gff2ps - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

gff2ps - GFF-फ़ाइलों से पोस्टस्क्रिप्ट ग्राफिकल आउटपुट तैयार करता है।

SYNOPSIS

gff2ps [विकल्प] -- gff_files

वर्णन

यह प्रोग्राम जीएफएफ-स्वरूपित डेटा फ़ील्ड वाली फ़ाइलों से रंग-भरे डॉटप्लॉट खींचता है।
प्रोग्राम जीएफएफ प्रारूप में जीनोमिक अनुक्रम पर एनोटेटेड सुविधाओं को इनपुट के रूप में लेता है, और
पोस्टस्क्रिप्ट में एक विज़ुअल आउटपुट उत्पन्न करता है।

विकल्प

-h विकल्पों का सारांश दिखाएं।

-H
केवल निर्दिष्ट विकल्प के लिए सहायता दिखाता है।

-V वर्बोज़ मोड, एक पूरी रिपोर्ट मानक त्रुटि पर भेजी जाती है (डिफ़ॉल्ट केवल भेजता है
चेतावनियाँ)।

-v साइलेंट मोड: सभी चेतावनियाँ अक्षम करें, मानक त्रुटि पर कोई संदेश नहीं भेजा गया।

-d डिफ़ॉल्ट कस्टमफ़ाइल लिखें (या मौजूद होने पर पुनः लिखें)।

-D
दिए गए फ़ाइल नाम के साथ एक नई डिफ़ॉल्ट कस्टमफ़ाइल बनाएं।

-C
दी गई कस्टम फ़ाइल लोड करें और डिफ़ॉल्ट कस्टम फ़ाइल (.gff2psrc) में जोड़ें।

-s
पृष्ठ आकार को संशोधित करने के लिए उपयोगी (डिफ़ॉल्ट a4 है)।

-p पेज ओरिएंटेशन को पोर्ट्रेट पर स्विच करता है (डिफ़ॉल्ट लैंडस्केप है)।

-G
अग्रभूमि के लिए रंग सेट करता है (डिफ़ॉल्ट काला है)।

-g
पृष्ठभूमि के लिए रंग सेट करता है (डिफ़ॉल्ट सफेद है)।

-P <#> सेट करता है कि आपके आउटपुट को विभाजित करने के लिए कितने पृष्ठों की आवश्यकता है (डिफ़ॉल्ट एक है)।

-S <#> पहले न्यूक्लियोटाइड को ज़ूम करें (डिफ़ॉल्ट अनुक्रम उत्पत्ति है)।

-E <#> अंतिम न्यूक्लियोटाइड को ज़ूम करें (डिफ़ॉल्ट अनुक्रम लंबाई है)।

-B <#> प्रति पृष्ठ ब्लॉक सेट करता है (डिफ़ॉल्ट एक है)।

-N <#> प्रति पंक्ति न्यूक्लियोटाइड सेट करता है (डिफ़ॉल्ट इनपुट gff से सबसे बड़ी अनुक्रम स्थिति है-
फ़ाइलें)।

-b बाएँ से दाएँ और ऊपर से नीचे तक ब्लॉक (डिफ़ॉल्ट पहले ऊपर से नीचे है)।

-L हेडर (शीर्षक क्षेत्र) बंद करें।

-T
परिभाषित शीर्षक (डिफ़ॉल्ट इनपुट gff फ़ाइल नाम है)।

-t
उपशीर्षक को परिभाषित करना (डिफ़ॉल्ट कोई नहीं है)।

-l पृष्ठ क्रमांकन नहीं दिखाता.

-O दिनांक नहीं दिखाता.

-o समय नहीं दिखाता.

-M <#> प्रति पंक्ति प्रमुख टिकमार्क की संख्या (डिफ़ॉल्ट 10)।

-K <#> न्यूक्लियोटाइड्स में प्रमुख टिकमार्क स्केल, लाइनों के लिए डिफ़ॉल्ट न्यूक्लियोटाइड लंबाई है
प्रमुख टिकमार्क संख्या से विभाजित (विकल्प -टी देखें)।

-m <#> प्रमुख टिकमार्क के बीच छोटे टिकमार्क की संख्या (डिफ़ॉल्ट 10)।

-k <#> न्यूक्लियोटाइड्स में माइनर टिकमार्क स्केल को डिफ़ॉल्ट रूप से प्रमुख टिकमार्क आकार से विभाजित किया जाता है
मामूली टिकमार्क संख्या (विकल्प -टी देखें)।

-डब्ल्यू, -f फॉरवर्ड-स्ट्रैंड (वाटसन) तत्वों को प्रदर्शित करना बंद करें।

-सी, -r रिवर्स-स्ट्रैंड (क्रिक) तत्वों को प्रदर्शित करना बंद करें।

-i स्ट्रैंड-स्वतंत्र तत्वों को प्रदर्शित करना बंद करें।

-0
फ़्रेम के लिए रंग "0" सेट करता है (डिफ़ॉल्ट नीला है)।

-1 फ़्रेम "1" के लिए रंग सेट करता है (डिफ़ॉल्ट लाल है)।

-2 फ़्रेम "2" के लिए रंग सेट करता है (डिफ़ॉल्ट हरा है)।

-3 फ़्रेम के लिए रंग सेट करता है "।" (डिफ़ॉल्ट नारंगी है)।

-n तत्व स्थिति के लिए लेबल बंद करें।

-a प्लॉट पर कॉपीराइट लाइन बंद करें।

वातावरण चर

तीन पर्यावरणीय चर हैं जिन्हें उपयोगकर्ता अपनी प्राथमिकताओं के अनुसार निर्धारित कर सकते हैं:

+ आप वह पथ निर्दिष्ट कर सकते हैं जहां GFF2PS शेल के साथ डिफ़ॉल्ट फ़ाइलें ढूंढ सकता है
चर "GFF2PS_CFDIR"। डिफ़ॉल्ट मान वह पथ है जहां आप GFF2PS चला रहे हैं।
+ आप उस डिफ़ॉल्ट कस्टम फ़ाइल नाम को भी परिभाषित कर सकते हैं जिसे आप चर के साथ पसंद करेंगे
"GFF2PS_CUSTOMFILE", कस्टम फ़ाइल के लिए प्रोग्राम डिफ़ॉल्ट फ़ाइल नाम ".gff2psrc" है।
+ GFF2PS को वर्तमान अनुमतियों के साथ एक निर्देशिका में कुछ अस्थायी फ़ाइलें लिखने की आवश्यकता है
उपयोगकर्ता को पढ़ने और लिखने के लिए. डिफ़ॉल्ट अस्थायी निर्देशिका पथ "पर सेट है/ Tmp /" लेकिन आप कर सकते हैं
वेरिएबल "GFF2PS_TMP" का उपयोग करके एक अलग अस्थायी निर्देशिका पथ निर्दिष्ट करें।

उन वर्र्स को बॉर्न-शेल (बैश) में सेट करना:
निर्यात GFF2PS_CFDIR='पथ'
निर्यात GFF2PS_CUSTOMFILE='फ़ाइल_नाम'
निर्यात GFF2PS_TMP='पथ'

सी-शेल (सीएसएच) का उपयोग करना:
setenv GFF2PS_CFDIR "पथ"
setenv GFF2PS_CUSTOMFILE "फ़ाइल_नाम"
setenv GFF2PS_TMP "पथ"

रनिंग टाइम:

* परिभाषित रंग हैं:
मूल रंग: काला सफेद
परिवर्तनीय रंग: ग्रे मैजेंटा बैंगनी नीला आसमानी नीला सियान समुद्री हरा नींबू हरा पीला
नारंगी लाल भूरा
आप वैरिएबल कलर्स से "वेरीडार्क", "डार्क", "लाइट" और पांच कलर शेड्स प्राप्त कर सकते हैं
"बहुत हल्का" उपसर्ग. एक उदाहरण: बहुत गहरा समुद्री हरा गहरा समुद्री हरा हल्का समुद्री हरा
बहुत हल्कासमुद्री हरा

* परिभाषित पृष्ठ आकार हैं:
A0 से A10 तक, B0 से B10 तक, 10x14, कार्यकारी, फोलियो, बही-खाता, कानूनी, पत्र, क्वार्टो,
बयान और टैब्लॉइड।

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