जीनोम-म्यूजिक-बीएमआर-कैल्क-विग-कोवजीपी - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

जीनोम संगीत बीएमआर कैल्क-विग-कोवग - प्रत्येक दिए गए विगल ट्रैक के लिए प्रति-जीन कवर किए गए आधारों की गणना करें
प्रारूप फ़ाइल।

VERSION

यह दस्तावेज़ जीनोम संगीत बीएमआर कैल्क-विग-कोवग संस्करण 0.04 (2016-01-01) का वर्णन करता है
23:10:18)

SYNOPSIS

जीनोम संगीत बीएमआर कैल्क-विग-कोवग --roi-फ़ाइल=? --संदर्भ-अनुक्रम=? --विग-सूची=?
--आउटपुट-डीआईआर=?

सामान्य उपयोग:

... संगीत बीएमआर कैल्क-विग-सीओवीजी \
--विग-सूची input_dir/wig_list \
--आउटपुट-डीआईआर output_dir/ \
--reference-अनुक्रम input_dir/all_sequences.fa \
--roi-फ़ाइल input_dir/all_coding_exons.tsv

आवश्यक बहस

roi-फ़ाइल टेक्स्ट
आरओआई की टैब-सीमांकित सूची [chr start stop जीन_नाम] (विवरण देखें)

संदर्भ-अनुक्रम टेक्स्ट
FASTA प्रारूप में संदर्भ अनुक्रम का पथ

विग-सूची टेक्स्ट
WIG फ़ाइलों की टैब-सीमांकित सूची [sample_name wig_file] (विवरण देखें)

आउटपुट-डीआईआर टेक्स्ट
वह निर्देशिका जहाँ आउटपुट फ़ाइलें और उपनिर्देशिकाएँ लिखी जाएँगी

वर्णन

यह स्क्रिप्ट दिए गए प्रत्येक जीन के आरओआई में पर्याप्त कवरेज के साथ आधारों की गणना करती है
ट्रैक फ़ॉर्मेट फ़ाइलों को घुमाएँ, और उन्हें - AT, CG (नॉन-CpG), और CpG काउंट्स में वर्गीकृत करता है।
यह प्रत्येक नमूने के लिए प्रत्येक जीन के सभी आरओआई में इन आधार-गणनाओं को भी जोड़ता है, लेकिन
ओवरलैपिंग आरओआई के भीतर स्थित कवर किए गए आधारों की गणना एक से अधिक बार नहीं की जाती है
ये कुल गिनती।

बहस

--roi-फ़ाइल
प्रत्येक जीन के रुचि के क्षेत्र (आरओआई) आमतौर पर इसके लिए लक्षित क्षेत्र होते हैं
अनुक्रमण या 2-बीपी . के साथ जीन के एक्सॉन लोकी (एकाधिक टेप से) विलय कर रहे हैं
फ्लैंक्स (ब्याह जंक्शन)। प्रति-जीन आधार गणना के लिए, एक अतिव्यापी आधार होगा
हर बार एक ही जीन के आरओआई में प्रकट होने पर इसकी गणना की जाती है। इससे बचने के लिए अवश्य करें
एक ही जीन के अतिव्यापी आरओआई को एक साथ मिलाते हैं। यदि उपयोग किया जाता है तो BEDtools' mergeBed मदद कर सकता है
प्रति जीन।
--संदर्भ-अनुक्रम
FASTA प्रारूप में संदर्भ अनुक्रम। यदि कोई संदर्भ अनुक्रम अनुक्रमणिका नहीं मिली है
इस फ़ाइल (एक .fai फ़ाइल) के आगे, इसे बनाया जाएगा।
--विग-सूची
के लिए नमूना नाम और विग्गल ट्रैक प्रारूप फ़ाइल स्थान वाली फ़ाइल प्रदान करें
प्रत्येक। प्रति पंक्ति टैब-सीमांकित प्रारूप [sample_name wig_file] का उपयोग करें। अतिरिक्त कॉलम
जैसे नैदानिक ​​डेटा की अनुमति है, लेकिन अनदेखा किया जाता है। नमूना_नाम के समान होना चाहिए
एमएएफ फ़ाइल में प्रयुक्त ट्यूमर के नमूने के नाम (16वां कॉलम, हेडर के साथ
Tumor_Sample_Barcode)।
--आउटपुट-डीआईआर
एक आउटपुट निर्देशिका निर्दिष्ट करें जहां निम्नलिखित बनाया/लिखा जाएगा: roi_covgs:
प्रत्येक नमूने के लिए प्रति-आरओआई कवर आधार गणना वाली उपनिर्देशिका। जीन_कोवग्स:
प्रत्येक नमूने के लिए प्रति-जीन कवर बेस काउंट वाली उपनिर्देशिका। Total_covgs:
प्रति नमूना समग्र गैर-अतिव्यापी कवरेज वाली फ़ाइल।

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