यह कमांड सीपीजीप्लोट है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे कि उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
सीपीजीप्लॉट - न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम में सीपीजी द्वीपों को पहचानें और प्लॉट करें
SYNOPSIS
सीपीजीप्लॉट -अनुक्रम Seqall -खिड़की पूर्णांक -मिनलेन पूर्णांक -मिनो नाव -मिनपीसी नाव
-आउटफाइल आउटफाइल -कथानक टॉगल -ग्राफ xygraph -obsexp बूलियन -सीजी बूलियन
-पीसी बूलियन आउटफीट करतब
सीपीजीप्लॉट -मदद
वर्णन
सीपीजीप्लॉट EMBOSS से एक कमांड लाइन प्रोग्राम है ("यूरोपीय आणविक जीवविज्ञान ओपन
सॉफ्टवेयर सूट")। यह "न्यूक्लिक: सीपीजी आइलैंड्स" कमांड समूह (समूहों) का हिस्सा है।
विकल्प
निवेश अनुभाग
-अनुक्रम Seqall
अपेक्षित अनुभाग
-खिड़की पूर्णांक
प्रतिशत सीजी सामग्री और सीजी की प्रेक्षित आवृत्ति की गणना एक के भीतर की जाती है
विंडो जिसका आकार इस पैरामीटर द्वारा निर्धारित किया गया है। विंडो को क्रम से नीचे ले जाया जाता है और
इन आँकड़ों की गणना प्रत्येक उस स्थिति पर की जाती है जहाँ विंडो को स्थानांतरित किया जाता है। गलती करना
मूल्य: 100
-मिनलेन पूर्णांक
यह न्यूनतम लंबाई निर्धारित करता है जो एक CpG द्वीप की रिपोर्ट किए जाने से पहले होनी चाहिए।
डिफ़ॉल्ट मान: 200
-मिनो नाव
यह एक सेट में C प्लस G से CpG का अपेक्षित न्यूनतम औसत अनुपात निर्धारित करता है
CpG द्वीप की रिपोर्ट करने से पहले आवश्यक 10 विंडो में से। डिफ़ॉल्ट मान: 0.6
-मिनपीसी नाव
यह 10 विंडो के सेट में G प्लस C का न्यूनतम औसत प्रतिशत निर्धारित करता है
CpG द्वीप की सूचना देने से पहले यह आवश्यक है। डिफ़ॉल्ट मान: 50.
उत्पादन अनुभाग
-आउटफाइल आउटफाइल
यह इनपुट अनुक्रम नाम, CpG की रिपोर्ट रखने वाली फ़ाइल का नाम सेट करता है
द्वीप पैरामीटर और पाए गए किसी भी CpG द्वीप का आउटपुट विवरण।
-कथानक टॉगल
डिफ़ॉल्ट मान: Y
-ग्राफ xygraph
-obsexp बूलियन
यदि इसे सत्य पर सेट किया जाता है तो सी प्लस जी से अपेक्षित अनुपात का अवलोकन किया गया ग्राफ
एक विंडो के भीतर CpG प्रदर्शित होता है। डिफ़ॉल्ट मान: Y
-सीजी बूलियन
यदि इसे सत्य पर सेट किया जाता है तो उन क्षेत्रों का ग्राफ़ जो निर्धारित किया गया है
CpG द्वीप प्रदर्शित किया गया है। डिफ़ॉल्ट मान: Y
-पीसी बूलियन
यदि इसे सत्य पर सेट किया जाता है तो एक विंडो के भीतर प्रतिशत सी प्लस जी का ग्राफ होता है
प्रदर्शित. डिफ़ॉल्ट मान: Y
आउटफीट करतब
आउटपुट सुविधाओं के लिए फ़ाइल
onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन cpgplote का उपयोग करें
