एफएफटीएनएस - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

मैफ़्ट - अमीनो एसिड या न्यूक्लियोटाइड अनुक्रमों के लिए एकाधिक संरेखण कार्यक्रम

SYNOPSIS

माफ़ करना [विकल्पों] निवेश [> उत्पादन]

इसलिए निवेश [> उत्पादन]

ginsi निवेश [> उत्पादन]

आइंसी निवेश [> उत्पादन]

एफएफटीएनएसआई निवेश [> उत्पादन]

एफएफटीएनएस निवेश [> उत्पादन]

nwns निवेश [> उत्पादन]

nwnsi निवेश [> उत्पादन]

maft-प्रोफ़ाइल group1 group2 [> उत्पादन]

निवेश, group1 और group2 FASTA प्रारूप में होना चाहिए.

वर्णन

एमएएफएफटी यूनिक्स जैसे ऑपरेटिंग सिस्टम के लिए एक बहु अनुक्रम संरेखण कार्यक्रम है। यह ऑफर
एकाधिक संरेखण विधियों की एक श्रृंखला।

सटीकता-उन्मुख विधि:
· एल-आईएनएस-आई (शायद सबसे सटीक; <200 अनुक्रमों के लिए अनुशंसित; पुनरावृत्तीय शोधन)
स्थानीय जोड़ीवार संरेखण जानकारी को शामिल करने वाली विधि):

माफ़ करना --localpair --अधिकतम 1000 निवेश [> उत्पादन]

इसलिए निवेश [> उत्पादन]

· जी-आईएनएस-आई (समान लंबाई के अनुक्रमों के लिए उपयुक्त; <200 अनुक्रमों के लिए अनुशंसित;
वैश्विक जोड़ीवार संरेखण जानकारी को शामिल करने वाली पुनरावृत्तीय शोधन विधि):

माफ़ करना --ग्लोबलपेयर --अधिकतम 1000 निवेश [> उत्पादन]

ginsi निवेश [> उत्पादन]

· ई-आईएनएस-आई (बड़े अरेखीय क्षेत्रों वाले अनुक्रमों के लिए उपयुक्त; इसके लिए अनुशंसित
<200 अनुक्रम):

माफ़ करना --ईपी 0 --genafpair --अधिकतम 1000 निवेश [> उत्पादन]

आइंसी निवेश [> उत्पादन]

ई-आईएनएस-आई के लिए, --ईपी 0 बड़े अंतराल की अनुमति देने के लिए विकल्प की अनुशंसा की जाती है।

गति उन्मुख विधि:
· एफएफटी-एनएस-आई (पुनरावृत्तीय शोधन विधि; केवल दो चक्र):

माफ़ करना --retree 2 --अधिकतम 2 निवेश [> उत्पादन]

एफएफटीएनएसआई निवेश [> उत्पादन]

· एफएफटी-एनएस-आई (पुनरावृत्तीय शोधन विधि; अधिकतम 1000 पुनरावृत्तियाँ):

माफ़ करना --retree 2 --अधिकतम 1000 निवेश [> उत्पादन]

· एफएफटी-एनएस-2 (तेज़; प्रगतिशील विधि):

माफ़ करना --retree 2 --अधिकतम 0 निवेश [> उत्पादन]

एफएफटीएनएस निवेश [> उत्पादन]

· एफएफटी-एनएस-1 (बहुत तेज; 2000 से अधिक अनुक्रमों के लिए अनुशंसित; रफ के साथ प्रगतिशील विधि
मार्गदर्शक वृक्ष):

माफ़ करना --retree 1 --अधिकतम 0 निवेश [> उत्पादन]

· एनडब्ल्यू-एनएस-आई (एफएफटी सन्निकटन के बिना पुनरावृत्त शोधन विधि; केवल दो चक्र):

माफ़ करना --retree 2 --अधिकतम 2 --नोफ़्ट निवेश [> उत्पादन]

nwnsi निवेश [> उत्पादन]

· एनडब्ल्यू-एनएस-2 (एफएफटी सन्निकटन के बिना तेज, प्रगतिशील विधि):

माफ़ करना --retree 2 --अधिकतम 0 --नोफ़्ट निवेश [> उत्पादन]

nwns निवेश [> उत्पादन]

· एनडब्ल्यू-एनएस-पार्टट्री-1 (~10,000 से ~50,000 अनुक्रमों के लिए अनुशंसित; प्रगतिशील विधि
पार्टट्री एल्गोरिदम के साथ):

माफ़ करना --retree 1 --अधिकतम 0 --नोफ़्ट --पार्टट्री निवेश [> उत्पादन]

समूह-टू-समूह संरेखण

maft-प्रोफ़ाइल group1 group2 [> उत्पादन]

या:

माफ़ करना --अधिकतम 1000 --बीज group1 --बीज group2 /dev/null [> उत्पादन]

विकल्प

कलन विधि
--ऑटो
L-INS-i, FFT-NS-i और FFT-NS-2 से स्वचालित रूप से एक उपयुक्त रणनीति का चयन करता है,
डेटा आकार के अनुसार. डिफ़ॉल्ट: बंद (हमेशा FFT-NS-2)

--6मेरजोड़ी
दूरी की गणना साझा 6 मीटर की संख्या के आधार पर की जाती है। डिफ़ॉल्ट

--ग्लोबलपेयर
सभी जोड़ीवार संरेखण की गणना नीडलमैन-वुन्श एल्गोरिदम के साथ की जाती है। अधिक
सटीक लेकिन --6merpair से धीमा। विश्व स्तर पर संरेखण के एक सेट के लिए उपयुक्त
क्रम. ~200 अनुक्रमों तक लागू। --maxiterate 1000 के साथ एक संयोजन
अनुशंसित है (जी-आईएनएस-आई)। डिफ़ॉल्ट: बंद (6mer दूरी का उपयोग किया जाता है)

--localpair
सभी जोड़ीवार संरेखण की गणना स्मिथ-वाटरमैन एल्गोरिदम के साथ की जाती है। अधिक सटीक
लेकिन --6merpair से धीमी। स्थानीय रूप से संरेखित अनुक्रमों के एक सेट के लिए उपयुक्त।
~200 अनुक्रमों तक लागू। --maxiterate 1000 के साथ एक संयोजन है
अनुशंसित (एल-आईएनएस-आई)। डिफ़ॉल्ट: बंद (6mer दूरी का उपयोग किया जाता है)

--genafpair
सभी जोड़ीदार संरेखण की गणना सामान्यीकृत के साथ एक स्थानीय एल्गोरिदम के साथ की जाती है
एफ़िन गैप लागत (अल्ट्सचुल 1998)। --6merpair से अधिक सटीक लेकिन धीमा। उपयुक्त
जब बड़े आंतरिक अंतराल अपेक्षित हों. ~200 अनुक्रमों तक लागू। ए
--maxiterate 1000 के साथ संयोजन की अनुशंसा की जाती है (E-INS-i)। डिफ़ॉल्ट: बंद (6 मिनट)
दूरी का उपयोग किया जाता है)

--फास्टएपेयर
सभी जोड़ीवार संरेखण की गणना FASTA (पियर्सन और लिपमैन 1988) के साथ की जाती है। फास्टा है
आवश्यक। डिफ़ॉल्ट: बंद (6mer दूरी का उपयोग किया जाता है)

--वेटि संख्या
जोड़ीवार संरेखण से गणना की गई स्थिरता अवधि के लिए भार कारक। वैध
जब --ग्लोबलपेयर, --लोकलपेयर, --जेनफपेयर, --फास्टएपेयर या --ब्लास्टपेयर में से कोई एक हो
गिने चुने। डिफ़ॉल्ट: 2.7

--retree संख्या
गाइड ट्री बनाया गया है संख्या प्रगतिशील चरण में समय. 6 मीटर दूरी के साथ मान्य।
डिफ़ॉल्ट: 2

--अधिकतम संख्या
संख्या पुनरावृत्तीय शोधन के चक्र निष्पादित किए जाते हैं। डिफ़ॉल्ट: 0

- एफएफटी
समूह-से-समूह संरेखण में एफएफटी सन्निकटन का उपयोग करें। डिफ़ॉल्ट

--नोफ़्ट
समूह-से-समूह संरेखण में एफएफटी सन्निकटन का उपयोग न करें। डिफ़ॉल्ट: बंद

--कोई अंक नहीं
पुनरावृत्तीय शोधन चरण में संरेखण स्कोर की जाँच नहीं की जाती है। डिफ़ॉल्ट: ऑफ (स्कोर
जाँच की गई है)

--मेमसेव
मायर्स-मिलर (1988) एल्गोरिथम का उपयोग करें। डिफ़ॉल्ट: स्वचालित रूप से चालू हो जाता है जब
संरेखण लंबाई 10,000 (एए/एनटी) से अधिक है।

--पार्टट्री
2007 मीटर की दूरी के साथ तेज़ वृक्ष-निर्माण विधि (पार्टट्री, कटोह और टोह 6) का उपयोग करें।
बड़ी संख्या (> ~10,000) अनुक्रमों के लिए अनुशंसित इनपुट हैं। डिफ़ॉल्ट: बंद

--dpparttree
पार्टट्री एल्गोरिदम का उपयोग डीपी पर आधारित दूरियों के साथ किया जाता है। थोड़ा अधिक सटीक और
--पार्टट्री से धीमी। बड़ी संख्या (> ~10,000) अनुक्रमों के लिए अनुशंसित हैं
इनपुट. डिफ़ॉल्ट: बंद

--fastaparttree
पार्टट्री एल्गोरिदम का उपयोग FASTA पर आधारित दूरियों के साथ किया जाता है। थोड़ा और सटीक
और --पार्टट्री से धीमी। अनुक्रमों की बड़ी संख्या (> ~10,000) के लिए अनुशंसित
इनपुट हैं. FASTA आवश्यक है. डिफ़ॉल्ट: बंद

--भाग आकार संख्या
पार्टट्री एल्गोरिथ्म में विभाजन की संख्या। डिफ़ॉल्ट: 50

--समूह का आकार संख्या
संरेखण को इससे बड़ा न बनाएं संख्या क्रम. केवल --*पार्टट्री के साथ मान्य
विकल्प. डिफ़ॉल्ट: इनपुट अनुक्रमों की संख्या

प्राचल
--ऑप संख्या
ग्रुप-टू-ग्रुप संरेखण पर गैप ओपनिंग पेनल्टी। डिफ़ॉल्ट: 1.53

--ईपी संख्या
ऑफ़सेट मान, जो समूह-से-समूह संरेखण के लिए गैप एक्सटेंशन पेनल्टी की तरह काम करता है।
डिफ़ॉल्ट: 0.123

--लोप संख्या
स्थानीय जोड़ीवार संरेखण पर गैप ओपनिंग पेनल्टी। मान्य जब --localpair या
--genafpair विकल्प चुना गया है। डिफ़ॉल्ट: -2.00

--लेप संख्या
स्थानीय जोड़ीवार संरेखण पर ऑफसेट मान। मान्य जब --localpair या --genafpair
विकल्प चुना गया है. डिफ़ॉल्ट: 0.1

--लेक्स संख्या
स्थानीय जोड़ीवार संरेखण पर गैप एक्सटेंशन जुर्माना। मान्य जब --localpair या
--genafpair विकल्प चुना गया है। डिफ़ॉल्ट: -0.1

--एलओपी संख्या
संरेखण को छोड़ने के लिए गैप ओपनिंग पेनल्टी। --genafpair विकल्प होने पर मान्य
गिने चुने। डिफ़ॉल्ट: -6.00

--LEXP संख्या
संरेखण को छोड़ने के लिए गैप एक्सटेंशन जुर्माना। --genafpair विकल्प होने पर मान्य
गिने चुने। डिफ़ॉल्ट: 0.00

--ब्ल संख्या
ब्लोसम संख्या मैट्रिक्स (हेनिकॉफ और हेनिकॉफ 1992) का उपयोग किया जाता है। संख्या=30, 45, 62 या 80.
डिफ़ॉल्ट: 62

--jtt संख्या
जेटीटी पाम संख्या (जोन्स एट अल. 1992) मैट्रिक्स का उपयोग किया जाता है। संख्या>0. डिफ़ॉल्ट: BLOSUM62

--टीएम संख्या
ट्रांसमेम्ब्रेन PAM संख्या (जोन्स एट अल. 1994) मैट्रिक्स का उपयोग किया जाता है। संख्या>0. गलती करना:
ब्लोसम62

--aamatrix मैट्रिक्सफ़ाइल
उपयोगकर्ता-परिभाषित एए स्कोरिंग मैट्रिक्स का उपयोग करें। का प्रारूप मैट्रिक्सफ़ाइल के समान ही है
धमाका। न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम इनपुट होने पर अनदेखा किया जाता है। डिफ़ॉल्ट: BLOSUM62

--fमॉडल
स्कोरिंग मैट्रिक्स में AA/nuc संरचना जानकारी शामिल करें। डिफ़ॉल्ट: बंद

उत्पादन
--क्लस्टलआउट
आउटपुट स्वरूप: क्लस्टल प्रारूप. डिफ़ॉल्ट: बंद (फास्टा प्रारूप)

--इनपुटऑर्डर
आउटपुट ऑर्डर: इनपुट के समान। डिफ़ॉल्ट

-- पुनः क्रमित करें
आउटपुट क्रम: संरेखित. डिफ़ॉल्ट: बंद (इनपुटऑर्डर)

--वृक्षारोपण
गाइड ट्री का आउटपुट है निवेश.ट्री फ़ाइल. डिफ़ॉल्ट: बंद

--शांत
प्रगति रिपोर्ट न करें. डिफ़ॉल्ट: बंद

निवेश
--nuc
मान लें कि अनुक्रम न्यूक्लियोटाइड हैं। डिफ़ॉल्ट: ऑटो

--अमीनो
मान लें कि अनुक्रम अमीनो एसिड हैं। डिफ़ॉल्ट: ऑटो

--बीज संरेखण1 [--बीज संरेखण2 --बीज संरेखण3 ...]
बीज संरेखण दिए गए हैं संरेखण_n (फास्टा प्रारूप) में अनुक्रमों के साथ संरेखित किया गया है
निवेश. प्रत्येक बीज के भीतर संरेखण संरक्षित रहता है।

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