फ्रीकॉन्टैक्ट - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

फ्रीकॉन्टैक्ट - तेज़ प्रोटीन संपर्क भविष्यवक्ता

SYNOPSIS

मुफ़्तसंपर्क [विकल्प]

freecontact --parprof [evfold|psicov|psicov-sd] < संरेखण.aln > contacts.out

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < संरेखण.fa | निःशुल्कसंपर्क
--parprof evfold > contacts.out

मुफ़्तसंपर्क--अली=एलिफ़ाइल --लागू-गैप्थ=BOOL --क्लस्टपीसी=NUM --घनत्व=NUM --cov20=BOOL
--अनुमान-ivcov=BOOL --गैप्थ=NUM --आईसीएमई-टाइमआउट=NUM --इनपुट-प्रारूप=[फ्लैट|एक्सएमएल]
--mincontsep=NUM --आउटपुट-प्रारूप=[evfold|pfrmat_rr|bioxsd] --छद्म =NUM
--पीएसकाउंट-वजन=NUM --रोहो =NUM --धागे=NUM --veczw=BOOL

निःशुल्क संपर्क --मदद --डीबग --शांत --संस्करण

वर्णन

फ्रीकॉन्टैक्ट एक प्रोटीन अवशेष संपर्क भविष्यवक्ता है जो गति के लिए अनुकूलित है। निःशुल्क संपर्क कर सकते हैं
प्रकाशित संपर्क भविष्यवक्ताओं EVfold-mfDCA के लिए त्वरित ड्रॉप-इन के रूप में कार्य करें
डी.एस. मार्क्स एट अल. (2011) [1], और डी. जोन्स एट अल का पीएसआईसीओवी। (2011) [2]।

फ़्रीकॉन्टैक्ट को वेक्टर निर्देशों, एकाधिक थ्रेड्स और के संयोजन द्वारा त्वरित किया जाता है
प्रमुख भागों का तेजी से कार्यान्वयन। संरेखण के आधार पर, 8-गुना या उच्चतर स्पीडअप
संभव हो रहे हैं।

सार्थक परिणामों के लिए पर्याप्त बड़े संरेखण की आवश्यकता होती है। न्यूनतम रूप में, ए
एक प्रभावी (वजन के बाद) अनुक्रम के साथ संरेखण की लंबाई की तुलना में बड़ी गिनती होती है
क्वेरी अनुक्रम का उपयोग किया जाना चाहिए. हज़ारों (प्रभावी) अनुक्रमों के साथ संरेखण
अच्छा इनपुट माना जाता है.

जैकहमेर(1) या hhblits(1) उदाहरण के लिए, संरेखण उत्पन्न करने के लिए उपयोग किया जा सकता है।

[1] प्लस वन। 2011;6(12):ई28766। डीओआई: 10.1371/जर्नल.पोन.0028766। ईपब 2011 दिसंबर 7.
प्रोटीन 3डी संरचना की गणना विकासवादी अनुक्रम भिन्नता से की गई। मार्क्स डीएस, कोलवेल एलजे,
शेरिडन आर, होपफ टीए, पगनानी ए, ज़ेचिना आर, सैंडर सी।

[2] जैव सूचना विज्ञान। 2012 जनवरी 15;28(2):184-90. ईपीयूबी 2011 नवंबर 17। पीएसआईसीओवी: सटीक
बड़े गुणकों पर विरल व्युत्क्रम सहप्रसरण अनुमान का उपयोग करके संरचनात्मक संपर्क भविष्यवाणी
अनुक्रम संरेखण. जोन्स डीटी, बुकान डीडब्ल्यू, कोज़ेटो डी, पोंटिल एम।

निवेश
निम्नलिखित प्रारूप समर्थित हैं:

फ्लैट
निम्नलिखित सरल इनपुट फ़ाइल स्वरूप का उपयोग किया जाता है:

# क्वेरीस्टार्ट=5
# क्वेरी=QUERYwithinsertionSEQUENCEwithNOGAPSORINSERTIONS
नोगेप्सोरिन्सरेशन के साथ क्वेरी अनुक्रम
-संरेखित---अनुक्रम--अंतराल के साथ-----
अन्य-संरेखित------अनुक्रम

'#' हेडर लाइनें वैकल्पिक हैं। संपर्क अवशेषों की गणना के लिए हेडर लाइनों का उपयोग किया जाता है
संख्याओं और कुछ आउटपुट स्वरूपों के लिए संबंधित क्वेरी अवशेषों को देखने के लिए।

यदि कोई क्वेरी परिभाषित नहीं है, तो संरेखण में पहला अनुक्रम क्वेरी के रूप में उपयोग किया जाता है
अनुक्रम। क्वेरी अनुक्रम में संरेखण में अंतराल नहीं होना चाहिए।

सभी संरेखण पंक्तियाँ समान लंबाई की होनी चाहिए, और केवल शामिल हो सकती हैं
[ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ-]। [बी] को [डी] पर मैप किया गया है, [जेड] को [ई] पर मैप किया गया है, [जौक्स] को मैप किया गया है
[एक्स] पर मैप किया गया। [X] पूरे प्रोग्राम के लिए केवल स्वयं से मेल खाता है।

A2M इनपुट संरेखण का उपयोग करके उपरोक्त प्रारूप में परिवर्तित किया जा सकता है
/usr/share/freecontact/a2m2aln. a2m2aln का उपयोग सीधे संरेखण को पाइप करने के लिए किया जा सकता है
निःशुल्क संपर्क में.

एक्सएमएल एक के साथ XML दस्तावेज़http://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
तत्व, BioXSD [4] से प्राप्त FreeContact स्कीमा [5] में परिभाषित।

उदाहरण: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml.

उत्पादन
संबंधित होने पर मूल EVfold-mfDCA या PSICOV आउटपुट स्वरूप डिफ़ॉल्ट रूप से उपयोग किया जाता है
पैरामीटर प्रोफ़ाइल चयनित है.

evfold (ईवीफोल्ड-एमएफडीसीए)
5 के 6 एल 0.332129 3.59798
| | | | | + सही मानदंड (सीएन) संपर्क स्कोर
| | | | + आपसी जानकारी (एमआई) स्कोर
| | | + अमीनो एसिड अवशेष कोड से संपर्क करें
| | + संपर्क अवशेष नंबर
| + अमीनो एसिड अवशेष कोड से संपर्क करें
+ संपर्क अवशेष नंबर

संपर्कों को अवशेष संख्या के आधार पर क्रमबद्ध किया जाता है।

pfrmat_rr (पीएसआईसीओवी)
CASP अवशेष-अवशेष पृथक्करण भविष्यवाणी (PFRMAT RR) प्रारूप [3]:

55 67 0 8 10.840280
| | | | + संपर्क स्कोर
| | अवशेष जोड़ी के लिए अनुमानित सीबी-सीबी दूरी की +-+ सीमा [Å]
| | (ग्लाइसीन के लिए सी-अल्फा)
| | ये दोनों फ़ील्ड आउटपुट में अपरिवर्तनीय हैं।
| + संपर्क अवशेष नंबर
+ संपर्क अवशेष नंबर

संपर्कों को अवरोही क्रम में क्रमबद्ध किया जाता है।

[3]http://predictioncenter.org/casp10/index.cgi?पेज=प्रारूप>

बायोक्सडी
एक के साथ XML दस्तावेज़http://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
तत्व, BioXSD [4] से प्राप्त FreeContact स्कीमा [5] में परिभाषित।

उदाहरण: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.evfold.50.xml.

ध्यान दें: चूंकि BioXSD FreeContact के सहयोग से सक्रिय विकास के अधीन है
फ्रीकॉन्टैक्ट स्कीम वास्तव में उस संस्करण से प्राप्त की जा सकती है जो अभी तक [5] पर उपलब्ध नहीं है।

[4]

[5]http://bioxsd.org>

आउटपुट सभी संभावित संपर्कों को सूचीबद्ध नहीं कर सकता है।

संदर्भ

प्रस्तुत। फ्री संपर्क: तेज और मुफ्त प्रत्यक्ष अवशेष-अवशेष संपर्क भविष्यवाणी।
काजन एल, सुस्तिक एमए, मार्क्स डीएस, होपफ टीए, कलाश एम, रोस्ट बी।

विकल्प

-ए [-थ्रेड्स] तर्क
उपयोग करने के लिए थ्रेड्स [0-). 0 का अर्थ है कोर जितने।

--लागू-गैप्थ तर्क
सत्य होने पर, भारित अंतराल आवृत्ति के साथ अवशेष स्तंभों और पंक्तियों को बाहर करें > --अंतराल
सहप्रसरण मैट्रिक्स [बूलियन] से।

-सी [-क्लस्टपीसी] तर्क
ब्लोसम क्लस्टरिंग प्रतिशत [0-100]।

--cov20 arg
यदि सत्य है, तो सहप्रसरण मैट्रिक्स से एक अमीनो एसिड छोड़ दें, जिससे यह गैर-अतिनिर्धारित हो जाएगा
[बूलियन]।

-डी [-घनत्व] तर्क
लक्ष्य परिशुद्धता मैट्रिक्स घनत्व [0-1]। तय करना 0 घनत्व को नियंत्रित न करना।

- दाढ़
डिबगिंग चालू करें।

--अनुमान-ivcov arg
मैट्रिक्स व्युत्क्रम [बूलियन] के बजाय व्युत्क्रम सहप्रसरण मैट्रिक्स अनुमान का उपयोग करें।

-f [ --अली ] तर्क (=-)
संरेखण फ़ाइल [पथ]। यदि '-', मानक इनपुट। गलती करना: '-'।

-जी [ --गैप्थ ] तर्क
भारित अंतराल आवृत्ति सीमा (0-1]।

-एच [ --मदद ]
यह सहायता संदेश तैयार करें.

-i [ --इनपुट-प्रारूप ] arg (=सपाट)
इनपुट प्रारूप [फ्लैट|एक्सएमएल]।

--आईसीएमई-टाइमआउट तर्क (=1800)
व्युत्क्रम सहप्रसरण मैट्रिक्स अनुमान समयबाह्य सेकंड में [0-)। प्रत्येक विवर्तन पर लागू
स्वतंत्र रूप से कॉल करें. यदि कोई टाइमआउट होता है, तो प्रोग्राम स्थिति के साथ बाहर निकल जाता है 2.

--mincontep आर्ग
अमीनो एसिड में न्यूनतम अनुक्रम-वार संपर्क अवशेष जोड़ी पृथक्करण दिया गया है
(जी>=आर्ग). 1 आसन्न अवशेषों के लिए. [1-).

-o [ --आउटपुट-प्रारूप ] arg
आउटपुट स्वरूप [evfold|pfrmat_rr|bioxsd]।

--parprof arg (=डिफ़ॉल्ट)
पैरामीटर प्रोफ़ाइल (वैकल्पिक) [डिफ़ॉल्ट|evfold|psicov]। डिफ़ॉल्ट प्रोफ़ाइल है evfold.

प्रोफ़ाइल मानों को ओवरराइड करने के लिए कमांड लाइन तर्कों का उपयोग किया जा सकता है।

evfold
ट्रिगर EVfold-mfDCA [1] संगतता मोड।

psikov
ट्रिगर PSICOV [2] संगतता मोड।

साइकोव-एसडी
ट्रिगर पीएसआईसीओवी [2] समझदार डिफ़ॉल्ट मोड: निश्चित डिफ़ॉल्ट आरएचओ, कोई घनत्व नियंत्रण नहीं।

-w [ --pscount-weight ] arg
स्यूडोकाउंट वजन [0-1]।

-p [ --pseudocnt ] arg
स्यूडोकाउंट [0-).

--पेप
मानक त्रुटि पर प्रभावी पैरामीटर प्रिंट करें। कौन से पैरामीटर हैं यह देखने के लिए इस विकल्प का उपयोग करें
निःशुल्कसंपर्क(1) विस्तार से चलाया जाता है। यह विशेष रूप से तब उपयोगी होता है जब --parprof
विकल्प का उपयोग अन्य विकल्पों के साथ संयोजन में किया जाता है।

--rho arg
ग्लासो नियमितीकरण पैरामीटर का प्रारंभिक मान [0-)। यदि नकारात्मक है, तो मान चुनें
स्वचालित रूप से.

--शांत तर्क (=0)
मानक त्रुटि पर त्रुटि संदेशों के अलावा कुछ भी प्रिंट न करें। प्रभावित नहीं करता - दाढ़.

--veczw आर्ग
जब उपलब्ध हो तो वेक्टरकृत अनुक्रम भार का उपयोग करें [बूलियन]।

--संस्करण
प्रिंट संस्करण.

बाहर निकलें स्थिति

0 कोई त्रुटि नहीं - सफलता.

1 अनिर्दिष्ट त्रुटि।

2 एक टाइमआउट (देखें --आईसीएमई-टाइमआउट) हुआ।

उदाहरण

/usr/share/freecontact/a2m2aln --query '^RASH_HUMAN/(\d+)' < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.fa' | \
निःशुल्क संपर्क --parprof evfold > PF00071_v25_1000.evfold

freecontact --parprof evfold -i xml -obioxsd < '/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml' > PF00071_v25_1000.evfold.xml

freecontact --parprof psikov < /usr/share/doc/freecontact/examples/demo_1000.aln > Demo_1000.psicov

टिप्पणियाँ

इष्टतम प्रदर्शन के लिए, स्वचालित रूप से ट्यून किए गए रैखिक बीजगणित सॉफ़्टवेयर (ATLAS) का उपयोग करें
पुस्तकालय संकलित on la मशीन जहां फ्रीकॉन्टैक्ट चलाया जाता है.

onworks.net सेवाओं का उपयोग करके फ्रीकॉन्टैक्ट ऑनलाइन का उपयोग करें