीय संरेखण के लिए कॉन्फ़िगर किया गया है। स्थानीय
संरेखण में बड़े सम्मिलन और विलोपन शामिल हो सकते हैं जिन्हें "स्थानीय छोर" कहा जाता है
संरचना को सामान्य इंडेल्स की तुलना में अलग ढंग से दंडित किया जाएगा। इन्हें इस प्रकार एनोटेट किया गया है
आउटपुट संरेखण की आरएफ लाइन में "~" कॉलम। -g विकल्प के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है
इन स्थानीय सिरों को अस्वीकार करें. -g विकल्प आवश्यक है यदि --विषय विकल्प भी है
उपयोग किया गया।

विकल्प के लिए नियंत्रित THE संरेखण कलन विधि

--optac
डर्बिन/होम्स इष्टतम सटीकता एल्गोरिदम का उपयोग करके अनुक्रमों को संरेखित करें। यह है
गलती करना। इष्टतम सटीकता संरेखण एचएमएम बैंड द्वारा बाधित किया जाएगा
त्वरण जब तक कि -- बिना बंधी विकल्प सक्षम है. इष्टतम सटीकता
एल्गोरिथ्म उस संरेखण को निर्धारित करता है जो पश्च संभावनाओं को अधिकतम करता है
इसके भीतर संरेखित न्यूक्लियोटाइड। पश्च संभावनाओं का उपयोग करके निर्धारित किया जाता है
(संभवतः एचएमएम बैंडेड) इनसाइड और आउटसाइड एल्गोरिदम के वेरिएंट।

--साइको अनुक्रमों को संरेखित करने के लिए डर्बिन/होम्स इष्टतम सटीकता संरेखण का उपयोग न करें,
इसके बजाय CYK एल्गोरिदम का उपयोग करें जो इष्टतम स्कोरिंग (अधिकतम) निर्धारित करता है
संभावना) मॉडल के अनुक्रम का संरेखण, एचएमएम बैंड दिया गया (जब तक
-- बिना बंधी भी सक्षम है)।

--नमूना
संरेखण के पिछले वितरण से एक संरेखण का नमूना लें। पश्च
वितरण एचएमएम बैंडेड का उपयोग करके निर्धारित किया जाता है (जब तक कि --नॉनबैंडेड) के प्रकार
एल्गोरिदम के अंदर.

--बीज
यादृच्छिक संख्या जनरेटर को सीड करें , एक पूर्णांक >= 0. यह विकल्प केवल कर सकता है
के साथ संयोजन में उपयोग किया जाना चाहिए --नमूना। If का गैर-शून्य, स्टोकेस्टिक नमूनाकरण है
संरेखण प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य होंगे; एक ही आदेश एक ही परिणाम देगा. अगर
0 है, यादृच्छिक संख्या जनरेटर मनमाने ढंग से और स्टोकेस्टिक है
नमूने एक ही कमांड के रन दर रन भिन्न हो सकते हैं। डिफ़ॉल्ट बीज 181 है.

--नोट्रंक
काटे गए संरेखण एल्गोरिदम को बंद करें। इनपुट फ़ाइल में सभी अनुक्रम होंगे
जब तक पूरी लंबाई नहीं मानी जाती --विषय का भी उपयोग किया जाता है, ऐसी स्थिति में प्रोग्राम कर सकता है
अभी भी काटे गए अनुक्रमों को संभालेंगे लेकिन उनके लिए एक वैकल्पिक रणनीति का उपयोग करेंगे
संरेखण।

--विषय उप मॉडल निर्माण और संरेखण प्रक्रिया चालू करें। प्रत्येक अनुक्रम के लिए, ए
एचएमएम का उपयोग पहली बार मॉडल प्रारंभ और अंत सर्वसम्मति कॉलम और एक नए की भविष्यवाणी करने के लिए किया जाता है
सब सीएम का निर्माण केवल शुरुआत से अंत तक आम सहमति कॉलम को मॉडल करने के लिए किया जाता है।
अनुक्रम को फिर इस उप सीएम से जोड़ दिया जाता है। सब अलाइनमेंट इससे भी पुरानी पद्धति है
संभावित रूप से काटे गए अनुक्रमों को संरेखित करने के लिए डिफ़ॉल्ट। डिफ़ॉल्ट रूप से, cmAlign
काटे गए अनुक्रमों को संभालने के लिए विशेष डीपी एल्गोरिदम का उपयोग करता है जो अधिक होना चाहिए
अधिकांश मामलों में उप विधि से सटीक। --विषय अभी भी एक विकल्प के रूप में शामिल है
मुख्य रूप से इस डिफ़ॉल्ट ट्रंकेटेड अनुक्रम हैंडलिंग के विरुद्ध परीक्षण के लिए। ये "उप मुख्यमंत्री"
प्रक्रिया वेनबर्ग और रुज़ो द्वारा वर्णित "उप सीएम" के समान नहीं है।

विकल्प के लिए नियंत्रित स्पीड और स्मृति आवश्यकताएँ

--hbanded
यह विकल्प डिफ़ॉल्ट रूप से चालू है. क्षेत्रों को काटकर संरेखण में तेजी लाएं
सीएम डीपी मैट्रिक्स का जिसे एचएमएम द्वारा नगण्य माना जाता है। सबसे पहले, प्रत्येक अनुक्रम है
फॉरवर्ड और बैकवर्ड एचएमएम का उपयोग करके सीएम से प्राप्त सीएम प्लान 9 एचएमएम के साथ स्कोर किया गया
प्रत्येक न्यूक्लियोटाइड प्रत्येक के साथ संरेखित होने वाली पश्च संभावनाओं की गणना करने के लिए एल्गोरिदम
एचएमएम की स्थिति. इन पश्च संभावनाओं का उपयोग बाधाओं को प्राप्त करने के लिए किया जाता है
(बैंड) सीएम डीपी मैट्रिक्स पर। अंत में, लक्ष्य अनुक्रम सीएम से संरेखित हो जाता है
बैंडेड डीपी मैट्रिक्स का उपयोग करते हुए, जिसके दौरान बैंड के बाहर की कोशिकाओं को नजरअंदाज कर दिया जाता है।
आमतौर पर अधिकांश पूर्ण डीपी मैट्रिक्स बैंड के बाहर होता है (अक्सर 95% से अधिक),
इस तकनीक को तेज़ बनाना क्योंकि कम डीपी गणनाओं की आवश्यकता होती है, और अधिक
मेमोरी कुशल है क्योंकि केवल बैंड के भीतर की कोशिकाओं को आवंटित करने की आवश्यकता है।

महत्वपूर्ण बात यह है कि एचएमएम बैंडिंग इष्टतम रूप से निर्धारण की गारंटी का त्याग करती है
सटीक या इष्टतम संरेखण, जो बैंड के बाहर स्थित होने पर छूट जाएगा।
ताऊ पैरामीटर संभाव्यता द्रव्यमान की वह मात्रा है जिसे दौरान नगण्य माना जाता है
एचएमएम बैंड गणना; टाउ के निम्न मान अधिक गति प्रदान करते हैं, लेकिन साथ ही अधिक भी
इष्टतम संरेखण गुम होने की संभावना। डिफ़ॉल्ट ताऊ 1E-7 है, निर्धारित
अनुभवजन्य रूप से संवेदनशीलता और गति के बीच एक अच्छा समझौता है, हालांकि यह मान हो सकता है
के साथ बदला जाए --ताऊ विकल्प। त्वरण का स्तर बढ़ता है
परिवार की लंबाई और प्राथमिक अनुक्रम संरक्षण स्तर दोनों। उदाहरण के लिए,
1E-7 के डिफ़ॉल्ट ताऊ के साथ, tRNA मॉडल (कम प्राथमिक अनुक्रम संरक्षण के साथ)।
लगभग 75 न्यूक्लियोटाइड्स की लंबाई) लगभग 10X त्वरण और एसएसयू बैक्टीरियल आरआरएनए दिखाती है
मॉडल (लगभग 1500 न्यूक्लियोटाइड की लंबाई के साथ उच्च प्राथमिक अनुक्रम संरक्षण)
700X के बारे में दिखाएँ। HMM बैंडिंग को इसके साथ बंद किया जा सकता है -- बिना बंधी विकल्प.

--ताऊ
एचएमएम बैंड गणना के दौरान उपयोग की जाने वाली टेल लॉस संभावना को सेट करें . यह वह जगह है
एचएमएम पश्च संभावनाओं के भीतर संभाव्यता द्रव्यमान की मात्रा
नगण्य माना जाता है. डिफ़ॉल्ट मान 1E-7 है. सामान्य तौर पर, उच्च मूल्य होंगे
परिणामस्वरूप अधिक त्वरण होता है, लेकिन इष्टतम के चूक जाने की संभावना बढ़ जाती है
एचएमएम बैंड के कारण संरेखण।

--mxsize
अधिकतम स्वीकार्य कुल डीपी मैट्रिक्स आकार को इस पर सेट करें मेगाबाइट्स डिफ़ॉल्ट रूप से यह
आकार 1028 एमबी है। यह अधिकांश संरेखणों के लिए पर्याप्त बड़ा होना चाहिए,
हालाँकि अगर ऐसा नहीं है cmAlign एचएमएम बैंड को पुनरावृत्त रूप से कसने का प्रयास करेगा
ताऊ पैरामीटर को बढ़ाकर और पुनर्गणना करके संरेखण को बाधित करने के लिए उपयोग करता है
बैंड तब तक जब तक आवश्यक कुल मैट्रिक्स आकार नीचे न आ जाए मेगाबाइट या अधिकतम
स्वीकार्य ताऊ मान (डिफ़ॉल्ट रूप से 0.05, लेकिन इसके साथ परिवर्तनीय --मैक्सटाउ) पहुंच गया। पर
बैंड कसने के प्रत्येक पुनरावृत्ति, ताऊ को 2.0 से गुणा किया जाता है। बैंड कस रहा है
रणनीति को इसके साथ बंद किया जा सकता है --फिक्स्डटौ विकल्प। यदि अधिकतम ताऊ है
पहुंच गया है और आवश्यक मैट्रिक्स आकार अभी भी अधिक है या यदि एचएमएम बैंडिंग नहीं है
उपयोग किया जा रहा है और आवश्यक मैट्रिक्स आकार से अधिक है फिर cmAlign बाहर निकल जाएगा
समय से पहले और एक त्रुटि संदेश की रिपोर्ट करें कि मैट्रिक्स अपनी अधिकतम सीमा से अधिक हो गया है
स्वीकार्य आकार. इस मामले में, --mxsize आकार सीमा बढ़ाने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है या
अधिकतम ताऊ को उठाया जा सकता है --मैक्सटाउ. सीमा आमतौर पर पार हो जाएगी
जब -- बिना बंधी विकल्प का उपयोग इसके बिना किया जाता है --छोटा विकल्प, लेकिन फिर भी हो सकता है
कब -- बिना बंधी उपयोग नहीं होता है। ध्यान दें कि यदि cmAlign में चलाया जा रहा है विभिन्न
मल्टीकोर मशीन पर थ्रेड्स तो प्रत्येक थ्रेड में ऊपर का एक आवंटित मैट्रिक्स हो सकता है
आकार देना किसी भी समय एमबी।

--फिक्स्डटौ
के स्पष्टीकरण में वर्णित एचएमएम बैंड कसने की रणनीति को बंद करें
--mxsize ऊपर का विकल्प।

--मैक्सटाउ
बैंड कसने के दौरान ताऊ के लिए अधिकतम अनुमत मान सेट करें, जैसा कि इसमें बताया गया है
का स्पष्टीकरण --mxsize ऊपर, को . डिफ़ॉल्ट रूप से यह मान 0.05 है.

-- बिना बंधी
एचएमएम बैंडिंग बंद कर देता है। लौटाया गया संरेखण विश्व स्तर पर होने की गारंटी है
सर्वोत्तम रूप से सटीक वाला (डिफ़ॉल्ट रूप से) या विश्व स्तर पर सर्वोत्तम स्कोरिंग वाला (यदि --साइको
सक्षम किया गया है)। --छोटा इस विकल्प के साथ संयोजन में विकल्प की अनुशंसा की जाती है,
क्योंकि एचएमएम बैंडिंग के बिना मानक संरेखण के लिए बहुत अधिक मेमोरी की आवश्यकता होती है (देखें)।
--छोटा ).

--छोटा
एसआर एड्डी, बीएमसी में वर्णित विभाजन और जीत सीवाईके संरेखण एल्गोरिदम का उपयोग करें
जैव सूचना विज्ञान 3:18, 2002 -- बिना बंधी विकल्प का उपयोग के साथ संयोजन में किया जाना चाहिए
यह विकल्प. साथ ही, जब भी इसकी अनुशंसा की जाती है -- बिना बंधी उसका प्रयोग किया जाता है --छोटा is
इसका उपयोग इसलिए भी किया जाता है क्योंकि एचएमएम बैंडिंग के बिना मानक सीएम संरेखण के लिए बहुत अधिक आवश्यकता होती है
मेमोरी, विशेष रूप से बड़े आरएनए के लिए। --छोटा व्यावहारिक के भीतर सीएम संरेखण की अनुमति देता है
मेमोरी सीमाएं, संरेखण एलएसयू आरआरएनए के लिए आवश्यक मेमोरी को कम करना, सबसे बड़ा
ज्ञात आरएनए, 150 जीबी से 300 एमबी से कम तक। इस विकल्प का उपयोग केवल में किया जा सकता है
के साथ संयोजन -- बिना बंधी, --नोट्रंक, और --साइक.

वैकल्पिक आउटपुट फ़ाइलें

--sfile
फाइल करने के लिए प्रति-अनुक्रम संरेखण स्कोर और टाइमिग जानकारी डंप करें . का प्रारूप
यह फ़ाइल ऊपर वर्णित है (यह तालिका के समान प्रारूप में समान डेटा है
stdout आउटपुट जब -o विकल्प) का प्रयोग किया जाता है।

--tफ़ाइल
किसी फ़ाइल में प्रत्येक व्यक्तिगत अनुक्रम के लिए सारणीबद्ध अनुक्रम ट्रेसबैक डंप करें .
मुख्य रूप से डिबगिंग के लिए उपयोगी है।

--iफ़ाइल
फ़ाइल में प्रति-क्रम सम्मिलित जानकारी डंप करें . फ़ाइल का प्रारूप है
"#" द्वारा वर्णित - फ़ाइल के शीर्ष पर शामिल पूर्वनिर्धारित टिप्पणी पंक्तियाँ . RSI
सम्मिलित जानकारी तब भी मान्य है जब --केवल मिलान विकल्प का प्रयोग किया जाता है।

--elfile
डंप प्रति-अनुक्रम ईएल स्थिति (स्थानीय अंत) फ़ाइल में जानकारी डालें . प्रारूप
फ़ाइल का वर्णन "#" द्वारा किया गया है - शीर्ष पर शामिल पूर्वनिर्धारित टिप्पणी पंक्तियाँ
पट्टिका . ईएल सम्मिलित जानकारी तब भी मान्य है जब --केवल मिलान विकल्प है
उपयोग किया गया।

अन्य विकल्प

--मापाली
फ़ाइल से संरेखण पढ़ता है मॉडल को बनाने के लिए उपयोग किया जाता है, इसे एकल के रूप में संरेखित किया जाता है
सीएम पर आपत्ति; जैसे में संरेखण स्थिर रखा गया है. यह आपको अनुमति देता है
अनुक्रमों को एक मॉडल के साथ संरेखित करें cmAlign और उन्हें मौजूदा के संदर्भ में देखें
विश्वसनीय एकाधिक संरेखण। वह संरेखण फ़ाइल होनी चाहिए जिसे सीएम ने बनाया था
से। प्रोग्राम सत्यापित करता है कि फ़ाइल का चेकसम फ़ाइल से मेल खाता है
सीएम का निर्माण करने के लिए उपयोग किया जाता है। इसके समान एक विकल्प बुलाया गया था --विथाली in
के पिछले संस्करण cmसंरेखित करें।

--mapstr
के साथ संयोजन में उपयोग किया जाना चाहिए --मापाली . संरचनात्मक जानकारी का प्रचार करें
किसी भी छद्म गांठ के लिए जो मौजूद है आउटपुट संरेखण के लिए. के समान विकल्प
इसको बुलाया गया था --साथ के पिछले संस्करणों में cmसंरेखित करें।

--सूचना
दावा करें कि इनपुट प्रारूप में है . बेबेलफिश प्रारूप न चलाएं
स्वतःनिर्णय. इससे प्रोग्राम की विश्वसनीयता कुछ हद तक बढ़ जाती है, क्योंकि
बेबेलफिश गलतियाँ कर सकती है; विशेष रूप से अप्राप्य, उच्च- के लिए अनुशंसित
इनफर्नल का थ्रूपुट रन। स्वीकार्य प्रारूप हैं: फास्टा, जेनबैंक और डीडीबीजे।
केस-असंवेदनशील है।

--आउटफ़ॉर्मेट
आउटपुट संरेखण प्रारूप को इस प्रकार निर्दिष्ट करें . स्वीकार्य प्रारूप हैं: Pfam, AFA,
A2M, क्लस्टल, और फ़िलिप। एएफए तेजी से संरेखित है। केवल Pfam और स्टॉकहोम संरेखण
प्रारूपों में सर्वसम्मति संरचना एनोटेशन और पश्च संभाव्यता शामिल होगी
संरेखित अवशेषों का एनोटेशन।

--dnaout
संरेखण को आरएनए के बजाय डीएनए अनुक्रम संरेखण के रूप में आउटपुट करें।

--कोई समस्या नहीं
पिछली संभावनाओं के साथ आउटपुट संरेखण को एनोटेट न करें।

--केवल मिलान
आउटपुट संरेखण में केवल मिलान कॉलम शामिल करें, कोई प्रविष्टि शामिल न करें
सर्वसम्मति मॉडल के सापेक्ष। बहुत बड़ा बनाते समय यह विकल्प उपयोगी हो सकता है
संरेखण के लिए बहुत अधिक मेमोरी और डिस्क स्थान की आवश्यकता होती है, जिनमें से अधिकांश आवश्यक है
केवल उन सम्मिलित कॉलमों से निपटने के लिए जो अधिकांश अनुक्रमों में अंतराल हैं।

--मैने छोड़ दिया
एक निश्चित चौड़ाई के इंटरलीव्ड स्टॉकहोम प्रारूप में संरेखण को आउटपुट करें
परीक्षा के लिए अधिक सुविधाजनक. यह का डिफ़ॉल्ट आउटपुट संरेखण प्रारूप था
के पिछले संस्करण cmसंरेखित करें। ध्यान दें कि cmAlign ऐसा होने पर अधिक मेमोरी की आवश्यकता होती है
विकल्प का प्रयोग किया जाता है. इस कारण से, --मैने छोड़ दिया तक के संरेखण के लिए ही काम करेगा
100,000 अनुक्रम या कुल 100,000,000 संरेखित न्यूक्लियोटाइड।

--प्रतिगमन
फ़ाइल में लेखक की कोई जानकारी न होने पर आउटपुट संरेखण की एक अतिरिक्त प्रतिलिपि सहेजें
.

--शब्दशः
सारणीबद्ध स्कोर आउटपुट में अतिरिक्त जानकारी आउटपुट करें (स्टडआउट करने के लिए आउटपुट यदि -o
प्रयोग किया जाता है, या करने के लिए if --sfile प्रयोग किया जाता है)। ये मुख्य रूप से परीक्षण और के लिए उपयोगी हैं
डिबगिंग।

--सी पी यू
वह निर्दिष्ट करें समानांतर सीपीयू कार्यकर्ताओं का उपयोग किया जाना चाहिए। अगर को "0" के रूप में सेट किया गया है, फिर
प्रोग्राम थ्रेड का उपयोग किए बिना, सीरियल मोड में चलाया जाएगा। आप भी कंट्रोल कर सकते हैं
एक पर्यावरण चर सेट करके यह संख्या, INFERNAL_NCPU। यह विकल्प होगा
केवल तभी उपलब्ध होगा जब जिस मशीन पर इनफर्नल बनाया गया था वह उपयोग करने में सक्षम हो
POSIX थ्रेडिंग (अधिक जानकारी के लिए उपयोगकर्ता गाइड का इंस्टॉलेशन अनुभाग देखें
जानकारी)।

--एमपीआई MPI समानांतर प्रोग्राम के रूप में चलाएँ। यह विकल्प केवल तभी उपलब्ध होगा जब इनफर्नल के पास होगा
"--सक्षम-एमपीआई" ध्वज के साथ कॉन्फ़िगर और निर्मित किया गया है (इंस्टॉलेशन देखें)।
अधिक जानकारी के लिए उपयोगकर्ता मार्गदर्शिका का अनुभाग)।

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन cmign का उपयोग करें