cmfetch - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

cmfetch - किसी फ़ाइल से सहप्रसरण मॉडल पुनर्प्राप्त करें

SYNOPSIS

cmfetch [विकल्प]
(सीएम का नाम पुनः प्राप्त करता है )

cmfetch -f [विकल्प]
(सूचीबद्ध सभी सीएम को पुनः प्राप्त करता है )

cmfetch --अनुक्रमणिका [विकल्प]
(सूचकांक लाने के लिए)

वर्णन

से एक या अधिक सीएम पुनर्प्राप्त करता है (उदाहरण के लिए, एक बड़ा Rfam डेटाबेस)।

बहुत तेजी से पुनर्प्राप्ति सक्षम करने के लिए, अनुक्रमित करें सबसे पहले, उपयोग करना cmfetch --अनुक्रमणिका। अनुक्रमणिका
नामक एक बाइनरी फ़ाइल है .एसएसआई.

डिफ़ॉल्ट मोड नाम या परिग्रहण द्वारा एक एकल सीएम को पुनः प्राप्त करना है, जिसे कहा जाता है . के लिए
उदाहरण:

% cmfetch Rfam.cm tRNA
% cmfetch Rfam.cm RF00005

उसके साथ -f विकल्प, ए इसके बजाय एक या अधिक कुंजियों की सूची पढ़ी जाती है।
की प्रत्येक गैर-रिक्त गैर-टिप्पणी पंक्ति पर पहला रिक्त स्थान-सीमांकित फ़ील्ड
एक के रूप में प्रयोग किया जाता है , और लाइन पर बचे किसी भी डेटा को नजरअंदाज कर दिया जाता है। यह विविधता की अनुमति देता है
व्हाइटस्पेस सीमांकित डेटाफ़ाइलों का उपयोग किया जाना है एस।

उपयोग करते समय -f और एक , if अनुक्रमित किया गया है, कुंजियाँ पुनः प्राप्त की गई हैं
जिस क्रम में वे घटित होते हैं , लेकिन अगर अनुक्रमित नहीं किया गया है, कुंजियाँ पुनर्प्राप्त की गई हैं
जिस क्रम में वे घटित होते हैं . यह उस कार्यान्वयन का एक दुष्परिणाम है
एकाधिक कुंजियाँ पुनर्प्राप्त करने की अनुमति देता है, भले ही एक नॉन-रिवाइंडेबल स्ट्रीम है, जैसे
एक मानक इनपुट पाइप।

सामान्य उपयोग में (बिना --अनुक्रमणिका or -f विकल्प), '-' (डैश) हो सकता है, जिसका अर्थ है
से इनपुट पढ़ना stdin एक फ़ाइल के बजाय. साथ --अनुक्रमणिका विकल्प, शायद नहीं
'-'; मानक इनपुट स्ट्रीम को अनुक्रमित करने का कोई मतलब नहीं है। साथ -f विकल्प, या तो
or (लेकिन दोनों नहीं) '-' हो सकता है। इसे पढ़ना अक्सर विशेष रूप से उपयोगी होता है
मानक इनपुट से, क्योंकि यह मनमानी कमांड लाइन का उपयोग करने की अनुमति देता है
सीएम नामों या परिग्रहणों की एक सूची बनाने के लिए आह्वान, फिर उन सभी को एक नई फ़ाइल में लाएं,
बस एक आदेश के साथ.

डिफ़ॉल्ट रूप से, सीएम को इनफर्नल-1.1 प्रारूप में मानक आउटपुट पर मुद्रित किया जाता है।

विकल्प

-h मदद; कमांड लाइन उपयोग और सभी उपलब्ध विकल्पों का एक संक्षिप्त अनुस्मारक प्रिंट करें।

-f दूसरा कमांडलाइन तर्क है a एकल के बजाय . RSI
की प्रत्येक पंक्ति पर पहला फ़ील्ड पुनर्प्राप्ति के रूप में उपयोग किया जाता है (एक सीएम का नाम
या परिग्रहण)। रिक्त पंक्तियाँ और टिप्पणी पंक्तियाँ (जो # वर्ण से प्रारंभ होती हैं) हैं
अवहेलना करना।

-o फाइल करने के लिए आउटपुट सीएम(एस)। मानक आउटपुट के बजाय।

-O नामित व्यक्तिगत फ़ाइल(फ़ाइलों) को आउटपुट सीएम मानक आउटपुट के बजाय। साथ
-f विकल्प, इसके परिणामस्वरूप कई फ़ाइलें बनाई जा सकती हैं।

--अनुक्रमणिका
एक या अधिक प्रोफ़ाइल पुनर्प्राप्त करने के बजाय , अनुक्रमणिका एसटी
भविष्य की पुनर्प्राप्ति. यह एक बनाता है .एसएसआई बाइनरी इंडेक्स फ़ाइल।

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