ई-पीसीआर - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

ई-पीसीआर - डीएनए अनुक्रमों में अनुक्रम टैग की गई साइटों (एसटीएस) का पता लगाएं

SYNOPSIS

ई-पीसीआर [-एचवी] [पॉज़िक्स-विकल्प] एसटीएसफाइल [फास्टा ...] [अनुकूल विकल्प]

वर्णन

कार्यक्रम जीनोम पर जोड़े प्राइमरों के स्थान में विस्फोट को प्रतिस्थापित करता है जो हो सकता है
एक पीसीआर उत्पाद प्राप्त करें।

विकल्प

पॉज़िक्स-विकल्प हैं:

-एम =## मार्जिन (डिफ़ॉल्ट 50)

-डब्ल्यू =## शब्द आकार (डिफ़ॉल्ट 7)

-एन =## अधिकतम बेमेल की अनुमति है (डिफ़ॉल्ट 0)

-जी =## अधिकतम इंडेल की अनुमति है (डिफ़ॉल्ट 0)

-एफ =## ## असंगत शब्दों का प्रयोग करें, यदि ##>1

-ओ =## आउटपुट फ़ाइल सेट करें

-टी =## आउटपुट स्वरूप सेट करें:

1 - क्लासिक, रेंज (pos1..pos2)

2 - क्लासिक, मध्यबिंदु

3 - सारणीबद्ध

4 - टिप्पणियों में संरेखण के साथ सारणीबद्ध (धीमा)

-डी =##-## डिफ़ॉल्ट आकार सीमा सेट करें (डिफ़ॉल्ट 100-350)

-पी =+- हिट पोस्टप्रोसेस चालू/बंद करें

-वी =## वर्बोसिटी झंडे

-ए =ए|एफ सटीक संरेखण का उपयोग करें (केवल अगर अंतराल> 0), धीमा

a - हमेशा या f - फ़ॉलबैक के रूप में

-एक्स =+- प्राइमरों के 5'-अंत वाले लोअरकेस मास्किंग का उपयोग करें (डिफ़ॉल्ट -)

-यू =+- अपरकेस सभी प्राइमर (डिफ़ॉल्ट -)

संगत-विकल्प (डुप्लिकेट पॉज़िक्स-विकल्प) हैं

M=## मार्जिन (डिफ़ॉल्ट 50)

W=## शब्द आकार (डिफ़ॉल्ट 7)

N=## अनुमत बेमेल की संख्या (डिफ़ॉल्ट 0)

G=## अधिकतम इंडेल की अनुमति है (डिफ़ॉल्ट 0)

F=## ## असंतत शब्दों का प्रयोग करें

O=## आउटपुट फ़ाइल को ## पर सेट करें

T=## आउटपुट स्वरूप सेट करें (1..3)

D=##-## डिफ़ॉल्ट आकार सीमा सेट करें

P=+- पोस्टप्रोसेस हिट चालू/बंद

V=## वर्बोसिटी झंडे

A=ए|एफ सटीक संरेखण का उपयोग करें (केवल अगर अंतराल> 0), धीमा

a - हमेशा या f - फ़ॉलबैक के रूप में

X=+- प्राइमरों के 5'-अंत वाले लोअरकेस मास्किंग का उपयोग करें (डिफ़ॉल्ट -)

U=+- अपरकेस सभी प्राइमर (डिफ़ॉल्ट -)

-मिड टी = 2 . के समान

अधिक विकल्पों के बारे में जानकारी के लिए अभी कॉल करें ई-पीसीआर बिना किसी विकल्प के।

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