डीबीशो - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

डीबीशो - डिस्प्ले रीड्स को डैज़लर डेटाबेस में संग्रहित किया जाता है

SYNOPSIS

डीबीशो [-unqUQ] [-wint(80)] [-mट्रैक]+ पथ:डीबी|डैम [ पढ़ता है:फ़ाइल | पढ़ता है: रेंज ...]

वर्णन

डेटाबेस में अनुरोधित पठन प्रदर्शित करता है पथ.डीबी या पथ।बाँध। डिफ़ॉल्ट रूप से कमांड
ट्रिम किए गए डेटाबेस पर लागू होता है, लेकिन यदि -u सेट किया जाता है तो संपूर्ण DB का उपयोग किया जाता है। यदि नहीं तो पढ़ें
तर्क दिए जाते हैं तो डेटाबेस या डेटाबेस ब्लॉक में पढ़ा गया प्रत्येक भाग प्रदर्शित होता है।
अन्यथा इनपुट फ़ाइल या आपूर्ति की गई पूर्णांक श्रेणियों की सूची क्रमिक स्थिति देती है
डीबी के सक्रिय रूप से लोड किए गए हिस्से में। किसी फ़ाइल के मामले में, इसमें बस शामिल होना चाहिए
एक पठन सूचकांक, प्रति पंक्ति एक। दूसरे मामले में, एक पठन श्रेणी या तो एक अकेला पूर्णांक है या
प्रतीक $, इस स्थिति में पढ़ने की श्रेणी में केवल वह पढ़ा गया (अंतिम पढ़ा गया) शामिल होता है
डेटाबेस यदि $). कोई डैश द्वारा अलग किए गए दो सकारात्मक पूर्णांक भी दे सकता है
पूर्णांकों की एक श्रृंखला को इंगित करें, जहां फिर से $ अंतिम रीड के सूचकांक का प्रतिनिधित्व करता है
सक्रिय रूप से लोड किया गया डीबी। उदाहरण के लिए, 1 3-5 $ डिस्प्ले पर 1, 3, 4, 5 लिखा होता है और अंतिम पढ़ा जाता है
सक्रिय डीबी. एक अन्य उदाहरण के रूप में, 1-$ सक्रिय डीबी में प्रत्येक रीड को प्रदर्शित करता है
चूक)।

डिफ़ॉल्ट रूप से पढ़े गए अनुक्रमों की एक .fasta फ़ाइल प्रदर्शित होती है। यदि -q विकल्प सेट है,
फिर QV स्ट्रीम को फास्टा प्रारूप के एक गैर-मानक संशोधन में भी प्रदर्शित किया जाता है।
अगर -n विकल्प सेट है तो डीएनए अनुक्रम है नहीं प्रदर्शित. यदि -Q विकल्प सेट है
फिर एक .quiva फ़ाइल प्रदर्शित होती है और इस मामले में -n और -m विकल्प सेट नहीं किए जा सकते (और
la -q और -w विकल्पों का कोई प्रभाव नहीं पड़ता)।

यदि एक या अधिक मास्क के साथ सेट हैं -m विकल्प तो ट्रैक अंतराल भी हैं
एक अतिरिक्त हेडर लाइन में प्रदर्शित किया जाता है और एक अंतराल के भीतर आधार प्रदर्शित किए जाते हैं
इसके विपरीत मामला अन्य सभी आधारों के लिए उपयोग किया जाता है। डिफ़ॉल्ट रूप से आउटपुट अनुक्रम हैं
लोअर केस में और प्रति पंक्ति 80 वर्ण। -U विकल्प निर्दिष्ट करता है कि अपरकेस का उपयोग किया जाना चाहिए,
और प्रति पंक्ति वर्ण, या पंक्ति चौड़ाई, को किसी भी सकारात्मक मान पर सेट किया जा सकता है -w
विकल्प.

.fasta या .quiva फ़ाइलें जो आउटपुट हैं, उन्हें DB में परिवर्तित किया जा सकता है fasta2DB(1) और
quiva2DB(1) (यदि -q और -n विकल्प सेट नहीं हैं और नहीं -m विकल्प सेट हैं), एक देते हुए a
परीक्षण उद्देश्यों के लिए रीड्स के सबसेट का डीबी बनाने का सरल तरीका।

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