यह कमांड ग्लैम2 है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशनों जैसे कि उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
ग्लैम2 - मोटिफ्स का गैप्ड स्थानीय संरेखण
SYNOPSIS
ग्लैम2 [विकल्पों] वर्णमाला my_seqs.fa
इसके अलावा एक वर्णमाला p or n इसे वर्णमाला फ़ाइल के नाम के रूप में समझा जाता है।
वर्णन
GLAM2 अनुक्रमों में रूपांकनों को खोजने के लिए एक सॉफ्टवेयर पैकेज है, आमतौर पर अमीनो-एसिड या
न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम. मोटिफ एक पुन: घटित होने वाला अनुक्रम पैटर्न है: विशिष्ट उदाहरण हैं
TATA बॉक्स और CAAX प्रीनिलेशन मोटिफ। GLAM2 का मुख्य नवाचार यह है कि यह अनुमति देता है
रूपांकनों में सम्मिलन और विलोपन।
विकल्प (चूक जाना समायोजन)
-h
सभी विकल्प और उनकी डिफ़ॉल्ट सेटिंग्स दिखाएँ।
-o
आउटपुट फ़ाइल (stdout).
-r
संरेखण रन की संख्या (10).
-n
इतने सारे पुनरावृत्तियों के बाद बिना किसी सुधार के प्रत्येक रन को समाप्त करें (10000).
-2
दोनों स्ट्रैंड्स की जांच करें - आगे और पीछे के पूरक।
-z
संरेखण में अनुक्रमों की न्यूनतम संख्या (2).
-a
संरेखित स्तंभों की न्यूनतम संख्या (2).
-b
संरेखित स्तंभों की अधिकतम संख्या (50).
-w
संरेखित स्तंभों की प्रारंभिक संख्या (20).
-d
डिरिचलेट मिश्रण फ़ाइल।
-D
विलोपन छद्मगणना (0.1).
-E
नो-डिलीशन स्यूडोकाउंट (2.0).
-I
सम्मिलन छद्मगणना (0.02).
-J
नो-इंसर्शन स्यूडोकाउंट (1.0).
-q
सामान्य बनाम अनुक्रम-सेट-विशिष्ट अवशेष बहुतायत के लिए वजन (1e + 99).
-t
प्रारंभिक तापमान (1.2).
-c
प्रति एन पुनरावृत्तियों में शीतलन कारक (1.44).
-u
तापमान निचली सीमा (0.1).
-p
प्रत्येक पुनरावृत्ति पर प्रगति की जानकारी प्रिंट करें।
-m
कॉलम-सैंपलिंग चाल प्रति साइट-सैंपलिंग चाल (1.0).
-x
साइट नमूनाकरण एल्गोरिदम: 0=तेज़ 1=धीमा 2=एफएफटी (0).
-s
छद्म-यादृच्छिक संख्याओं के लिए बीज (1).
onworks.net सेवाओं का उपयोग करके glam2 का ऑनलाइन उपयोग करें